Византийское правительство, однако, ошиблось в своих расчетах на роль поселенных на Балканском полуострове восточных сектантов. Во-первых, оно не предполагало возможности быстрого и широкого распространения ереси, что на самом деле случилось. Во-вторых, богомильство сделалось выразителем национальной славянской и политической оппозиции против тяжелого византийского управления в церковной и светской областях, особенно в пределах покоренной при Василии II Болгарии. Поэтому вместо того, чтобы защищать византийские пределы от северных варваров, богомилы призывали печенегов для борьбы против Византии. К печенегам присоединились куманы (половцы).
Борьба с печенегами, несмотря на временные удачи, была очень тяжела для Византии. В конце восьмидесятых годов Алексей Комнин потерпел у Дристра (Силистрии), на Нижнем Дунае, страшное поражение и сам едва спасся от плена. Только раздоры из‐за дележа добычи, возникшие между печенегами и куманами, не позволили первым на этот раз вполне использовать свою победу.
После короткого отдыха, купленного у печенегов, Византия должна была пережить ужасное время 1090 – 1091 годов. Вторгшиеся снова печенеги после упорной борьбы дошли до стен Константинополя. Анна Комнина рассказывает, что в день празднования памяти мученика Феодора Тирона жители столицы, посещавшие обычно в громадном числе находившийся в предместье за городской стеной храм мученика, не могли сделать этого в 1091 году, так как нельзя было открыть городских ворот из‐за стоявших под стенами печенегов.
Положение империи сделалось еще более критическим, когда с юга стал грозить столице турецкий пират Чаха, проведший молодые годы в Константинополе при дворе Никифора Вотаниата, пожалованный византийским чином и убежавший в Малую Азию при вступлении на престол Алексея Комнина. Овладев Смирной и некоторыми другими городами западного побережья Малой Азии и островами Эгейского моря при помощи созданного им флота, Чаха задумал нанести удар Константинополю с моря, отрезав таким образом для него пути к пропитанию. Но, желая, чтоб задуманный им удар был сильнее, он вступил в сношения с печенегами на севере и с малоазиатскими сельджуками на востоке. Уверенный в успехе своего предприятия, Чаха уже заранее называл себя императором (василевсом), украшал себя знаками императорского достоинства и мечтал сделать Константинополь центром своего государства. Не надо упускать из виду и того, что как печенеги, так и сельджуки были тюрками, пришедшими благодаря сношениям к сознанию своего родства. В лице Чахи для Византии явился враг, который, по словам В. Г. Васильевского, «с предприимчивой смелостью варвара соединял тонкость византийского образования и отличное знание всех политических отношений тогдашней Восточной Европы, который задумал сделаться душой общего турецкого движения, который хотел и мог дать бессмысленным печенежским блужданиям и разбоям разумную и определенную цель и общий план». Казалось, что на развалинах Восточной империи должно было основаться турецкое сельджуко-печенежское царство. Византийская империя, по выражению того же В. Г. Васильевского, «тонула в турецком нападении». Другой русский византинист, Ф. И. Успенский, так пишет о данном моменте: «Положение Алексея Комнина в зиму 1090 – 1091 года может быть сравнимо разве с последними годами империи, когда османские турки окружили Константинополь со всех сторон и отрезали его от внешних сношений».