Фактически с 1815 г. берет свое начало период развала существующей стройной системы агентурной разведки, который продолжался 48 лет — до 1863 г. К этому приложился и отличившийся в войне с Наполеоном А. Чернышев, с 1827 по 1852 г. занимавший должности, непосредственно влияющие на состояние всех видов боевого обеспечения войск.
Первыми руководителями военной разведки и контрразведки империи были: с 29 сентября 1810 г. — флигель-адъютант полковник А.В. Воейков, с 19 марта 1812 г. — полковник А.А. Закревский, с 10 января 1813 г. — полковник П.А. Чуйкевич.
В 1832 г. — очередная реорганизация: теперь уже Генеральный штаб вошел в состав Военного министерства на правах департамента. Департамент организационно включал в себя три отделения. Второе отделение (военно-учетное) выполняло разведывательные функции, которые по-прежнему заключались в обработке информации, поступающей из Министерства иностранных дел.
10 июля 1856 г. Александр II утвердил первую инструкцию о работе военных агентов. Объектами пристального внимания агентурной разведки определены:
— организация, дислокация, боевой и численный состав сухопутных и морских сил;
— мобилизационные возможности государств, пути их реализации, планы всестороннего обеспечения войск и флота;
— передислокация войск и ее цели;
— состояние крепостных сооружений, ведущиеся фортификационные работы на побережье и в других местах;
— лагерные сборы и маневры войск;
— моральное состояние войск, настроения в среде офицерства и генералитета;
— уровень и состояние всех ветвей системы военного управления: артиллерийского, инженерного, комплектования (комиссариатского) и тылового;
— реорганизация войск, новые виды вооружений, формы одежды, изменения в уставах и наставлениях;
— развитие военной мысли, военной науки;
— карты-планы местности;
— система подготовки военных кадров, состояние военно-учебных заведений, методы преподавания военных наук, морально-психологическое состояние в курсантской среде;
— организация Генерального штаба или структуры ему аналогичной, качественный уровень его офицерского состава (списочный состав, уровень подготовки и способностей каждого офицера, перспективы служебного роста);
— передвижение войск железнодорожным транспортом: способы, численность, временные нормативы;
— военное управление, деловодство, временные показатели передачи приказаний, пути их сокращения.
Агентам предписывалось скрывать свою связь с разведкой, строго соблюдать меры бдительности и конспирации.
О принадлежности того или иного сотрудника дипломатической миссии к военной разведке знали лишь ее руководитель и заместитель руководителя. Офицер в полном объеме выполнял обязанности, предписанные ему штатным расписанием дипломатического органа и параллельно скрыто выполнял поставленные ему задачи, от степени исполнения которых зависели перспективы его дальнейшего служебного роста в армии. Агенту запрещалось без ведома начальника миссии предпринимать что-либо особенное, выходящее за рамки повседневной деятельности ее сотрудников. Офицеру рекомендовалось в точности выполнять его указания, советоваться с ним по общим вопросам.
Агент имел определенные подотчетные ему денежные суммы для оплаты работы источников информации. В случае необходимости экстренного увеличения расходов он мог истребовать недостающие финансовые средства у начальника дипломатического представительства. Добытые офицером сведения по политическим вопросам прежде докладывались «крышевому» руководителю, а затем отправлялись в Центр. Специфическая военная информация сразу же конвертовалась к пересылке в Военное министерство.
Сотрудники военной разведки того времени подразделялись на следующие категории:
а) генералы и офицеры управленческого звена:
— генерал-квартирмейстеры генерал-квартирмейстерской части Генерального штаба Военного министерства;
— офицеры генерал-квартирмейстерской части Генерального штаба Военного министерства;
— генерал-квартирмейстеры штабов военных округов;
— офицеры генерал-квартирмейстерских частей штабов военных округов;
б) генералы и офицеры, непосредственно занимающиеся вопросами организации и ведения стратегической агентурной разведки и оперативной агентурной разведки за границей: