В том же 1920 году в Петрограде скончался Регель. Еще при жизни он рекомендовал Вавилова в свои преемники на посту заведующего Отделом прикладной ботаники и селекции. Сельскохозяйственный Ученый Совет (высший тогда в стране орган по научному руководству финансируемыми государством учреждениями в этой сфере) проголосовал за избрание Вавилова на этот пост. Народный Комиссариат земледелия назначил Вавилова заведующим Отделом. Теперь уже Вавилову пришлось уезжать из Саратова в Петроград окончательно. Перед тем, как приступить в 1921 году к исполнению новых обязанностей, Вавилов съездил в США, сделал краткую остановку в Европе, в Берлине, повидался в декабре с отцом.
Перебираясь в Петроград, Вавилов отчетливо понимал, что его, как когда-то в Саратове, где он обживался на пустом месте, ждут снова трудности, да еще усиленные послереволюционной и послевоенной разрухой и отсутствием самых необходимых вещей. 5 ноября 1920 года он писал своей молодой сотруднице Елене Ивановне Барулиной, вскоре ставшей его второй женой:
"Сижу в кабинете за столом покойного Роберта Эдуардовича Регеля, и грустные мысли несутся одна за другой. Жизнь здесь трудна, люди голодают, нужно вложить заново в дело душу живую, ибо жизни здесь почти нет, если не труп, то сильно больной, в параличе. Надо строить заново все. Бессмертными остались лишь книги да хорошие традиции.
В комнате холодно и неуютно. За несколько часов выслушал рапорт о тягостях жизни. Холод, голод, жестокая жизнь и лишения. Здесь до 40 человек штата. Из них много хороших, прекрасных работников. По нужде некоторые собираются уходить. Они ждут, что с моим переездом все изменится к лучшему.
Милый друг, мне страшно, что я не справлюсь со всем. Ведь все это зависит не от одного. Пайки, дрова, жалованье, одежда. Я не боюсь ничего, и трудное давно сделалось даже привлекательным. Но боязнь не за самого себя, а за учреждение, за сотрудников. Дело не только в том, чтобы направить продуктивно работу, что я смогу, а в том, чтобы устроить личную жизнь многих. Все труднее, чем казалось издали…" (20).
Вавилов блестяще разрешил многие проблемы. К исполнению обязанностей директора Отдела он приступил с марта 1921 года и, проявив упорство, терпение и унаследованный от предков организаторский талант, начал развивать и расширять Отдел. Теперь он еще более укрепился на службе государственной, непосредственно подчинялся высшим руководителям Наркомата земледелия, взаимодействовал с крупными государственными руководителями в других ведомствах и должен был искать и находить с ними общий язык.
Сознательное следование предопределенным сверху заданиям не могло, конечно, не сочетаться у Вавилова с бессознательной, врожденной тягой к полезной деятельности, к все более широкому развитию его собственного ВАВИЛОВСКОГО дела, крепко поставленного на ноги и добротно управляемого.
Для упрочения своего дела Вавилов вынужден был невольно воспроизводить в своей сфере, при создании собственной школы, механизмы, развитые при новой власти. Естественно, что, интегрируя себя во всё более высокие уровни этой власти, он не пассивно воспринимал методы ее упрочения, но относился к этому с высоты собственного понимания целей и потребных для их выполнения средств. Параллельно вхождению во властные структуры протекал процесс эволюции вавиловского мировоззрения — изменения взглядов на многие стороны действительности, на политическую организацию общества и на людей.
В публикациях и письмах тех лет можно найти указания на то, что в начальные годы пребывания на государственной службе он испытывал к большевикам чувства, далекие от почтения3. С первых же дней работы он столкнулся с финансовыми и организационными трудностями. Довольно часто в 1922–1923 годах в письмах коллегам на Запад (особенно часто Д. Н. Бородину4) или тем из эмигрантов, с кем он установил деловые контакты, Николай Иванович сетовал на трудности жизни в постреволюционной России:
"…на телеграмму Вам у нас денег нет" (25).
"Наши ставки уже давно не были так низки, как теперь" (26).
"Каждый рубль здесь дается с большим трудом" (27).
"Если бы Вы представляли себе тот ужас финансового положения, которое мы чувствуем на каждом шагу" (28).