В 1238 году на Владимир обрушились полчища татар. После упорной осады город был взят, ограблен и сожжен. Однако и после этой катастрофы он остается в сознании людей того времени центром Северо-Восточной Руси и сокровищницей ее политических и культурных традиций. Здесь в конце XIII — начале XIV века живет митрополит всея Руси. «Великое княжение Владимирское» является объектом борьбы московской и тверской династий, а венчание на великое княжение происходит под высокими сводами владимирского Успенского собора. В своем монументальном строительстве Москва и Тверь подражают высоким образцам владимирского зодчества. Димитрий Донской берет под свое покровительство Димитриевский собор, откуда в 1380 году, накануне Куликовской битвы, в Москву вывозят древнюю икону Димитрия Солунского, а в 1395 году в московский Успенский собор временно переносят и главнейшую святыню Владимира — икону Владимирской богоматери. Москва не только наследует владимирские исторические традиции, но осваивает и созданные во Владимире XII века реликвии. После опустошительного налета на Владимир орды хана Едигея, когда обгорел Успенский собор, князь Василий I присылает в 1408 году во Владимир гениального художника возрождающейся Руси Андрея Рублева для возобновления его росписи. Через два года, в 1410 году, город вновь испытывает разорение от налета орды царевича Талыча.
Позднее, в 1469 году, видный московский строитель В. Д. Ермолин реставрирует пострадавшие и обветшавшие постройки города — Золотые ворота и церковь Воздвижения на торгу. Укрепления Владимира более не восстанавливались в прежних размерах: в 1486 году были отстроены вновь лишь бревенчатые стены Среднего города, возобновлявшиеся в 1491 и 1536 годах; укрепления же западной и восточной трети города постепенно разрушаются и стираются. В ту же пору, на рубеже XV–XVI веков, московские мастера перестраивают собор Успенского Княгинина монастыря.
С этой поры Владимир становится рядовым городом Московского государства, городом великих воспоминаний и чтимых святынь. Его рост идет чрезвычайно медленно. В 1489 году «сведенные» новгородцы образуют за Лыбедью особую слободу Варварку; в середине XVI века в Залыбедской части появляются и другие слободы — Стрелецкая и Пушкарская, слившиеся затем в одну Стрелецкую, а в XVII веке — Нижний и Верхний Боровки. На последнем, по преданию, были также поселены сведенные новгородцы, а большой кирпичный дом купцов Бабушкиных был якобы построен первоначально в XVI веке. Первые цифровые данные о населении города в эту пору говорят о его малочисленности. Так, в Пушкарской и Стрелецкой слободах в 1584 году было всего двадцать дворов, в 1592 году здесь было сто человек стрельцов. В эти годы непосредственно за Золотыми воротами вытягивается Ямская слобода государевых ямщиков со своей деревянной Казанской церковью; за слободой шел Ямской бор. В 1668 году весь город насчитывал всего девятьсот девяносто человек населения и четыреста домов: в восточной части города жил ремесленный люд, в западной — торговцы, где на Торговой площади в 1684 году был Гостиный двор с 392 мелкими лавками и церковью Параскевы-Пятницы — покровительницы торговли.
В XVII веке в городе возобновляется каменное строительство. Оно, конечно, не идет ни в какое сравнение с «золотым веком» владимирской архитектуры, но строители этой поры бережно относятся к духу древнего ансамбля города, вводя новые постройки в его систему с большим тактом. Так, в 1649 году владимирские купцы строят на посаде изящную Богородицкую церковь, хорошо включающуюся в южную панораму города. На основе белокаменных ворот детинца строится огромная шатровая колокольня, подчеркивающая своей вертикалью древний архитектурный центр Владимира. Подобная же, но более нарядная колокольня сооружается в Рождественском монастыре, где строятся Святые ворота с проездом, украшенным живописью, а в начале XVIII века каменная стена сменяет старую деревянную ограду, образуя нечто вроде декоративного «кремля» на юго-восточном углу Среднего города. Около церкви Спаса, на древнем княжеском дворе, строится маленькая церковь Николы и простая, квадратная в плане, колокольня, усиливающие весомость группы построек XII века. Эту линию обогащения южного «фасада» города продолжают и строители XVIII века, ставящие на месте древних деревянных храмов каменные: церковь Николы Галейского у подножия Козлова вала (1735) и церковь Вознесения (1724).
«Чертеж» Владимира, исполненный в 1715 году бесхитростной рукой иконописца (илл. 2), дает представление о состоянии города в это время и его топографии, сложившейся в предшествующие столетия. Его центр образует кремль с рублеными стенами и башнями, сооруженными в 1491–1536 годах на древних валах Среднего города. Существенно, что восемь из четырнадцати башен расположены по южной стене, что не требовалось соображениями военного характера, но было связано с тем же вниманием горододельцев к южному «фасаду» города. Здесь же на склоне горы был разбит патриарший сад. Площадь к северу от собора была довольно густо застроена осадными дворами и подворьями, среди которых выделялся большой воеводский дом. К северу от Большой улицы лежали плотно заселенные участки с кривыми улочками, у средней северной Тайницкой башни кремля еще сохранялся пруд — древнее хранилище воды на случай осады, а у западных Торговых ворот была тюрьма- острог — огороженный остроконечным тыном участок.
2. «Чертеж» Владимира. 1715
Западная треть города была его торговой частью; здесь к главной улице с севера примыкала рыночная площадь с рядами лавок и мастерских. Только Большая улица была покрыта дубовым мостовым настилом. Остальные улицы были похожи на грязные деревенские проселки. За Золотыми воротами начиналась застройка вполне деревенского характера; так же хаотично и случайно располагались усадьбы и в Залыбедской и восточной трети города, насчитывавшего к началу XVIII века всего тысячу восемьсот сорок жителей.
В XVIII веке древние памятники города понесли значительный ущерб: была сломана деревянная крепость и начался стихийный снос валов; погоревшие в пожар 1778 года белокаменные храмы Спаса и Георгия были разобраны и заменены новыми, был перестроен верх Золотых ворот. В 1778 году учреждается Владимирское наместничество, а в 1796 — губерния, и Владимир становится ее центром. Новый проект перепланировки древнего города, в отличие от многих других казенных проектов «регулярной» планировки русских городов, сравнительно бережно отнесся к его древней топографии: были сохранены остатки валов XII века и старая магистраль большой продольной улицы, с которой была связана новая сетка кварталов. Кроме того, местные архитекторы исправили наиболее грубые просчеты, допущенные столичными проектировщиками. Так, не была осуществлена предполагавшаяся проектом застройка площади перед Успенским и Димитриевским соборами двумя зданиями Гостиного двора, которые закрыли бы вид на соборы с Большой улицы. Однако между соборами был выстроен огромный корпус Присутственных мест (1785), казарменный массив которого нарушил древнюю красоту южного «фасада» города.
Таким образом, новый центр губернского города стал на территории древнего центра Владимира. Ее восточный край занял губернаторский дом (1808). Северный край площади образовали два здания в формах русского классицизма: угловое — Дворянское собрание (1826) — и смежный с ним дом мужской гимназии и «благородного пансиона», перестроенный из дома купца Петровского (1840). Основной вертикальной осью городского ансамбля стала новая соборная колокольня, сооруженная в 1810 году вместо разбитой молнией шатровой. На северной стороне Большой улицы целый квартал заняла аркада торговых рядов (1787–1790), отделявших от главной магистрали базарную площадь (сохранилась частично на углу улицы Ленина); дальше, по направлению к Золотым воротам, выступал портик ныне не существующей церкви Николы Златовратского (1796), вторивший портикам зданий центральной площади. Наконец, Золотые ворота, стоящие на оси улицы, получили круглые угловые башни.