На каждую автомобильную колонну назначался начальник. В колонне в составе подразделения начальником являлся командир подразделения. На начальника колонны возлагалась вся полнота ответственности за поддержание порядка в ходе марша, в пунктах погрузки, сохранность перевозимых грузов и за непосредственную организацию боя при отражении нападения мятежников.
Особое внимание при движении обращалось на организацию оповещения личного состава о нападении противника и действий по сигналу оповещения. В случае нападения мятежников по установленному сигналу приданные огневые средства сопровождения вступали в бой, а колонна на увеличенных скоростях и дистанциях под прикрытием их огня проходила опасный участок.
При невозможности продолжать движение начальник колонны в соответствии с ранее произведенным боевым расчетом личного состава и в тесном взаимодействии с приданными огневыми средствами организовывал отражение нападения противника, давал целеуказания подразделениям прикрытия и немедленно сообщал на центр боевого управления полка, в зоне ответственности которого он находился, о нападении на колонну и ее огневой поддержке. Сбор колонны после преодоления опасного участка производился в специально назначенном районе.
Несколько по-иному осуществлялась проводка колонн по тем дорогам, где не было постоянных сторожевых застав. В этих случаях сопровождение колонн рассматривалось как проведение специфических боевых действий. К ним заранее и тщательно готовились.
Для охраны маршрутов при проводке транспортных колонн с материальными средствами через территорию, контролируемую отрядами противника, выделялись боевые подразделения советских и афганских войск, артиллерии и авиации. Боевые подразделения блокировали участки дорог и пропускали по ним автотранспорт.
В зависимости от протяженности маршрута, конкретных условий местности, обстановки, количества выделенных боевых подразделений, блокированию подвергся участок на один-два суточных перехода или весь маршрут. В первом случае блокирующие подразделения, пропустив транспорт с материальными средствами, перемещались на новый участок во время отдыха транспортной колонны. Так, действуя перекатами, они доводили колонну до конечного пункта.
Если же протяженность маршрута была небольшой, а выделенных сил достаточно, блокирование и охрана всей дороги осуществлялись сразу до полного завершения транспортной операции.
Для блокирования маршрута выделялся, как правило, мотострелковый батальон. Ему определялась конкретная зона ответственности, в которой в зависимости от характера местности и решаемых задач создавалось необходимое количество сторожевых застав, постов и засад, представлявших собой опорный пункт с подготовленной системой огня и инженерным оборудованием. Мотострелковая, танковая рота выставляла обычно две-три сторожевые заставы и четыре-шесть сторожевых постов. Места расположения сторожевых постов определялись приказом так, чтобы посты имели между собой зрительную связь и исключались невидимые зоны маршрута. Эти зоны невидимости охранялись бронеблоками в составе двух-трех бронемашин (танки, боевые машины пехоты, бронетранспортеры). Время выставления и снятия бронеблоков ежедневно определялось приказом руководителя боевых действий.
С целью быстрого наращивания усилий для отражения нападения мятежников на любом участке зоны ответственности на командно-наблюдательном пункте батальона создавалась группа из высокоманевренных бронеединиц в составе 3–4 объектов, как правило, усиленных минометным расчетом.
На каждую проводку колонн с грузом вечером командир боевого подразделения получал информацию с центра боевого управления от старшего начальника. В ней содержались сведения о количестве колонн, машин в колонне и машин сопровождения, а также о времени движения колонн. Приказ на сопровождение колонн отдавал командир полка. Личному составу, выделенному на блокирование, ежедневно доводилась вся информация в части, касающейся каждой категории.
При выставлении бронеблоков на маршруте вперед высылался отряд обеспечения движения. Место расположения каждого бронеблока проверялось, как правило, парой саперов. После выставления всех элементов охранения на маршрут выходила колонна с запасами материальных средств. Обычно ее сопровождали боевые подразделения.
Подготовка боевых подразделений к сопровождению начиналась за двое-трое суток, сразу же после получения боевой задачи. Она включала: подготовку техники, создание необходимого запаса боеприпасов, горюче-смазочных материалов, продовольствия и медицинского имущества в ротах; распределение личного состава по машинам; проведение командирами рот и взводов занятий с личным составом, а также распределение его для наблюдения, эвакуации неисправной и поврежденной техники, снаряжения лент для пулеметов при расходовании боеприпасов, оказания первой помощи и эвакуации раненых. Особое внимание командиры уделяли подготовке снайперов, наводчиков-операторов боевых машин, пулеметчиков, расчетов ПТУР, огнеметчиков, связистов, артиллеристов-корректировщиков, нештатных авианаводчиков, санитаров и саперов.