Ведущий историк Чарльз Биард подвергся жестокой критике со стороны попечителей университета Колумбии, обеспокоенных тем, что его взгляды могут «посеять неуважение к американским институтам». В негодовании Биард подал в отставку, объявив, что попечители и Николас Мюрей Батлер стремятся «выгнать, или унизить, или терроризировать каждого, кто придерживается прогрессивных, либеральных или нетрадиционных взглядов на политические вопросы».
Академия, конечно, никогда не воспринимала людей антикапиталистических убеждений. Даже в радикальное время 1930-х годов преподавательский штат насчитывал относительно немного коммунистов и обычно их держали на должностях ассистентов, инструкторов и прочих постах маргинального и не очень надежного статуса. Открытое отождествление себя с коммунистами не способствовало сохранению карьеры.
Подавление инакомыслия в университетах достигло высшего напряжения в конце 1940-х годов и в начале 1950-х с приходом маккартизма и «охоты на ведьм», проводимых на уровне штатов и страны. Среди преподавателей, выгнанных из академии, были те, кто ассоциировался с Коммунистической партией или с ее организациями, наряду с теми, кто отказывался сообщить инквизиторам, являются ли они или когда-либо были членами партии. Социолог Зигмунд Диамонд был лишен поста в Гарварде тогдашним деканом МакДжорджем Банди (который позже проявил себя как один из вашингтонских политических умников, принесших вьетнамскую войну). Преступление Диамонда заключалось в том, что он не назвал имен в ФБР.
Другие, как экономист Пол Баран в Стэнфорде, не были связаны с Коммунистической партией, но были марксистами, что также было явно плохо. Искоренение преподавателей с антикапиталистическими умонастроениями осуществлялось комитетами Конгресса, государственными законодательными комитетами и во многих случаях администрацией университетов. По всей стране администрации разработали впечатляюще согласованные практические приемы, выполняя миссию по чистке списков профессорско-преподавательского состава.
Один выдающийся член партии, Герберт Аптекер, талантливый педагог и историк, не мог получить постоянный академический пост в течение более чем пятидесяти лет. В 1976 году его пригласили читать курс в Йельском университете на один семестр, но администрация отказала ему. Только после 18 месяцев протестов студентов и преподавателей олигархи Йеля все же сдались. Но даже тогда были приняты меры предосторожности, чтобы Аптекер не совратил слишком многих йельцев. Его курс был ограничен 15 студентами и проходил на чердаке заброшенного здания в дальнем конце территории университета. Аптекеру приходилось путешествовать из Нью-Йорка в Нью-Хейвен, чтобы появляться там раз в неделю. Денег на дорогу ему не давали и по окончании семестра ему заплатили щедрую сумму в 2000 долл. Йель успешно пережил присутствие в своих рядах верного коммуниста, но не без некоторого трепета чиновников от администрации. Они не опасались, что сам Аптекер может подорвать основы университета, но боялись, что его назначение может быть первым шагом к открытию антикапиталистических воззрений, которые не допускались в Йеле в течение многих поколений.
Тысячи других преподавателей, которых никогда не вызывали в какие-либо комиссии по расследованиям, все же испытывали их леденящее влияние. В работе, посвященной академии времен Маккарти, Пол Лазерфельд и Агнер Тиленс-младший пишут, что необходимость доказывать свою лояльность пронизывала преподавательские ряды. Почти любая критика существующего политико-экономического порядка вызывала подозрение, что кто-то скрывает свои «коммунистические тенденции». Преподавателей, отказывавшихся подписывать обязательства соблюдать лояльность, увольняли.
Некоторые академики критиковали расследования за подрыв морали и за то, что они «мешают свободному обществу отразить реальную угрозу тоталитарного коммунизма». Таким образом, даже разоблачая антикоммунистическую «охоту на ведьм», они действовали, исходя из антикоммунистических убеждений. Их аргумент заключался в том, что слишком много невинных людей выгнали с работы и заставили замолчать в профессиональной деятельности. Подразумевалось, что инквизиция не была столь уж не права, просто она действовала неуклюже и перестаралась, и что совершенно правильно американцев лишали конституционных прав, коль скоро они были действительно «виноваты» (коммунисты), главное, что карьеры «невинных» людей (не коммунистов) не пострадали.