Аресты членов этой организации начались в 1932 году. Всего было арестовано 89 человек, включая таких известных оппозиционеров как И. Н. Смирнов, Тер-Ваганян и Преображенский. Почти все арестованные были исключены из партии в 1926—32 годах за «троцкистскую фракционную деятельность», 35 из них в 1929—32 годах были восстановлены в партии. Среди арестованных были хозяйственные руководители, инженерно-технические работники, экономисты, рабочие, преподаватели вузов, журналисты и т. д.
В качестве вещественных доказательств к делу быта приобщены обнаруженные при обысках машинописные копии «Завещания», троцкистские листовки и переписка некоторых арестованных с Троцким и ссыльными троцкистами.
Почти все арестованные держались на следствии мужественно, отказываясь признать свои взгляды контрреволюционными и отрицая существование конспиративной организации. Некоторые подследственные вообще отказались давать какие-либо показания. 25 человек решительно отвергли все предъявленные им обвинения.
Тактика других подследственных заключалась в том, чтобы доказать абсурдность привлечения их к уголовной ответственности за стремление к восстановлению ленинских норм партийной жизни. Так, на первом допросе Преображенский заявил: «Я слишком поздно понял, ‹…› что партия не может позволить своим членам такой роскоши, как особые мнения, особые точки зрения в оценке положения… Моя ошибка лежала, очевидно, в том, что я всё время механически переносился к тому, „как было при Ленине“» [730].
Будучи вторично арестован в 1936 году, Преображенский на допросе в НКВД так характеризовал свои политические настроения 1932 года:
«1. Темпы коллективизации взяты не по силам. Деревня отошла от середняцкого хозяйства и не освоила коллективное, а в результате резкое падение производительных сил сельского хозяйства; огромные продовольственные затруднения, особенно на Украине, и ряд совершенно ненужных жестокостей в борьбе с кулачеством.
2. Темпы индустриализации взяты непосильные. В результате невыполнение плана капиталовложений, срыв сроков ряда строек, сокращение личного потребления рабочих, перенапряжение в труде и как результат — общее ухудшение материального положения пролетариата.
3. Неверная политика в Коминтерне, приводящая к изоляции компартии в борьбе с фашизмом, особенно в Германии.
4. Невыносимый партийный режим, при котором невозможно обсуждение ни одного больного вопроса, волнующего страну. Партийной дисциплине противопоставлялась троцкистская внутрипартийная демократия.
5. На идеологическом фронте — полнейший застой. Это результат политики ЦК, которая доводит дисциплину мысли до централизации мысли и, культивируя бездарности, задерживает всякое умственное развитие молодежи.
Из всего этого, естественно, делался вывод о необходимости борьбы с политикой ЦК и руководством партии» [731].
Таким образом, Преображенский в 1932 году полностью отказался от своих иллюзий конца 20-х годов относительно «левого» характера сталинской политики и, по сути, перешёл на позиции, которых в это время занимали Троцкий и другие авторы «Бюллетеня оппозиции». Следует подчеркнуть также, что даже в чудовищных условиях следствия 1937 года, Преображенский излагал свое политическое кредо с достоинством, не прибегая к чернящим квалификациям своих взглядов, которых требовали следователи.
Этот прием — придание каждому оппозиционному высказыванию и действию криминального характера путём добавления эпитетов типа «контрреволюционный» — широко применялся уже в ходе следствия 1933 года. Так, одно из показаний по делу «контрреволюционной троцкистской группы» было оформлено следующим образом: подследственный признал себя виновным «в получении контрреволюционной литературы, контрреволюционной троцкистской информации и в сохранении связей с группой троцкистов-двурушников, возглавлявшейся И. Н. Смирновым», а также заявил о распространении «троцкистами» «контрреволюционных инсинуаций и слухов» против Сталина [732].
Арестованные по данному делу были объявлены виновными в участии в «нелегальной контрреволюционной группе», которая якобы «ставила себе целью воссоздание подпольной троцкистской организации на основе новой тактики двурушничества с целью проникновения в ВКП(б) и государственный и хозяйственный аппарат» [733]. Кроме того, им инкриминировалось установление связи с остававшимися в ссылке оппозиционерами (в частности, с Раковским) и распространение присылаемых последними нелегальных документов.