В 1933 году корпорация «Ватикан» вновь продемонстрировала свою способность успешно договариваться с фашистскими правительствами. За конкордатом 1929 года с Муссолини последовал конкордат между Святым престолом и гитлеровским Третьим рейхом. Юрист Франческо Пачелли был ключевой фигурой при заключении договора с Муссолини; его брат, кардинал Эудженио Пачелли, будущий папа Пий XII, сыграл ведущую роль на посту государственного секретаря Ватикана при подготовке и подписании соглашения с нацистской Германией.
Гитлер усматривал в конкордате немало выгодных для себя моментов, не в последнюю очередь и потому, что кардинал Пачелли, и без того выказывавший явные пронацистские настроения, мог оказаться полезным союзником в преддверии мировой войны. История подтвердила верность расчетов Гитлера. Несмотря на огромное давление во всем мире, папа Пий XII отказывался отлучить от церкви как Гитлера, так и Муссолини. Вероятно, нежелание папы было связано с тем, что он понимал, насколько никчемной стала его роль. Его понтификат декларировал политику нейтралитета, и Ватикан твердил немецкому епископату о «справедливых войнах» и то же самое повторял французским епископам. И в результате французское духовенство встало на сторону Франции, а немецкие прелаты поддержали Германию. Папа отказался осудить нацистское вторжение в Польшу, заявив: «Мы не можем забывать, что в рейхе живут сорок миллионов католиков. Что им будет грозить, если Святой престол решится на подобный шаг?»
Для Ватикана же одним из главных плюсов заключения весьма выгодной сделки с Гитлером стал церковный налог — «кирхенштойер». В Германии этот государственный налог до сих пор взимается со всех видов заработной платы. От уплаты налога можно уклониться, заявив о непричастности ни к одной из религии, но на практике мало кто на это решается. Этот налог составляет от 8 до 10 процентов от всего подоходного налога, собираемого германским правительством. Полученные средства передаются в казну протестантской и католической церквей. Значительный денежный поток от «кирхен-штойера» начал поступать в Ватикан в годы, непосредственно предшествовавшие Второй мировой войне. Поступления средств продолжались на протяжении всей войны, например, в 1943 году сумма составляла 100 миллионов долларов. Деньги из Германии Ногара в Ватикане пускал в дело наравне с доходами, поступавшими в валютах других стран.
27 июня 1942 года папа Пий XII решил ввести в современный мир и в сферу деятельности Бернардино Ногары еще один элемент Ватикана. Он изменил название Администрации религиозных дел на Институт религиозных дел. Переименование не нашло отклика в передовицах мировой прессы, куда больше обращавшей внимание на события Второй мировой войны. Так родился Институт религиозных дел (ИОР), или Ватиканский банк, как его называют за пределами Ватикана. У корпорации «Ватикан» появился внебрачный отпрыск. Изначально функцией Администрации религиозных дел, учрежденной папой Львом XIII в 1887 году, был сбор и распределение средств, необходимых для деятельности церкви; ничего общего с банком она не имела. При Пии XII функциями ИОР стали «хранение и распоряжение денежными средствами (в облигациях и наличной валюте) и имуществом, переданными или доверенными собственно Институту физическими или юридическими лицами с целью ведения религиозных дел и осуществления христианских добродетельных актов». Подобная организация уже была и является во всех смыслах банком.
Ногара внимательнейшим образом изучил пункты Латеранских соглашений, особенно статьи 29, 30 и 31 конкордата, где речь шла об условиях освобождения от налогов и формирования новых, не облагаемых налогами «церковных корпораций», которые не подлежали никакому контролю со стороны итальянского государства. Вокруг формулировки фразы «церковные корпорации» разгорелась интересная дискуссия.
Несомненно, занятый в то время другими делами, Муссолини занял либеральную позицию по отношению к Ватикану. 31 декабря 1942 года министр финансов итальянского правительства выпустил циркуляр, согласно которому Святой престол освобождался от уплаты налогов на дивиденды в виде акций. Документ подписал тогдашний генеральный директор министерства, носящий весьма подходящую фамилию — Буонкристиано (что в переводе означает «добрый христианин»). Циркуляр подробно перечислял различные организации Ватикана, которые подлежали освобождению от налогообложения. Список был большим и включал в себя Специальное управление и Ватиканский банк.