Однако более всех иных различий напряжение в отношениях между Востоком и Западом начали создавать экклезиологические вопросы, особенно же возрастающее расхождение в понимании римского первенства. Как мы уже видели, ведущее положение Рима, против которого Византия никогда не возражала, объяснялось (как и преимущества ряда восточных престолов) прагматическими соображениями, тогда как апостольское происхождение кафедры не играло решающей роли. Это прагматическое объяснение было запечатлено в соборных постановлениях, которые Восток считал общей традицией, хотя римляне в свое время и протестовали против обнародования текстов, отрицавших, что Рим получил свое первенство от Христа через апостола Петра. К счастью, в течение ряда столетий обе стороны воздерживались от того, чтобы доводить эти расхождения до полного разрыва отношений. Однако в IX, X и XI веках начали накапливаться конфликты, в которых культурные и политические элементы переплелись с догматическими и дисциплинарными вопросами.
В иконоборческий и последующий за ним периоды главным источником конфликта стала проблема Filioque. Запад включил в Никео-Цареградский Символ веры, служивший выражением основ вероучения всей Церкви, латинское слово Filioque. Эта вставка, впервые появившаяся в Испании в VII в., означала, что Святой Дух исходит от Отца и Сына. Расширенный текст Символа быстро стал популярен — отчасти из-за того, что он лучше соответствовал Августинову объяснению Троицы, чем исходный текст, — и в VIII в. вошел в употребление во франкской Европе. Карл Великий и его богословы, искавшие повод обвинить свою соперницу, восточную империю, в ереси, отказались признавать постановления Седьмого Вселенского собора (787 г.) из-за содержавшихся там исходной формы Символа и традиционных греческих формулировок тринитарного догмата. Так называемые «Libri Carolini», направленные Карлом папе в обоснование своей позиции, стали первым письменным памятником полемики, которой суждено было продолжаться столетиями. Вначале папы стояли на стороне греков и противились внесению вставки в Символ. Только в 866 г. папа Николай I оказал поддержку действовавшим в Болгарии немецким миссионерам, неявным образом потворствуя распространению Символа со вставкой среди новообращенных болгар. Патриарх Фотий, числивший Болгарию в составе своей юрисдикции, стал первым греческим богословом, давшим решительный отпор Filioque. Конфликт между папой Николаем и Фотием, касавшийся вопроса о власти не менее, чем проблемы Filioque, был в конце концов улажен. В 879-880 гг. на соборе, в присутствии легатов папы Иоанна VIII, вставка была осуждена и объявлено примирение между Римом и Константинополем. Однако франкское влияние на ослабленное папство X столетия привело к почти механическому принятию Filioque в Риме (вероятно, в 1014 г.), что сделало раскол практически неминуемым.
Разделению способствовали и некоторые вопросы дисциплинарной и богослужебной практики. Сюда относится употребление опресноков в латинской Евхаристии, принудительный целибат священства на Западе (тогда как на Востоке рукоположение состоящих в браке разрешалось) и различия в правилах поста. Такого рода вопросы вышли на первый план особенно во время известного инцидента, столкнувшего легатов папы Льва IX с патриархом Михаилом Керуларием (1054 г.). Это столкновение часто ошибочно считается началом раскола; на самом же деле оно явилось скорее неудачной попыткой исправить уже существовавшее размежевание.
По мере продолжения полемики, значительно усилившейся из-за народной ненависти после разграбления Константинополя крестоносцами во время Четвертого крестового похода в 1204 г., к ней добавились новые пункты, такие как латинское учение о чистилище и спор о точном моменте преложения Св. Даров на Евхаристии («установительные слова» в латинской традиции, которым греки противопоставляли присутствующее во всех восточных литургиях после установительных слов призывание Святого Духа, или эпиклезис). Все эти вопросы, как и проблему Filioque, можно было решить, если бы обе церкви смогли достичь согласия относительно критерия авторитетности. Но папство, в особенности после григорианских реформ XI в., не допускало никаких сомнений в единственности своего авторитета. С византийской стороны официальная позиция церкви всегда состояла в том, что разногласия между церквами должны улаживаться только на соборах и что первенство чести Рима не освобождало папу от ответственности перед соборным решением.
В поздневизантийский период папы и императоры династии Палеологов (1261 -1453) предпринимали неоднократные попытки вернуть утраченное единство. В 1274 г. представители императора Михаила VIII присутствовали на Лионском соборе, где было зачитано личное исповедание веры императора, признающее римскую веру. Исходя в первую очередь из политических соображений, Михаил навязал Константинопольской Церкви в патриархи сторонника унии Иоанна Векка. Но такая, введенная, по существу, силой уния прекратилась со смертью Михаила (1282). В 1285 г. собор в Константинополе официально отверг ее и утвердил подробное — и в определенном смысле непредвзятое — опровержение Filioque, составленное патриархом Григорием Кипрским (1283-1289). Переговоры об объединении велись и в течение всего XIV столетия, которое стало свидетелем личного обращения в Католичество императора Иоанна V (1369); впрочем, церковь не последовала в этом за своим императором, и он сам впоследствии молчаливо отказался от своего обращения. Именно соборное движение на Западе вызвало радикальные изменения в позиции папства по отношению к идее подлинного объединительного собора. После долгих предварительных переговоров с папами Мартином V и Евгением IV император Иоанн VIII, патриарх Иосиф и многочисленные представители греческого духовенства прибыли в Феррару, а затем во Флоренцию, где наконец состоялся собор (1438-1439), когда над Византией уже вплотную нависла угроза турецкого завоевания. После многомесячных споров изнуренная греческая делегация подписала декрет об унии, признававший основные вероучительные положения Римской Церкви. Лишь один греческий епископ; Марк Ефесский, отказался подписывать унию, но по возвращении делегации в Византию его позиция была поддержана абсолютным большинством народа и духовенства. Падение Константинополя в 1453 г. положило конец самой унии и дальнейшим переговорам.