— генеральный писарь — исполнял функции близкие к обязанностям нынешнего начальника Генерального штаба, возглавлял генеральную войсковую канцелярию, архивное дело, исполняя обязанности государственного секретаря, ведал всей документацией, готовил указы и приказы, занимался организацией почтовой связи. Был первым советником гетмана, участвовал в переговорах на высшем уровне, принимал послов иностранных государств и войск. Занимался вопросами стратегической агентурной разведки: формирование посольств, дезинформация и психологическое воздействие на противника, подготовка толмачей (переводчиков) и организация их работы;
— генеральный стражник и стражник — отвечали за охрану и безопасность войска на марше, во время ведения боевых действий, на подступах к лагерю, за разведку, в том числе и агентурную;
— старший и младший генеральные есаулы — составляли казацкие реестры, рассматривали апелляции, поступавшие от полковых и сотенных судов, жалобы и предложения казацкой старшины. Следили за соблюдением законности, обычаев и казачьих традиций. Проводили учения и смотры казацких войск, поддерживали порядок на Генеральном военном совете (общем собрании старшины казацкого войска и наиболее авторитетных представителей-лыцарей от рядовых казаков, составляющих казацкое товарищество). Во время боевых действий командовали наемными силами, могли возглавить группу парламентеров для переговоров с противником;
— старший и младший генеральный подскарбеи (казначеи) — руководили всеми финансами и организацией сбора налогов. Должность учреждена в 1729 г. До этого вопросами финансирования ведал аппарат генерального писаря;
— генеральный хорунжий — аналог нынешнего офицера Генерального штаба, ведающего организацией службы войск, соблюдением правопорядка и дознанием в войсках. Вел следствие в делах, связанных с преступлениями в старшинской среде. В особых случаях возглавлял личную охрану гетмана (при недоверии гетмана своему генеральному обозному), исполнял обязанности личного порученца гетмана;
— генеральный бунчужный — отвечал за хранение бунчука, по поручению гетмана инспектировал отдельные казацкие полки, проверял жалобы;
— генеральный шпитальный — заведовал медслужбой;
— генеральный судья и подведомственный ему генеральный суд — толковали писаные и неписаные казацкие обычаи и законы, вершили суд над преступниками, рассматривали апелляции и прошения о помиловании, контролировали работу всех нижестоящих судов, организовывали выборы судей: все вершители правосудия были выборными.
Гетман и руководство его штаба составляли генеральную старшину.
Из военных походов на Сечь целенаправленно привозились 15-20-летние юноши-пленники. Это были уже частично сформировавшиеся личности, в совершенстве знавшие быт, обычаи и нравы своей нации, ее язык и культуру. Под кураторством стражников каждый пленник изучался индивидуально на соответствие определенным критериям. При положительных результатах этой работы невольники распределялись по сечевым школам (запорожские учебные заведения разделялись на сечевые, монастырские и церковноприходские), где их обращали в православную веру, учили черкасскому языку: украинский язык центральной части Украины). В дальнейшем их готовили к ведению разведки агентурными методами. Обучением занимались лица, имеющие опыт специальной работы.
Казацкая агентура охраняла казацкое войско на дальних подступах к нему, вела маршрутную разведку, сеяла панику в стане врага еще до подхода наступающих казацких сил, дезориентировала противника, способствовала деморализации его личного состава, выявляла места складирования продовольствия, вооружения и боеприпасов, других материальных средств, вскрывала систему их охраны и обороны, готовила наиболее безопасные маршруты выхода к ним подразделений захвата и целесообразные пути вывоза добытого. В отдельных случаях проводились специальные операции по ликвидации авторитетных, но не склоняющихся к сотрудничеству с запорожцами представителей гражданского населения противника и членов их семей, а также лиц, перешедших на сторону неприятеля.
Особое внимание уделялось сохранению жизни действующей агентуры. На период проведения казацких операций ей указывались безопасные места для укрытия, чтобы она не попала в зону боевых действий. Результаты ее работы щедро вознаграждались из казацкой казны. Агенты, утратившие свое имущество в ходе боевых действий, получали компенсационные выплаты.