Почтовый конверт, выпущенный в честь Дня внутренних войск МВД России
Десять лет Комаровский был рядом с императором. Неоднократно выполнял его ответственные поручения. Несомненно, это имело место и во время двухгодичного пребывания Комаровского за границей. Столь длительное нахождение в фаворе при дворе создавало мнение в близких ко двору кругах о ловкости и изворотливости Комаровского, сумевшего добиться столь долгого расположения к себе императора. По характеристике известного литературоведа Б. М. Энгельгардта Комаровский был «ловкий придворный… до кончиков пальцев исполненный царедворского лукавства». С этим мнением можно поспорить. Комаровский, судя по его биографии, был высокопорядочным, честным и скромным человеком. Конечно, он обладал хорошими деловыми качествами, был энергичен, инициативен, исполнителен, к тому же выделялся и отличался образованностью, воспитанностью, культурой.
Если бы он был столь ловким царедворцем, то вряд ли почти 17 лет пробыл в генерал-майорах, столь долго дожидаясь производства в следующий чин.
07.07.1811 г. назначен инспектором внутренней стражи, занялся организацией и устройством нового войска. «Барклай-де-Толли хотел, — вспоминал впоследствии Е. Ф. Комаровский, — чтобы я носил звание дежурного при нем генерала по внутренней страже, но государь на сие не согласился, сказав: „Граф Комаровский — мой генерал-адъютант, и я хочу, чтобы он был между мной и вами“». Тем самым Александр I подчеркнул значимость вновь учрежденного войска.
Во время Отечественной войны 1812 года содействовал формированию государственного ополчения и резервных полков, для этой цели были выделены окружные генералы, офицеры и нижние чины внутренней стражи. Вместе с подчиненными организовал поставку лошадей в действующую армию. Под его руководством внутренняя стража обеспечивала «тишину и спокойствие» в империи. В связи с созданием согласно указу от 30.03.1816 г. Отдельного корпуса внутренней стражи назначается его командиром. 30 августа т. г. производится в генерал-лейтенанты.
Забот о своем войске у Комаровского хватало. «Должностьмоя была весьма хлопотлива», — писал он впоследствии. За восемь последних лет командования корпусом внутренней стражи он проехал по России 32 тысячи верст, инспектируя батальоны и команды.
Дом на Невском 42, где жил Е. Ф. Комаровский в 1814–1820 гг.
Комаровский проявил себя требовательным, решительным и в то же время заботливым командиром. Внутренней страже приходилось часто выделять команды для водворения порядка во время крестьянских волнений, вызванных, как правило, помещичьим произволом. Комаровский требовал в своих приказах, чтобы выделенные команды «крестьянам никаких обид не делали», виновных в неправомерных по отношению к населению действиях «судить и наказывать по военному артикулу».
Множество приказов было издано о разного рода злоупотреблениях в Отдельном корпусе внутренней стражи со стороны должностных лиц и наказании виновных. И здесь Комаровский показал себя непоколебимым и последовательным в своих действиях начальником. Он не терпит морально опустившихся офицеров, особенно тех, кто издевается над солдатами, использует их в своих личных целях, злоупотребляет своей властью, преступает закон. Он по-отечески относится и к нижним чинам, требует от окружных генералов и офицеров не обижать их, внимательно относиться к их нуждам, обязательно замечать и отмечать их служебное рвение, отвагу и благородство.
Для ликвидации последствий наводнения в столице в 1824 г. временно исполнял обязанности военного губернатора Петербургской и Выборгской сторон города.
Во время восстания 14 декабря 1825 г. показал себя решительным сторонником императора Николая I, организовал конвоирование пленных мятежников в Петропавловскую крепость, был членом Разрядной комиссии и участвовал в заседаниях Верховного уголовного суда по делу декабристов.