Полным провалом закончилась и попытка Софьи заручиться поддержкой среди участников второго Крымского похода. При этом царевна решила сыграть на негативной оценке его результата, данной Петром, который к тому же отказался утвердить манифест о наградах и принять руководителей похода. Но ни щедрые денежные раздачи, ни стремление выдать военную неудачу похода за триумф ее внешнеполитического курса не принесли Софье желанных результатов. Стрельцы оказались глухи к призыву правительницы добыть ей силой оружия царский венец.
Таким образом, основная идея царевны Софьи подготовить широкомасштабный и хорошо организованный в глубокой тайне стрелецкий заговор осталась нереализованной, что с необходимостью заставило ее искать иные пути осуществления дворцового переворота.
Опыт истории внутриполитической борьбы подсказывал ей, казалось, единственно правильный вариант: используя ложную информацию, спровоцировать стрельцов на расправу с кланом Нарышкиных и по трупу своего кровного брата взойти на русский престол. 7 августа 1689 г. Милославские распространили слух о том, что «потешные» полки Петра ночью ворвутся в Кремль и побьют царя Ивана, его сестер и стрелецкую охрану. Поднятые по тревоге Шакловитым, стрелецкие полки вошли в Кремль, а также заняли другие ключевые позиции в столице. Но до вооруженных столкновений, к чему и стремилась Софья, дело не дошло. Узнав о выступлении стрельцов, Петр немедленно ускакал в Троице-Сергиевский монастырь, куда на следующий день прибыли «потешные» батальоны и стрельцы Сухарева полка. Образование военного лагеря в Троице и отказ московского дворянства поддержать правительницу, говорили о провале заговора Милославских. Военные силы, на которые рассчитывала опереться Софья, таяли с каждым днем. Осознание поражения заставило ее искать примирения с Петром, но все было напрасно. После казни Шакловитого и ареста В. В. Голицына Софья была взята под стражу и в конце сентября заточена в Новодевичий монастырь.
В октябре 1689 г. под звон колоколов московских церквей Петр торжественно вернулся в столицу. Отстранение Софьи от власти, однако, мало что изменило в поведении Петра. Он по-прежнему всецело отдавался военному делу, ремеслу, целыми днями пропадал на «учебе» в Немецкой слободе. Военные маневры на суше чередовались с боевыми забавами на воде. Зимой 1692 г. царь отправился в Переяславль для строительства кораблей. В августе корабли пустились в плавание по Плещееву озеру, но его акватория и глубина ограничивали размеры судов и возможность маневрировать ими. Поэтому Петр принимает решение отправиться на Белое море в Архангельск — единственный тогда морской порт России, открывавший на летний период путь в Европу.
Беломорское путешествие царя в 1693–1694 гг. имело решающее значение в принятии Петром исторического решения о начале немедленной борьбы за превращение России в морскую державу. По свидетельству Лефорта, Петр, хотя и указывал на необходимость строительства русского флота на севере, главное внимание сконцентрировал на идее выхода России к незамерзающему Черному морю.
Помимо экономических аспектов на решение царя действовать в южном направлении оказали влияние внешнеполитические традиции и международное положение Русского государства. Следует напомнить, что детство и юношество Петра протекали в условиях русско-турецкой войны. Антиосманская духовная атмосфера, охватившая правящие и церковные круги России, оказала на него сильное психологическое воздействие, сформировав в нем комплекс будущего героя борьбы с турецкой экспансией. Царь позднее рассказывал, что, читая в юности повесть Нестора о походе князя Олега на Царьград, он загорелся мечтой повторить его подвиг. Кроме того, Петр ознакомился с работой стольника А. И. Лызлова «Скифская история», пронизанной патриотическими призывами к борьбе против турецких и крымских захватчиков. Недаром царь в эти годы неоднократно заявлял, что он «отомстит туркам и татарам за все обиды, которые они нанесли Руси». И слова юного царя не были лишь данью его литературному увлечению. В 1692 г. татарская конница совершила набег на Украину, выжгла предместья Немирова и увела в Крым большое количество пленных. Русско-турецкая война начала разгораться с новой силой.