Вскоре после переезда Вавилова из Саратова в Петроград в 1920 году он стал писать письма Левитскому в Киев, приглашая его возглавить работы по цитологии и генетике в создаваемом им институте. Уже в то время Левитский был самым крупным специалистом в области цитогенетики в стране (его книга "Материальные основы наследственности", изданная в 1924 году (99), была долгое время самым авторитетным руководством по этим вопросам на русском языке). Как только был учрежден Институт прикладной ботаники и новых культур, Левитский решил принять предложение Вавилова. В официальном приглашении Вавилов просил дорогого Григория Андреевича приступить к "организации Цитологического и Анатомического отделений", добавляя "все мы в один голос останавливаемся на Вас. Кроме этого, хотелось бы передать Вам также, хотя бы частично, редактирование "Трудов по прикладной ботанике"... Эта работа большой ответственности... В нашу среду входит с осени Карпеченко, но главным образом для работы по генетике" (100).
Переезду в Петроград мешало одно обстоятельство, о котором Левитский известил Вавилова. Он, как тогда говорили, был "поражен в правах" -- советская власть ограничивала переезды "лишенцев", запрещала занимать должности на государственной службе, участвовать в общественных организациях. Причиной лишения Левитского прав было то, что он был призван в 1914 году в царскую армию и получил чин прапорщика, хотя никогда в боевых действиях не участвовал. Офицеров царской армии большевики преследовали. Вавилов быстро добился для него реабилитации, ГПУ сняло свои претензии, и в 1925 году Левитский вместе с женой, Натальей Евгеньевной Кузьминой, также цитологом, переехал в Ленинград.
За годы работы в ВИР▓е и в университете Левитский создал самобытную школу цитогенетиков растений, воспитал много учеников, разъехавшихся по всей стране. Им были опубликованы книги и много экспериментальных статей. 29 марта 1932 года Левитский был избран членом-корреспондентом АН СССР. Как рассказано выше, в 1933 году он был арестован органами ОГПУ, но в ходе допросов не согласился ни с одним из пунктов чекистских "доказательств" и был приговорен к трем годам административной ссылки, Однако срок был скощен. Левитский был едва ли не единственным, кто тогда на следствии не выронил ни одного слова осуждений в адрес коллег и друзей, не высказал подозрений ни против кого, никого не оговорил. Ему нечего было после этого стесняться или бояться, и возможно поэтому он -- единственный из всех арестованных специалистов ВИРа -- вернулся туда работать, как только в 1933 году Прокуратура СССР решила его реабилитировать и разрешила выбраться из Западной Сибири. С 1934 года он стал профессором кафедры Карпеченко в университете. В 1937 году его арестовали, но быстро выпустили.
Пока шла непрекращавшаяся дискуссия с лысенковцами -- в частности, и на IV-й сессии ВАСХНИЛ в 1936 году, и на совещании в редакции журнала "Под знаменем марксизма" в 1939 году -- Левитский был сильным критиком взглядов лысенковцев, спокойно, а порой саркастично приводившим аргумент за аргументом, факт за фактом. Соответственно относились к нему и "мичуринцы". Уже встречалась выше фамилия Соколова -- директора Детскосельской лаборатории ВИР. Вот, что он написал в характеристике на Левитского, направленной по партийным каналам в середине 30-х годов:
"...крайне самолюбив, резок в выступлениях, часто переходящих в антисоветские. Например, по докладу Презент в частном разговоре с т. Сизовым дал оценку диалектическая трескотня, а не методология. Для подготовки кадров не стремится подобрать советскую молодежь, а подбирает "подходящих", т. е. из бывших людей. В общественно-политической работе участие сейчас принимает крайне слабое" (101).
Ученики Левитского действительно были замечательными специалистами, но к 1938 году уже четверо из них пребывали в заключении (Н.П.Авдулов, Б.А.Вакар, В.П.Чехов, Я.Е.Элленгорн), а самый талантливый, учившийся у Левитского еще в Киеве, затем переехавший к Филипченко -- Ф.Г.Добржанский был вынужден остаться в США (стать невозвращенцем).
В 1991 году дочь Левитского Надежда Григорьевна смогла познакомиться со следственным делом отца. Выяснилось, что постановление на арест заключало в себе длинную выдержку из показаний, данных в 1933 году Писаревым, в 1937 году -- Л.С.Марголиным, в 1940 и 1941 годах Вавиловым, отрывки из донесений секретных осведомителей НКВД -- сотрудника ВИР Ф.К.Тетерева и ст. инспектора сектора кадров ВАСХНИЛ Колесникова. Как доказательства его вражеского отношения к советской власти фигурировали такие пассажи: