В 2005 г., в период, когда Сергей Иванов был министром обороны, стартовала государственная программа по обеспечению жильем военнослужащих. Минобороны выступило заказчиком строительства жилых домов по всей России. Сотрудничество квартирно-эксплуатационного управления министерства с недобросовестными застройщиками привело к появлению в стране множества недостроенных зданий и тысяч обманутых дольщиков. Люди, купившие квартиры в домах Минобороны, начиная с 2006 г., регулярно устраивали[41] акции протеста[42]. Скандалы с недостроенным жильем, заказчиком строительства которого стало военное ведомство, в период с 2005 по 2007 г. приобрели массовый характер. Член экспертного совета Государственной думы «Доступное жилье» Виктор Мельчеков отмечал[43], что «на стройках Минобороны очень много криминала. В прокуратуре все это знают, а в том числе и кто именно виноват, но закрывают глаза – слишком высокий уровень».
Наиболее скандальную известность приобрело сотрудничество со строительной компанией «Социальная инициатива». Данное юридическое лицо было зарегистрировано в Москве, свыше 60 филиалов открыто по стране, на личном опыте с компанией столкнулись жители 176 городов. СМИ указывали[44], что дома возводились «Социальной инициативой» на территориях, принадлежащих Министерству обороны, где в качестве заказчика строительства выступали квартирно-эксплуатационные части (КЭЧ) – структурные подразделения Министерства обороны. Кадровый состав корпорации составляли бывшие военные. Известно[45], что в Нижнем Новгороде с 2002 г. «Социальная инициатива» начала строить 10 высотных домов на 1212 квартир на улице Медицинской и два пятиэтажных дома на 232 квартиры в городах Бор и Павлово. Строительство велось на федеральных землях, находившихся в ведении Министерства обороны РФ, которому, как заказчику, полагалось 20 % жилья.
В сентябре 2005 г. все работы были заморожены. В результате[46] администрация Нижнего Новгорода взяла на себя обязательства по достройке этих домов, при условии передачи городу земельного участка Минобороны.
Дольщики «Социальной инициативы» неоднократно заявляли, что недобросовестные застройщики были аффилированы с руководством ведомства Сергея Иванова, а в некоторые оплаченные соинвесторами квартиры вселялись генералы[47]. Ровно через год после отставки Иванова с поста министра обороны покончил жизнь[48] самоубийством глава КЭУ Минобороны Виктор Власов.
В 2009 г. суд приговорил главу «Социальной инициативы» Николая Карасева к десяти годам заключения в колонии строгого режима, его жену Наталью Карасеву – к восьми годам колонии общего режима, их дочь Ларису Мошкину – к семи годам колонии общего режима, главного бухгалтера Сергея Литовченко – к семи годам колонии строгого режима. Все четверо фигурантов дела были признаны виновными по части 4 статьи 159 УК РФ (мошенничество в особо крупном размере) и статье 174.1 УК РФ (легализация денежных средств в особо крупном размере). Суд установил, что подсудимые заранее не намеревались выполнять обязательства перед вкладчиками, и у них даже не было разрешительной документации на строительство ряда объектов, при этом потерпевшим сообщалась заведомо ложная информация о ходе строительства. Летом 2011 г., по данным журналиста Ольги Романовой, Верховный суд полностью оправдал всех фигурантов дела «Социальной инициативы», и они вышли на свободу[49].
Во время нахождения Сергея Иванова на посту министра обороны, как отмечают СМИ, в России росли военные расходы, в 2006 г. составившие почти $18 млрд. Госзаказ достиг $8 млрд. Однако, как отмечает[50] журнал «Эксперт», значительная часть денег была украдена – «почти всем, кто хоть сколько-нибудь знаком с проблемой, известен не только сам факт разворовывания трех четвертей оборонного заказа, но и его механизм». Так, к 2005 г. на выделенные из бюджета $12 млрд закуплено два десятка межконтинентальных баллистических ракет «Тополь-М», что должно было обойтись не дороже $1 млрд, а также около полусотни танков Т-9 °C, несколько самолетов и вертолетов, что в сумме не могло составить более $3 млрд. Куда делись остальные средства – неизвестно. «Эксперт» указывает, что существовало два основных механизма хищений. Первый – через ремонтные заводы Минобороны, куда уходила большая доля выделяемых в рамках гособоронзаказа денег, а техника этими заводами ремонтировалась только по документам. Второй – через финансирование НИОКР финальных образцов вооружений по федеральным целевым программам. На эти НИОКР, как указывает журнал, уходили ежегодно миллиарды из бюджета, но сроки сдачи новой техники постоянно переносились из-за недофинансирования. Увеличение финансирования целевых программ приводило не к «закрытию» долгов по финансированию, а появлению новых НИОКР.