Однако все эти усилия сводились на нет из-за недооценки значения военной разведки в период подготовки к войне. Пренебрежение к противнику, отсутствие желания знать, что творится в его стане, в конечном итоге привело к трагическим для империи последствиям.
Под впечатлением поражения России в войне с Японией (1905–1906) осенью 1906 г. в ГУГШ поступили докладные записки нескольких офицеров разведывательного отделения с конкретными предложениями по перестройке деятельности разведорганов. По их мнению, САР и ОАР следовало заниматься на базе штабов приграничных военных округов под руководством ГУГШ и с непосредственным его участием. При этом Главное управление должно создавать агентурную сеть в важнейших центрах вероятного противника, а штабы округов — в приграничных районах прилегающих государств. Кроме того, «люди снизу» считали, что для выявления сил потенциального неприятеля целесообразно чаще организовывать командировки офицеров Генерального штаба с целью рекогносцировки путей сообщения и укрепленных районов в приграничной полосе.
В результате в апреле 1906 г. утверждается новая структура ГУГШ. Ею впервые официально закрепляется разделение добывающей и обрабатывающей функций разведки. Разведкой занимались части 1, 2 и 3-го обер-квартирмейстеров Управления генерал-квартирмейстера ГУГШ. Добывание информации теперь возлагалось на 5-е (разведывательное) делопроизводство части 1-го обер-квартирмейстера в составе трех человек:
— делопроизводитель (полковник Адабаш М.А. - до 1908 г.; с марта 1908 г. до 1913 г. — полковник Монкевиц Н.А.);
— два помощника делопроизводителя (молодые офицеры Энкель O.K. и Рябиков П.Ф.; один из них отвечал за восточное, другой — за западное направление разведки).
Обработкой информации занимались:
а) в части 2-го обер-квартирмейстера: 2, 3, 4, 5 и 6-е делопроизводства;
б) в части 3-го обер-квартирмейстера: 1, 2 и 4-е делопроизводства.
На должности в обрабатывающие делопроизводства назначались бывшие сотрудники 7го отделения.
В 1908 г. ГУГШ было возвращено в состав Военного министерства, а начальник Генерального штаба (он же начальник ГУГШ) подчинен военному министру.
С 1908 г. военная агентурная разведка стала собирать сведения о различных системах рукопашного боя. Особо активно эта работа проводилась в Сиаме, Вьетнаме, Китае (Харбин). Все изыскания в данной сфере сводились к максимальной эффективности и минимальности срока подготовки агента (бойца) — рукопашника. После 1917 г. почти 100 % сведений по данной проблематике были утеряны.
11 сентября 1910 г. — снова реорганизация ГУГШ. 5-е (разведывательное) делопроизводство части 1-го обер-квартирмейстера Управления генерал-квартирмейстера преобразуется в Особое делопроизводство (разведки и контрразведки) Отдела генерал-квартирмейстера с непосредственным подчинением генерал-квартирмейстеру, в составе 5 человек:
— помощник 1-го оберквартирмейстера — делопроизводитель (полковник Монкевиц Н.А.: октябрь 1910–1913 г.; полковник Энкель O.K.: 1913–1914 гг.; полковник РашаН.К.: 19141916 гг.) — руководил Особым делопроизводством и обрабатывающими делопроизводствами части 1-го обер-квартирмейстера (специализация — западные страны),
— три помощника делопроизводителя,
— журналист (начальник журнальной части, ведающей секретной перепиской).
Факт непосредственного подчинения Особого делопроизводства генерал-квартирмейстеру свидетельствовал о повышении статуса разведслужбы и усилении роли разведки.
Обрабатывающие (военно-статистические) делопроизводства теперь возлагались на:
а) части 1-го обер-квартирмейстера, занимающиеся западным направлением:
— 4-е делопроизводство — Германией, — 5-е делопроизводство — Австро-Венгрией,
— 6-е делопроизводство — Балканскими государствами,