По возвращении в Чикаго Марцинкус получил место приходского священника, затем стал членом епархиального церковного суда. В числе первых, на кого произвел впечатление Марцинкус, был тогдашний архиепископ Чикаго кардинал Сэмюел Стритч. По рекомендации кардинала Марцинкус в 1952 году был переведен в английский отдел государственного секретариата. Затем он служил при папских нунциях в Боливии и Канаде, а в 1959 году возвратился в Рим, в распоряжение государственного секретариата. Благодаря свободному владению испанским и итальянским языками он получил постоянное место переводчика.
В 1963 году кардинал Нью-Йорка, Фрэнсис Спеллман, часто бывавший в Риме, заметил в беседе с папой Павлом VI, что Марцинкус — священник, обладающий великолепным потенциалом. В свете того факта, что Спеллман возглавлял самую богатую на тот момент католическую епархию в мире, а его самого нередко называли «Кардинал Толстосум» — дань финансовому гению прелата, — папа решил присмотреться к Полу Марцинкусу повнимательнее.
В 1964 году, во время посещения центральной части Рима, преисполненная религиозного экстаза толпа едва не затоптала наместника Христа. Папе угрожала реальная опасность, но вдруг появился Марцинкус. С помощью рук, плеч и локтей он буквально проложил дорогу сквозь толпу напуганному папе. На следующий день папа призвал Марцинкуса к себе, чтобы лично выразить ему свою благодарность. С того дня он стал неофициальным телохранителем папы, и тогда же родилось его прозвище — Горилла.
В декабре 1964 года Марцинкус сопровождал Павла VI в Индию, на следующий год — в Соединенные Штаты Америки, на сессию Генеральной Ассамблеи ООН. К тому времени на Марцинкуса возложили обязанности советника по безопасности при проведении подобных визитов. Итак, личный телохранитель, личный советник по вопросам безопасности, личный переводчик — высоко забрался мальчишка из Сисеро! Он уже успел тесно сдружиться с личным секретарем папы римского, отцом Паскуале Макки. Тот был ключевой фигурой в папском окружении, о котором в римской курии отзывались как о «миланской мафии». Когда в 1963 году архиепископ Миланский Монтини был избран папой, он привел с собой в Ватикан целую свиту советников, финансистов, преданных ему церковников, одним из которых и был Макки. Все дороги, может, и ведут в Рим, но кое-какие проходят через Милан. Доверие, которое питал папа Павел VI к людям, подобным Макки, превосходило значительность занимаемых ими постов, и они обладали властью, несоразмерной их положению. Макки позволял себе бранить папу, когда тот, на его взгляд, был болен или подавлен. Он говорил папе, когда тому пора отдохнуть, кого следует назначить на более высокий пост, кого нужно наказать, переведя на плохое место. Практически всегда Макки, после того как он укладывал его святейшество в постель, подоткнув ему на ночь одеяло, можно было встретить в превосходном ресторане рядом с пьяцца Грегорио Сеттимо. Обедал он обычно в обществе Марцинкуса.
Последующие поездки «папы-пилигрима» в Португалию в мае 1967 и в Турцию в июле того же года скрепили узы дружбы между папой Павлом VI и Полом Марцинкусом. Ближе к концу этого года Павел VI образовал службу под названием Префектура по экономическим делам Святого престола. Более понятным был бы титул канцлер казначейства или генеральный аудитор. Папа хотел создать отдел, который мог бы представлять ежегодный отчет-справку о точном финансовом состоянии Ватикана и о динамике всех активов и задолженностей каждого управления Святого престола, с целью получить в письменной форме цифры, которые представляли бы окончательный баланс или сметы на каждый год. С самого своего возникновения префектура боролась с двумя очень серьезными препятствиями. Во-первых, недвусмысленными указаниями Павла VI особо оговаривалось, что Ватиканский банк исключается из ее компетенции. Во-вторых, свою роль в Ватикане играла доходящая до паранойи подозрительность.
После образования префектуры усилиями трио кардиналов главой ее был назначен кардинал Эджидио Ваньоцци. Теоретически максимум за год работы он должен был представить папе доклад о точном состоянии ватиканских финансов. На практике Ваньоцци обнаружил, что маниакальная страсть к скрытности в области финансов, которую различные ватиканские учреждения зачастую демонстрировали в отношении журналистов, распространилась и на него. Конгрегация по делам духовенства не хотела разглашать эти цифры. Аналогично вело себя Управление имуществом. Также поступали и все остальные. В 1969 году кардинал Ваньоцци заметил в разговоре с коллегой: «Чтобы выудить из них, сколько у них денег и где они хранятся, требуются совместные усилия КГБ, ЦРУ и Интерпола».