Говорили еще, что, освоив мистические трактаты по воинским искусствам, он научился совершать огромные прыжки, которые были не под силу обычным людям. Еще по одной очень известной в Японии легенде, Ёсицунэ победил на мосту Годзё в Киото объявленного вне закона воина-монаха силача Бэнкэя Мусасибо, вознамерившегося отнять у Ёсицунэ меч для своей коллекции (у Бэнкэя не хватало всего одного меча до ста). Бэнкэю пришлось признать свое поражение, после чего он стал верным вассалом молодого героя до самой своей смерти. Большую часть рассказов о приключениях Ёсицунэ составляют любовные истории, где все красавицы подряд влюбляются в него, хотя герой сказаний в действительности был не очень привлекательным – маленького роста, с хилой фигурой и выступающими вперед большими верхними резцами.
Первое свое настоящее сражение Ёсицунэ провел против восставшего против Ёритомо Ёсинаки в 1184 году вместе со своим братом Нориёри. Ёсинака был разбит.
Через неделю Ёсицунэ и Нориёри со своими самураями выступили в поход против Тайра, которые укрепились в своем последнем на острове Хонсю опорном пункте – морской базе Фукухара на побережье Внутреннего моря, собрав довольно значительные силы. Система укреплений вокруг базы была хорошо продумана. Главным ее сооружением была крепость Итинотани. Любая лобовая атака должна была окончиться большими жертвами, что и произошло в действительности. Основная часть войск Минамото и Тайра сражались перед крепостью почти весь день, и никто не мог добиться победы. Ёсицунэ в это время зашел с тыла, разбил отряд всадников противника у горы Хидоёригоэ и в полной темноте под проливным дождем подошел к крепости со стороны очень крутого каменистого откоса, скорее пропасти, который препятствовал подходу к укреплениям Тайра. Казалось, что преодолеть это естественное препятствие будет невозможно. Ёсицунэ решил проверить это. Он приказал отпустить вниз несколько пойманных ранее оленей. Олени спокойно достигли низа пропасти. Ёсицунэ решил, что если лесные животные в состоянии преодолеть такую преграду, то то же самое могут сделать и люди со своими лошадьми. Отряд всадников Ёсицунэ направился вниз и, не потеряв коней, ворвался в лагерь противника с тыла. Эффект неожиданности сделал свое дело. Воины Ёсицунэ пришли оттуда, откуда их не ждали. С другой стороны в бой снова вступил Нориёри со своей конницей. Полностью деморализованные Тайра бежали к лодкам на берегу и понесли большие потери. Лишь немногим из них удалось достигнуть своей крепости Ясима на берегу острова Сикоку.
После победы все самураи Минамото получили награды, кроме Ёсицунэ, который сделал для нее больше других. Уже тогда между главой клана и его младшим братом началось отчуждение и опасение в том, что Ёсицунэ станет более популярным, чем Ёритомо.
1185 год был годом решающих событий. Минамото решили выбить Тайра из их укреплений на побережьях острова Сикоку и окончательно завершить войну с их кланом. Это было трудным делом, так как воины Минамото не были моряками, как Тайра.
Минамото собрали флот, но перед отплытием их лодок к побережьям Сикоку начался шторм, вызвавший разногласия у полководцев о времени начала операции около острова. Большинство склонялось к тому, чтобы переждать непогоду. Ёсицунэ требовал немедленного начала выхода лодок к месту боевых действий, что было бы неожиданностью для врага. Разругавшись со всеми командирами, он во главе небольшого отряда примерно в двести человек на пяти больших лодках отправился к неприятельскому берегу. Сильный ветер, подхвативший лодки, привел к неожиданному эффекту. Ёсицунэ и его воины преодолели пролив за один день вместо трех. Ёсицунэ никто не ждал, и это позволило ему к ночи приблизиться к городу Ясима. Ночью он разжег под его стенами множество костров. Враг, подумав, что к городу пришло большое войско Минамото, оставил свои укрепления и отплыл на лодках от берега. Утром Тайра поняли, что их обманули, и попытались вернуть инициативу, начав бой. Но им это не удалось, хотя воины Ёсицунэ были в меньшинстве. Вскоре к месту сражения подошли главные силы Минамото. Ясима был потерян, а Тайра пришлось отплыть на Кюсю.
25 апреля 1185 года состоялась последняя морская битва при Данноура, в которой Тайра надеялись взять реванш за все свои поражения. Среди командиров и войск специально была распространена информация о Ёсицунэ как о самом опасном враге. Его надлежало уничтожить во время начала сражения в первую очередь.
После того как плавсредства противников подошли друг к другу на близкое расстояние, началась перестрелка лучников, в которой Ёсицунэ лично продемонстрировал искусство стрелка, а затем и абордажные бои. Когда Ёсицунэ показали главный корабль Тайра, он приказал окружить его, всех глав клана Тайра и восьмилетнего императора Антоку взять живьем в плен. Вскоре корабль был окружен. Битва была проиграна. Бабушка императора прочла молитву, обхватила ребенка и бросилась с ним в воду. Это был сигнал к началу массового самоубийства Тайра, которые начали бросаться в море или искать гибель в рукопашных схватках с Минамото.