В январе 1981 года федеральное большое жюри неоднократно направляло судебные повестки с вызовом Коуди, требуя от него представить финансовую отчетность. Будь Коуди чист, как свежевыпавший снег, его дальнейшее поведение непостижимо. О начатом расследовании и повестках в суд знали только сам кардинал, его адвокаты и один или два человека из числа самых доверенных лиц. Он скрывал все и от чикагской паствы, и от апостолического представителя в Вашингтоне, и от Ватикана. Коуди отказался выполнить правительственные требования и представить финансовую документацию епархии. Для рядового гражданина отказ сотрудничать с властями США означал бы тюремное заключение, но не для Коуди, который, как записано в протоколе, заявил: «Я не управляю страной, но я управляю Чикаго!» И очевидно, что это не была пустая похвальба.
В сентябре 1981 года, когда скандальная история попала на страницы «Чикаго сан тайме», Коуди по-прежнему не желал подчиняться судебным требованиям. Кстати, газета почти два года вела собственное расследование деятельности кардинала и опубликовала для своих читателей основанные на точных и подробных сведениях материалы о тех правонарушениях, в которых обвиняли Коуди.
Кардинал даже попытки оправдаться не сделал, ничем не опровергнув выдвинутых против него обвинений. Наоборот, он постарался привлечь на свою сторону живших в Чикаго 2 440 000 католиков, провозгласив: «Это не просто нападение на меня. Это покушение на саму церковь».
Многие откликнулись на этот броский, но сугубо пропагандистский призыв. Многие — нет. Значительный ущерб имиджу и репутации Римско-католической церкви, о чем совершенно справедливо говорил Альбино Лучани, из возможного стал реальным. Епархия раскололась. Очевидно, что на первых порах большая часть местных католиков поддержала Коуди, но мало-помалу один существенный факт начал тянуть кардинала ко дну. Коуди упорно отказывался выполнить требования о финансовой отчетности. Даже верные сторонники архиепископа начали убеждать его, что лучше подчиниться судебным предписаниям. В ответ на первую повестку он заявил суду через своих адвокатов: «Я в ответе лишь перед Богом и Римом». Убежденный в собственной правоте, он не отступал ни дюйма вплоть до могилы. В апреле 1982 года, когда правительство по-прежнему ждало от него объяснений, кардинал Коуди скончался. Несмотря на толстую историю болезни, тело Коуди, в отличие от случая с Альбино Лучани, было подвергнуто вскрытию. Смерть архиепископа Чикаго была вызвана «серьезной коронарной болезнью сердца».
В завещании он распорядился огласить свое посмертное послание, в котором не содержалось никаких доказательств его невиновности, ни оправданий перед лицом многочисленных обвинений. Вместо этого в письме Коуди было полно высокомерия и самонадеянности, столь свойственных ему в жизни, чему свидетельством такая фраза из его послания: «Я прощаю своих врагов, но Господь — не простит».
Смерть деспотичного Коуди немедленно породила слухи о его возможном преемнике. Чаще всего упоминалось имя архиепископа Пола Марцинкуса, уроженца пригорода Чикаго Сисеро, чье имя в Италии в то время еще было связано с громким скандалом. Иерархи американской церкви запротестовали и сообщили Ватикану, что если Марцинкус станет управлять Чикагской епархией, то это «будет практически то же самое, что и раньше». В итоге пост получил архиепископ Джозеф Бернардин из Цинциннати, пообещавший безотлагательно предпринять расследование «дела Коуди».
Правительство заявило о прекращении собственного следствия, и расследование дела Федеральным большим жюри было закрыто, никаких обвинений не выдвинуто. Да и неудивительно — ведь смерть обвиняемого не оставляла иной альтернативы.
В декабре 1982 года Бернардин опубликовал двухстраничное пастырское послание католикам чикагской епархии. Оглашенные в нем выводы не были подкреплены никакими документальными свидетельствами и сводились к тому, что проверка финансов Коуди не выявила никаких нарушений, что, возможно, он не имел оснований назначать пенсию Хелен Уилсон и что он «не всегда следовал общепринятым бухгалтерским процедурам». Что более важно, нанятые Бернардином аудиторы отказались удостоверить «точное соответствие расчетных доходов и статей расходов», хотя они обнаружили, что с точки зрения проводимой проверки «цифры расходятся в пределах допустимого». По признанию Бернардина, удостоверить соответствие доходов и расходов ревизоры отказались по той причине, что отсутствовали некоторые финансовые документы епархии, местонахождение которых было неизвестно, и «если впоследствии они будут обнаружены, то, возможно, потребуется повторная ревизия». Два года спустя эти документы так и не были найдены.