Возвращение японского флота домой было тяжелым. На рассвете 7 июня адмирал Ямамото махнул рукой на все планы и, уйдя в свою каюту, лег на койку и уже не вставал до следующего утра. Старший вестовой Оми принес главкому тарелку с рисовой кашей, но адмирал даже не притронулся к ней.
9 июня на "Ямато" прибыл катер с адмиралом Кусака. Кусака, еще одетый в свою испачканную и обгоревшую форму, тяжело хромая, с трудом поднялся на мостик в сопровождении капитана 1-го ранга Оиси и капитана 2-го ранга Гэнда. На мостике их встретил Ямамото. Он обнял адмирала Кусака за плечи, поблагодарив за все, что тот сделал и перенес. Ямамото пытался сделать все, чтобы поднять настроение своих подчиненных. Для уцелевших с авианосцев были приготовлены пирожные, пакеты с деньгами и даже свежее белье.
Кусака попросил разрешения поговорить с Ямамото с глазу на глаз. В маленьком помещении под мостиком он рассказал главкому, как подавлены случившимся его офицеры, все еще ведя разговоры о самоубийстве. Кусака попросил Ямамото реорганизовать авианосный флот и дать шанс отомстить за поражение. Глаза Ямамото наполнились слезами, и он ответил: "Я понимаю вас. Кусака, и все сделаю".
На крейсере "Нагара" адмирал Нагумо снова впал в прострацию. Было приказано не спускать с него глаз, чтобы он не наделал каких-нибудь глупостей, Ошеломленные поражением офицеры, осознав катастрофу, пытались понять, как это могло произойти. Если бы гидросамолет № 4 с тяжелого крейсера "Тонэ" вылетел вовремя, то американский флот мог быть обнаруженным до перевооружения второй ударной волны… если бы пикирующие бомбардировщики противника атаковали их всего на несколько минут позже, то самолеты с авианосцев были бы уже подняты в воздух… если бы они атаковали американские авианосцы сразу же, как предлагал Ямагути, не дожидаясь, пока будут готовы все самолеты… Неожиданно стали очевидны грубейшие ошибки всего оперативного плана боя, который полностью зависел от того, что американский флот отреагирует на удар по Мидуэю именно так, как ожидали японцы. Это распылило огромные силы адмирала Ямамото по всему Тихому океану вместо сосредоточения их в направлении главного удара. От всего плана веяло сверхсамоуверенностью и опасным пренебрежением к противнику. А ведь было совсем несложно обеспечить лучшую завесу подводных лодок и усилить воздушную разведку на авианосцах, участвовавших в бою.
Все это было так, но сейчас самым главным становилось ослабление эффекта в стране от столь ошеломляющего поражения. Еще находясь в море, Ямамото полностью сообщил о результатах боя начальнику Главного Морского штаба адмиралу Нагано. Нагано позвонил в генштаб, и 8 июня представители высшего командования собрались на совещание, на котором эти ужасные новости были доложены премьер-министру Тодзио. Выслушав доклад, генерал Тодзио принял следующие решения:
1. Факты катастрофы не должны выйти за пределы этой комнаты.
2. Все имеющиеся в распоряжении средства должны быть выделены для восполнения потерь.
3. Никакой публичной критики в отношении флота.
10 июня звуки фанфар и знакомая мелодия военно-морского марша возвестили слушателям Токийского радио, что сейчас будет передано сообщение о новой крупной победе на море. И действительно сообщение выглядело внушительным: два американских авианосца потоплено… сбито 120 самолетов противника… высажен десант на Алеутские острова… стерта с лица земли военно-воздушная база противника на Мидуэе. Японские потери: один авианосец потоплен, еще один авианосец и крейсер повреждены. Потеряно 35 самолетов.