На второй неделе января 1959 года, менее трех недель спустя после посвящения в сан епископа Лучани, папа Иоанн XXIII беседовал о положении в мире с заместителем государственного секретаря Ватикана кардиналом Доменико Тардини. Они обсудили ситуацию на Кубе и возможные последствия свержения молодым человеком по имени Фидель Кастро режима Батисты, проанализировали тот факт, что во Франции теперь новый президент, генерал Шарль де Голль. В своей беседе они коснулись и научно-технических достижений Советского Союза, запустившего ракету на лунную орбиту. Их беспокоило восстание в Алжире, ужасающая нищета во многих латиноамериканских странах, меняющийся облик Африки, где чуть ли не каждую неделю возникала новая страна. Иоанну XXIII казалось, что римская католическая церковь не поспевает за эпохой, упуская из виду проблемы, стоящие перед нею в середине двадцатого века. В истории назрел переломный момент, когда значительная часть мира, в стремлении к ценностям материальным, отворачивалась от духовной сферы. В отличие от многих в правящих кругах Ватикана, папа считал, что в реформах, как и в благодеяниях, нужно начинать со своего дома. И вдруг Иоанну XXIII в голову пришла идея, которую он позже назвал откровением от Святого Духа. Неважно, откуда взялась эта мысль, она была блестящей: «Собор!»
Так возникла идея о созыве Второго Ватиканского Вселенского собора. После Первого Ватиканского собора, состоявшегося в 1870 году, в католической церкви был утвержден догмат о непогрешимости папы римского. Отголоски дискуссий и споры об итогах Второго собора и сейчас, много лет спустя после его завершения, по-прежнему не утихают по всему миру.
На открытие Второго Ватиканского собора 11 октября 1962 года в Рим съехались епископы — 2381 человек. Среди них был Альбино Лучани. В ходе заседаний собора Альбино Лучани сблизился и сдружился с несколькими церковными иерархами, теплая дружба с которыми сохранится до конца его жизни: это были Сюененс из Бельгии, Войтыла и Вышинский из Польши, Марти из Франции, Тиандум из Дакара. В ходе развернувшихся во время собора дискуссий Лучани пришлось проверить твердость собственных убеждений, и его «путем в Дамаск» стало обсуждение декларации «О религиозной свободе».
Нашлись и те, на кого не произвели такого же сильного впечатления новые взгляды на старую проблему. Такие люди, как кардинал Альфредо Оттавиани, руководивший Конгрегацией священной канцелярии, не только упорно стремились искоренить саму концепцию веротерпимости, заключенную в декларации «О религиозной свободе», но и с отчаянием фанатиков вели арьергардные бои со всем тем, что в начале века Пий X осудил как «модернизм». Они принадлежали к тому поколению, которое воспитывало Лучани в семинарии Беллуно, твердо настаивая, что «свобода» религии ограничена стенами Римско-католической церкви, а все, что вне ее, является заблуждением и права на существование не имеет. В свою очередь, и Лучани своих воспитанников учил этой шокирующей доктрине. Теперь же, на Втором Ватиканском соборе, он с возрастающим изумлением слушал, как один епископ за другим бросают вызов этой концепции.
Когда Лучани взвешивал аргументы «за» и «против», ему было уже за пятьдесят. Разрешил он возникшую проблему так, как это было свойственно этому немолодому рассудительному жителю гор. Он обсудил вопрос с другими участниками собора, погрузился в глубокие раздумья и пришел к выводу, что «ошибка» кроется в той самой концепции, которой было подчинено его обучение.
Столь же типично для Лучани и то, что впоследствии он опубликовал статью, в которой объяснял, как и почему он изменил свою точку зрения. Она начиналась с рекомендации читателям:
Если вам встречается ошибка, прежде чем искоренять или отметать ее, посмотрите, не можете ли вы со всем терпением подправить ее, подкорректировать, позволяя свету выявить в ней добрую сердцевину, крупицы истины, которые обычно таятся даже в ошибочных воззрениях.
Иные аспекты многочисленных дискуссий вызывали у него меньшие затруднения. Когда превозносили принцип бедности церкви — церкви, не имеющей политической, экономической и идеологической власти, — собор просто искал нечто, во что Лучани уже поверил.
Еще до открытия собора Лучани, с целью подготовить свою епархию к этому событию, обнародовал пастырское послание «Заметки к церковному собору». Теперь же, во время проведения собора, те перемены, которым он дал ход в епископстве Витторио, получили новое ускорение. Он призывал преподавателей духовных семинарий читать новые богословские журналы и отказаться от учебников, все еще крепко державшихся наставления из девятнадцатого века. Он отправлял семинарских наставников на курсы в ведущие богословские университеты Европы. За обеденный стол епископа Витторио-Венето теперь приглашали не только учителей, но и учащихся. Каждую неделю он писал священникам епархии, делясь с ними своими идеями и планами.