Спустившись на шлюпочную палубу, механики обнаружили за кормой авианосца два катера и большой гребной баркас, которые дрейфовали на довольно большом расстоянии от корабля. Капитан 2-го ранга Айзо приказал прыгать в воду и попытаться добраться до баркаса. Корма авианосца поднималась — он быстро погружался. Младший лейтенант Мандаи прыгнул в воду, а когда вынырнул, увидел, как над водой уже торчали огромные, бронзовые винты авианосца. Мандаи быстро отплыл на безопасное расстояние и, снова обернувшись, увидел только пустое море. Это произошло где-то между 9.07 и 9.15. Затем 39 человек, включая Айзо и Мандаи, перебрались в баркас. Айзо решил оставаться на месте гибели "Хирю" и ожидать подхода главных сил адмирала Ямамото, которого, конечно, должен был предупредить пролетавший над авианосцем самолет.
В действительности же, Ямамото и не думал идти к ним на помощь. Он получил донесение от "самолета с колесами" и был весьма шокирован — работа по затоплению "Хирю" была явно выполнена очень небрежно. Еще не хватало, чтобы "Хирю" захватили американцы! Ямамото радировал Нагумо, чтобы тот принял все меры для затопления авианосца. А между тем внимание Ямамото привлек другой брошенный корабль. В 6.52 — всего за несколько минут до рапорта о "Хирю" — пришло интригующее сообщение с гидросамолета № 4 тяжелого крейсера "Тикума": "Вижу накренившийся авианосец противника типа "Йорктаун". Авианосец дрейфует по курсу 111° на расстоянии 240 миль от точки моего взлета. В охранении один эскадренный миноносец".
Адмирал Ямамото немедленно приказал подводной лодке "J-168" прекратить патрулирование у Мидуэя, разыскать поврежденный авианосец противника и уничтожить его. Склонившись над картой, капитан 3-го ранга Танабе начал рассчитывать свой новый курс. Он вычислил, что американский авианосец был всего в 150 милях от него, так что достигнуть его было нетрудно. Танабе решил подойти к этому месту с запада на рассвете. В этом случае авианосец хорошо бы вырисовывался на фоне восхода, в то время, как его лодка оставалась бы в темноте. Проложив курс и рассчитав скорость, Танабе повернул свою подводную лодку прочь от Мидуэя, направившись на северо-восток.
На эсминце "Хьюджес" поймали радаром японский разведывательный самолет, но визуально его так и не увидели. Импульс на экране показывал, что самолет находится на дистанции примерно 20 миль к западу. Через 10 минут после обнаружения в 6.26 импульс на экране исчез. В 7.41 все на мостике "Хьюджеса" невольно вздрогнули, когда пулеметная очередь прочертила воду с левого борта "Йорктауна". Сигнальщик Питер Каретка, вскинув бинокль, стал обшаривать небо, считая, что их обстрелял какой-то подкравшийся японский самолет. Однако небо было чистым, и что это все означало — никто понять не мог. Капитан 2-го ранга Рамсей в какой-то момент подумал, что какой-нибудь пулемет на авианосце выстрелил сам, перегревшись от пожара.
Пулеметная очередь повторилась, и на эсминце все внезапно поняли, что стрелять мог только кто-то из еще оставшихся в живых на "Йорктауне". Действительно, с левого борта на полетной палубе стоял человек, размахивая руками. Рамсей приказал спустить на воду вельбот, и вскоре моряки эсминца, поднявшись на борт "Йорктауна", обнаружили там лежащего без сознания возле пулемета матроса Нормана Пичета, тяжело раненного в живот. В 8.35 раненого доставили на эсминец, привели в чувство и узнали, что на борту авианосца есть еще один живой человек.
Снова вельбот подошел к борту "Йорктауна". На этот раз он вернулся с матросом Джорджем Вайсом, который проломил себе череп, когда взрывная волна сбросила его с платформы на дымовой трубе. Вайс смутно помнил звуки тревоги и команду оставить корабль. Он почувствовал, как корабль накренился и понял, что началась эвакуация раненых. Он позвал кого-то, чтобы вынесли и его. Затем ему или показалось, или он действительно услышал, как чей-то голос сказал: "Оставь его и пошли — он все равно умрет". Вайс помнил, как он сидел на койке и ругался страшными словами, а потом снова потерял сознание. Пичет был также брошен в лазарете, поскольку санитары решили, что его состояние безнадежно. Однако он нашел в себе силы пробраться в полубессознательном состоянии через три палубы и дать несколько очередей из пулемета, чтобы вызвать помощь.