О полном разрыве Алексея Комнина с крестоносцами говорить нельзя. Император, если и был недоволен особенно образованием латинянами самостоятельных княжеств, не приносивших Алексею вассальной присяги, тем не менее не отказывал крестоносцам в посильной помощи, например при перевозке их с Востока домой, на Запад. Разрыв состоялся между императором и Боэмундом Тарентским, который чрезмерно, с точки зрения Византии, усилился в Антиохии за счет соседей, слабых турецких эмиров, и византийской территории. Антиохия и сделалась главным центром устремлений Алексея, с которым сблизился глава провансальского ополчения Раймунд Тулузский, недовольный своим положением на Востоке и также видевший в Боэмунде своего главного соперника. Судьба Иерусалима для Алексея имела в данный момент интерес второстепенный.
Борьба между императором и Боэмундом была неминуема. Удобный момент для Византии, казалось, настал тогда, когда Боэмунд неожиданно был захвачен в плен турками, а именно эмиром из династии Данишмендов, завоевавших в самом конце XI века Каппадокию и образовавших самостоятельное владение, которое во второй половине XII века, однако, было уничтожено сельджуками. Переговоры Алексея с эмиром о выдаче ему за известную сумму денег Боэмунда не удались. Выкупленный другими, последний возвратился в Антиохию и на требование императора, ссылавшегося на заключенные с крестоносцами условия передать ему Антиохию, ответил решительным отказом.
В 1104 году мусульмане одержали большую победу над Боэмундом и другими латинскими князьями при Харране, на юг от Эдессы. Это поражение крестоносцев чуть не повлекло за собой разрушения христианских владений в Сирии, но, с другой стороны, окрылило надежды как Алексея, так и мусульман; те и другие с удовольствием взирали на неминуемое ослабление Боэмунда. Действительно, Харранская битва разрушила его планы основать на Востоке сильное норманнское государство; он понял, что у него нет достаточно сил, чтобы снова вступить в борьбу с мусульманами и со своим заклятым врагом, императором византийским. Дальнейшее пребывание на Востоке уже цели для Боэмунда не имело. Для того чтобы сломить византийскую мощь, надо было ей нанести удар в Константинополе с новыми набранными в Европе силами. Ввиду всех этих обстоятельств Боэмунд сел на корабль и направился в Апулию, оставив вместо себя в Антиохии племянника Танкреда. Анна Комнина не без юмора рассказывает о том, как Боэмунд, для большей безопасности во время морского путешествия от нападения греков, притворился мертвым, был положен в гроб и в гробу совершил свой путь до Италии.
Возвращение Боэмунда в Италию было встречено с большим энтузиазмом. Люди собирались в толпы, чтобы посмотреть на него, как говорит средневековый автор, «словно они собирались увидеть самого Христа». Собрав войско, Боэмунд начал враждебные действия против Византии. Сам папа благословил намерения Боэмунда.
Войска Боэмунда были, вероятнее всего, набраны во Франции и Италии, однако, по всей вероятности, в его армии были также англичане, немцы и испанцы. План его заключался в повторении кампании его отца, Роберта Гвискара, в 1081 году – то есть взять Диррахий и затем через Салоники идти на Константинополь. Но поход оказался для Боэмунда неудачным. Он потерпел под Диррахием поражение и вынужден был заключить с Алексеем мир на унизительных для себя условиях. Вот главные пункты договора: Боэмунд объявлял себя ленником Алексея и его сына Иоанна, обязуясь помогать империи против всех ее врагов, будут ли это христиане или мусульмане; обещал передавать Алексею все завоеванные земли, которые раньше принадлежали Византии; что же касается земель, не принадлежавших Византии и которые в будущем могут быть им отняты у турок или армян, Боэмунд должен был рассматривать их как земли, уступленные ему императором; своего племянника Танкреда он должен был считать за врага, если тот не согласится подчиниться императору; антиохийский патриарх должен был назначаться императором из лиц, принадлежащих к Восточной церкви. Города и области, гарантировавшиеся Боэмунду, перечислены в соглашении. Документ завершается торжественной клятвой Боэмунда на кресте, терновом венце, гвоздях и копье Христа в том, что пункты договора будут им соблюдаться.
Этим крушением всех планов Боэмунда и заканчивается, собственно говоря, его бурная и, пожалуй, роковая для Крестовых походов деятельность. В последние три года жизни он уже никакой роли не играл. Он умер в 1111 году в Апулии.