Определение канона Писания — основного источника всего христианского богословия — на Востоке не приняло окончательной формы до Трулльского собора (692 г.), утвердившего так называемый «расширенный» канон, включающий те ветхозаветные книги, которые сохранились на арамейском и греческом (называемые также «неканоническими» [apocrypha]). Но некоторые более ранние отцы стояли за «краткий» (еврейский) канон, и даже Иоанн Дамаскин в VIII в. считал Книгу Премудрости Соломоновой и Книгу Премудрости Иисуса, сына Сирахова, «превосходными», но не включал их в собственно канон. Книга Откровения обычно исключалась из канона в IV и V вв. и так и не вошла в Византии в богослужебное употребление.
Учительство Церкви, которое явно не ограничивалось одним Писанием, находило свое наиболее авторитетное выражение в так называемых «вселенских» соборах. Таковыми официально признавались семь соборов. Это Никейский I (325), Константинопольский I (381), Ефесский I (431), Халкидонский (451), Константинопольский II (553), Константинопольский III (680) и Никейский II (787). Формально авторитет собору в империи придавали созыв и признание его императором, но для Церкви необходимо было еще устойчивое согласие относительно решений собора, или его «рецепция». Так, некоторые соборы — Ефесский II (449), Иерийский (753), Флорентийский (1438-1439) — получили императорскую санкцию, но были в конечном итоге отвергнуты Церковью. Другие же, хотя формально не были «вселенскими», признаны в высшей степени авторитетными, например, Фотианский «великий собор в Св. Софии» (879-880) и Константинопольские соборы 1341, 1347 и 1351 гг., утвердившие различение между сущностью и энергией в Боге в связи с так называемыми «исихастскими спорами».
Тринитарное богословие каппадокийских отцов (IV в.) и халкидонская и постхалкидонская христология в том виде, в каком она определена признанными вселенскими соборами, составляют фундамент всей богословской мысли, как мы уже видели при рассмотрении иконоборчества. На этот же фундамент следует опираться в понимании так называемого «мистического богословия» византийцев.
Термин «мистическое богословие» происходит от названия одного из трактатов Псевдо-Дионисия (V-VI вв.) и означает, что общение с Богом невозможно сравнить ни с какой формой тварного знания и что наилучшим образом оно выражается в отрицательных, или «апофатических», терминах: Бог не есть ничто из того, что тварный человеческий ум способен постичь. Но вместе с тем греческое святоотеческое предание утверждает, что цель человеческой жизни — обожение (θέωσις), ставшее возможным в Богочеловеке, Иисусе Христе. Наиболее точно выраженное, вероятно, самым одаренным из всех византийских богословов, преп. Максимом Исповедником (ок. 580-662), который был и главным борцом против монофелитства, учение об обожении вдохновляло многих духовных писателей и мистиков. Византийцы, как правило, признавали, что поскольку учение об обожении «во Христе» невозможно свести к рациональным категориям, его наилучшим образом выражают те, кто знает его на собственном опыте. Византийское христианство в целом больше, чем латинский Запад, доверяло святым и пророкам как авторитетам в богословии. Вероятно, величайший и самый удивительный из византийских пророков и мистиков — Симеон Новый Богослов ("("1022). В некоторых кругах, особенно монашеских, харизматический мистицизм мог даже вести к отказу от таинств и церковной организации. Эти сектантские формы харизматизма, неоднократно осужденные, известны как мессалианство и богомильство.
Одним из трудных интеллектуальных и духовных вопросов было для византийского богословия определение отношения между христианской верой и наследием древнегреческой философии. Будучи греко-язычной цивилизацией, Византия хранила писания античных авторов, и в каждом поколении находились ученые и мыслители, увлекавшиеся античной философией. Некоторые из них, следуя примеру Оригена (| ок. 254), пытались сочетать греческую философию с христианским откровением. Хотя Ориген и оригенизм были осуждены (Пятым Вселенским собором в 553 г.), понятия, пришедшие из греческой философии, продолжали быть необходимым средством выражения основных христианских догматов. Но в то же время очень многие византийские богословы, особенно среди монахов, настаивали на принципиальной несовместимости «Афин» и «Иерусалима», Академии и Евангелия. Особенно враждебно относились они к платоновскому идеализму и спиритуализму, который считали несовместимым с христианским учением о Боговоплощении. Временами они добивались от церковных властей официального осуждения платонизма (ср. в особенности случай Иоанна Итала, 1075-1077). Вплоть до падения Византии ученые гуманисты (напр., Михаил Псёлл, Феодор Метохит, Никифор Григора, Виссарион, Гемистий Плифон и др.) стойко защищали наследие античности, но им постоянно приходилось преодолевать сопротивление. Это напряжение так никогда и не было снято, так что в этом смысле византийская христианская традиция явным образом контрастирует с современным ей латинским Западом, где со времен зарождения схоластики складывался новый синтез греческой философии и христианского богословия.