Вскоре после начала Второй мировой войны Джелли участвовал в боевых действиях в Албании. Впоследствии в Италии он получил звание обер-лейтенанта СС и служил при нацистах «офицером связи». В его задачу, в частности, входило выслеживание партизан и выдача их немецким хозяевам. Тогда же он заложил и основу для своего благосостояния: он служил в городке Каттаро, куда во время войны был вывезен национальный золотой запас Югославии. Значительная часть спрятанного немцами золота в Югославию так никогда и не вернулась — ее похитил Джелли. В ходе войны былая ненависть Джелли ко всему коммунистическому уменьшалась в прямой зависимости от поражений стран Оси. Он начал сотрудничать с партизанами, среди которых коммунисты составляли значительную часть. Таким образом, обнаружив партизанскую явку, Джелли, как ревностный служака, докладывал о ней немцам, а потом предупреждал партизан о предстоящей облаве.
Так Джелли, преследуя собственные интересы, продолжал натравливать обе стороны друг на друга вплоть до конца войны и оказался в числе последних фашистов, сдавшихся на севере Италии, неподалеку от Беллуно, где прятал партизан молодой священник по имени Альбино Лучани.
Когда после войны Джелли предстал во Флоренции перед комиссией по расследованию преступлений фашистов, то, чтобы спасти себе жизнь, дал согласие продолжать шпионить за врагами коммунистов. Обвинения в том, что он участвовал в пытках и убийствах патриотов, были, после тайного вмешательства коммунистов, с него сняты «за недостатком улик».
После своего оправдания Джелли сразу же занялся организацией «крысиной тропы», по которой нацисты бежали из Европы в Южную Америку. За свое содействие Джелли требовал 40 процентов имевшихся у беглецов денег. Другим важным звеном «крысиной тропы» был католический священник из Хорватии, отец Круеслав Драгонович. Среди тех, кому Джелли и Драгонович помогли скрыться, были шеф лионского гестапо Клаус Барбье, печально известный как «Лионский палач», причем сам Барбье не заплатил ни гроша ни Драгоновичу, ни Джелли. Все издержки возместили американцы — Служба армейской контрразведки, в интересах которой Барбье вел шпионскую работу до февраля 1951 года.
Активно работая на власти Ватикана и американскую разведку, Джелли продолжал шпионить в пользу коммунистов вплоть до 1956 года. Прекращение его работы на коммунистов совпало с началом его сотрудничества с итальянскими секретными службами. Частью платы за шпионаж в пользу своей страны стало закрытие дела Джелли, которое спецслужбы Италии завели на него. Это также произошло в 1956 году, а двумя годами ранее он сам проследовал той же тропой, по какой отправил в Южную Америку многих фашистов из Третьего рейха. Оказавшись в Аргентине, Джелли влился в ряды крайне правых и вскоре стал близким другом и доверенным лицом генерала Хуана Перона. Одним из редких случаев, когда Ватикан не прислушался к просьбе Джелли, стала его попытка заступиться за отлученного от церкви Перона. Ставшая причиной для отлучения антиклерикальная кампания, развернутая Пероном, в глазах католической церкви значила куда больше, чем заверения Джелли, что генерал — просто неверно понятый гений. Когда после военного переворота в 1956 году Перон покинул страну, Личо Джелли принялся сразу же налаживать связи с пришедшей к власти хунтой. Тщательно и неспешно Джелли начал обзаводиться нужными контактами в политических кругах, и постепенно его щупальца распространились на большую часть стран Южной Америки. Джелли всегда стремился добиться расположения тех, кто обладал богатством и властью, или же имел хорошие перспективы приобрести либо то, либо другое. Если говорить с точки зрения политических теорий или идеалов, то Джелли был проституткой, готовой угодить любому, кто хорошо заплатит. Поддерживая правую хунту в Аргентине, он в то же время вернулся к шпионскому ремеслу, получая задания от Советского Союза через свои контакты в Румынии. У Джелли имелась рекомендация от итальянских коммунистов, спасших ему жизнь после войны, а еще — телефонные номера связных из ЦРУ, которым он тоже продавал информацию. Вдобавок он продолжал работать на СИД, итальянскую военную разведку.
Пока Синдона пробивался вверх, преодолевая финансовые джунгли послевоенного Милана, Джелли продвигался сквозь сложный лабиринт властной структуры южноамериканской политики. Синдона налаживал контакты, полагая, что деньги означают власть, а Джелли обзаводился влиятельными друзьями — тут генерал, там адмирал, политики, высокопоставленные гражданские чиновники, — с их помощью стремясь к источнику подлинной власти над людьми — к обладанию чужими тайнами. Узнать «ценную» информацию о ком-то, прочитать личное дело того банкира, заполучить секретное досье на этого политика — Джелли опутал своей сетью Аргентину, забросил ее в Парагвай, Бразилию, Боливию, Колумбию, Венесуэлу и даже в Никарагуа. В Аргентине он получил второе гражданство и в 1972 году стал экономическим советником Аргентины в Италии. К числу первостепенных задач, порученных Джелли, относилась закупка Аргентиной крупной партии оружия и ведение связанных с этим переговоров. В список вооружений входили танки, самолеты, боевые корабли, радарные установки и, наконец, смертоносные ракеты «Экзосет». До того Джелли занимал гораздо более скромные должности. В Италии он был генеральным директором фирмы «Пермафлекс», выпускающей матрасы, и какое-то время в Тоскане занимал пост управляющего в компании «Ремингтон рэнд». Среди членов совета директоров «Ремингтон рэнд» в то же время числился и Микеле Синдона.