Собственно литературный дебют Энквиста состоялся в 1961 году, когда он опубликовал роман «Хрустальный глаз» — проникновенный рассказ молодой женщины о пережитом, о поиске своего места в жизни.
Признание пришло к писателю тремя годами позже, с выходом в свет романа «Пятая зима магнетизёра» (переведен на русский язык в 2001) История жизни целителя, Фридриха Мейснера, в личности которого угадываются черты создателя теории «животного магнетизма» Ф. А. Месмера, излагается фрагментарно и дополняется дневниковыми записями врача, наблюдающего за действиями магнетизера в маленьком немецком городке в конце XVIII века. Драматизм ситуации заключается в том, что врач обнаруживает обман, на котором строятся «медицинские» успехи Мейснера, но его собственной дочери чудодей-целитель смог вернуть зрение. Благодаря этому роман обретает философское звучание. Врач задается вопросом: где граница между правдой и ложью? Правомерно ли отнимать у людей иллюзию, если она помогает им в жизни? Ответа Энквист не дает — не случайно повествование заканчивается еще до вынесения судебного приговора обвиненному в шарлатанстве Мейснеру. В постскриптуме к роману автор сообщает, что описанные события, во всяком случае, частично, основаны на документальном материале. Роман имел большой успех как у критики, так и у читателей. В 1999 году он был экранизирован.
Следующее произведение Энквиста носит ярко выраженный экспериментальный характер. «Гесс» (1966) — это история о человеке, работающем над книгой об одном из главарей фашистской Германии. Попутно в повествование вовлекаются исторические и вымышленные персонажи, композиционно роман являет собой, на первый взгляд, сплетение фрагментов, и читательской фантазии открывается широкое поле деятельности. Критики склонны определять это произведение Энквиста как «метароман».
Конец 1960-х годов отмечен в Скандинавии большим интересом к документальной прозе и по общей оценке исследователей вершиной этого жанра в шведской литературе стала книга Энквиста «Легионеры» (1968). В основе этого произведения — нашумевшие в свое время события, связанные с передачей шведским правительством советским властям жителей Прибалтики, воевавших на стороне фашистской Германии. Сочетая документальный материал с собственными размышлениями, Энквист подвергает серьезным сомнениям истинность принятой в Швеции трактовки этого акта. И вновь возникает вопрос о правде и лжи, о самой возможности объективных суждений и оценок. Книга вызвала неоднозначную реакцию и стала предметом политических дискуссий. Переведенный на добрый десяток языков роман принес автору премию Северного Совета и в 1970 году по нему был поставлен фильм.
В начале 1970-х годов Энквист обращается к спортивной теме. Интерес к спорту не был для писателя случайным. В свое время он активно им занимался и даже входил в число пяти лучших в стране прыгунов в высоту. Избранная Энквистом тема — связь между спортом и политикой. В романе «Секундант» (1971) рассказывается о метателе молота, который из политических соображений идет на фальсификацию рекорда, воспользовавшись снарядом, вес которого уступает норме. «Собор в Мюнхене» (1972) представляет собой собрание репортажей о проходившей в этом году Олимпиаде, сопровождавшейся трагическими происшествиями политического характера. К спортивной теме Энквист позднее вернулся, опубликовав в 1986 году «Два репортажа о спорте».
Следующий роман — «Выступление музыкантов» (1978) — обращен в прошлое: в нем повествуется о зарождении рабочего движения на родине писателя, в Вестерботтене, в начале XX века и о противодействии этому со стороны местных религиозных деятелей.
Повесть «Низверженный ангел» (1985, русский перевод 2001) заключает в себе размышления о сущности любви. В причудливо переплетающихся фрагментах развиваются три сюжета. Первый представляет взаимоотношения супружеской пары и ее непостижимую любовь к психически больному юноше, убившему их малолетнюю дочь. В другом перед читателем предстает «монстр», две головы которого — мужская и женская — связаны между собой нерасторжимой любовной привязанностью. В третьем — безумная жена Брехта переносит свои противоречивые чувства к мужу на гипсовый слепок его головы.
В 1991 году Энквист публикует роман «Библиотека капитана Немо» (русский перевод 1994), сюжет которого основан на реальном событии: в родильном доме перепутали двух младенцев. Через несколько лет, после выяснения недоразумения, мальчик, оказавшийся в непривычной для себя обстановке, находит утешение в чтении Жюля Верна.