Из Петербурга В.К.Арсеньева вызвал срочной телеграммой новый генерал-губернатор Приамурского края Н.Л.Гондатти, сменивший на этом посту П.Ф.Унтербергера. Уходя в отставку, тот сделал путешественнику неплохой подарок: он добился разрешения у царя, чтобы штабс-капитан Арсеньев мог совершать путешествия вне зависимости от службы.
Возвращаясь из Санкт-Петербурга, В.К.Арсеньев заехал в Москву повидаться с родителями. К тому времени его отец занимал должность начальника Московской окружной железной дороги. С собой на Дальний Восток Владимир Клавдиевич взял младшего брата Александра, недавно закончившего Межевый институт.
28 апреля 1911 года В.К.Арсеньева назначили производителем работ Уссурийской межевой партии в Переселенческом управлении землеустройства и земледелия. У него появилась возможность свободно заниматься изучением края. В виде исключения штабс-капитану Арсеньеву сохранили на гражданской службе офицерский чин и довольствие.
По приезде в Хабаровск В.К.Арсеньев познакомился с генерал-губернатором Приамурского края Николаем Львовичем Гондатти, о котором слышал много хорошего в Петербурге и Москве. Программа действий нового Главного начальника края, так иногда называли эту должность, была широкой: активная переселенческая политика с ограниченным привлечением иностранного труда; развитие инфраструктуры, единой со странами тихоокеанского бассейна, агрономии и животноводства, кустарного производства, кредитных товариществ. В числе своих единомышленников новый генерал-губернатор хотел видеть и В.К.Арсеньева. 9 января 1912 года Арсеньев был назначен чиновником особых поручений Приамурского генералДгубернатора. Через полторы недели он уже стал исполнять должность штабДофицера "для исполнения поручений по рабочему вопросу" при Переселенческом управлении. К этому времени из СанктДПетербурга пришло приятное известие: отделение этнографии ИРГО наградило Арсеньева малой серебряной медалью за чтение лекций в 1910 году.
В феврале 1912 года Арсеньев отправился в важную командировку: в течение двух недель проверял состояние дел на Бирских каменноугольных копях и условия жизни рабочих. Вернувшись в Хабаровск, 8 марта он выступил с докладом о своей командировке в Приамурском отделе ИРГО. Через несколько дней его сообщение под названием "Река Бира, копи Бирского каменноугольного товарищества и строящаяся Амурская железная дорога" увидело свет на страницах "Приамурских ведомостей".
4 апреля 1912 года В.К.Арсеньева произвели в капитаны, а через два дня он выехал в тайгу «гонять» хунхузов. Десять месяцев провел он в командировке, обследовав за это время Никольск-Уссурийский, Иманский и Ольгинский уезды. Затем были и другие командировки.
В январе 1917 года подполковника Арсеньева зачислили в военное ведомство, а 28 марта определили в 13-й Сибирский стрелковый запасной полк. В начале мая Владимиру Клавдиевичу пришлось поехать на фронт. Однако благодаря усилиям друзей, которые посылали письма в различные инстанции, а также ходатайству Академии наук, Русского географического общества и его дальневосточных отделов перед Временным правительством, 27 мая В.К.Арсеньева сняли с поезда в Ачинске, и вернули в Хабаровск в распоряжение штаба Приамурского военного округа.
Одним из главных ходатаев за ученого в Петрограде был П.Ф.Унтербергер. Он решил организовать экспедицию с помощью Русского географического общества, членом совета которого являлся. По его просьбе Владимир Клавдиевич подготовил список своих трудов и разработал план будущей экспедиции. "Вполне сочувствую, — писал еще 27 октября 1916 года отставной генерал-губернатор В.К.Арсеньеву, — Вашему плану обследования района между низовьем р. Амура и побережьем Охотского моря; это действительно Терра инкогнита. Уездные начальники знакомы только с некоторыми, весьма ограниченными участками. Мною в былое время предполагалось туда послать комиссию для переписи инородцев и более точного распределения между ними платимого ясака. Выяснение этого вопроса находилось в связи с бывшим предположением вообще изменить налоговую систему инородцев. Пришлось по целому ряду причин тогда отложить это намерение, но оно настоятельно нужно".