Род Тайра в этой битве был окончательно разгромлен, и его феодалы уже не смогли оправиться от поражения.
После разгрома врага Ёритомо решил наконец избавиться от младшего брата Ёсицунэ, опасаясь за свое место верховного правителя. Сделать это было легко, так как Ёсицунэ был оклеветан, обвинен в своеволии и измене, выставлен в качестве противника двора. Верил в навет Ёритомо или нет, но Ёсицунэ со своей славой, почти всеми победами, принадлежавшими ему в гражданской войне, явно уже был не нужен. Сражаться было не с кем. Поэтому без зазрения совести Ёритомо приказал убить своего младшего брата. Начались преследования и погони. На время Ёсицунэ удалось скрыться от врагов у друга его семьи Фудзивары Хидэхиры, вассала дома Минамото, на севере Хонсю в одном из его поместий в провинции Муцу, но тот весной 1189 года умер. Перед смертью Хидэхира завещал передать Ёсицунэ управление своей феодальной армией и провинцией. Но вопреки воле покойного, власть в провинции захватил его сын Ясухира. Сын старика, следуя якобы приказу императора и желая выслужиться перед правителем, напал со своими вассалами на Ёсицунэ в его убежище около реки Коромо. Все друзья и телохранители Ёсицунэ в неравной схватке были перебиты. Последним защитником героя был бесконечно преданный ему Бэнкэй, который, защищая хозяина своей огромной алебардой, был поражен десятками стрел. Сам Ёсицунэ, чтобы не попасть к предателям в плен, пошел по пути славной смерти: убил мечом двадцатидвухлетнюю жену, свою четырехлетнюю дочь и совершил обряд сэппуку.
Голову Ёсицунэ в сосуде с сакэ вассалы Ясухира отвезли Ёритомо. Считалось, что голова врага, доставленная сюзерену, является свидетельством доблести и знаком победы над недругом. Даже если самурай сам совершил самоубийство. Часто это проверить было невозможно. За такую «смелость» Ёритомо не похвалил сына Фудзивары, а ввел свое непосредственное правление во владении Ясухиры, лишив его всего. Еще через некоторое время Ясухира пал от руки своего же вассала-предателя.
Что касается Ёсицунэ, то кончина очень популярной личности увековечила его как одного из самых трагических героев Японии. Ёсицунэ стал постоянным персонажем драм в театрах но и кабуки.
Ёсицунэ любили и воины клана Минамото, и простолюдины, в связи с чем очень многие люди отказывались верить в его смерть. Гибель любимого героя, превратившегося в мифологическую личность, породила массу легенд, связанных с его чудесным спасением. Согласно одной из легенд, Ёсицунэ с острова Хонсю перебрался на Эдзо (Хоккайдо), где был принят аборигенным айнским населением и стал править им. Некоторые айны верили даже в свое происхождение от Ёсицунэ. В устной айнской фольклорной традиции Ёсицунэ часто отождествляется с небесным божеством Окикуруми (Аиойна камуй), боровшимся против зла, духов и плохих людей. Культурный герой Окикуруми являлся просветителем и учителем коренного населения Японских островов, с ним связывается также появление у айнов материальной и духовной культуры, навыков хозяйственной деятельности. Окикуруми якобы научил айнов не есть сырой пищи и отучил от людоедства. По другой легенде, Ёсицунэ достиг острова Сахалин и был убит там сахалинскими айнами. Однако самая оригинальная легенда говорит о том, как Ёсицунэ очутился в Монголии, получил там власть, уважение и что он и Чингисхан являлись одним и тем же лицом. Действительно, в судьбах этих двух знаменитостей много схожих черт. Даты их рождения приходятся на одно и то же время: Чингисхан родился около 1155 года, Ёсицунэ – в 1159 году. Оба были удачливыми людьми, способными и талантливыми полководцами, известными в народе и популярными в войсках. Но на этом совпадения заканчиваются. Людям всегда хотелось и хочется верить в чудеса.
Впоследствии Ёритомо «убрал», на всякий случай, и второго своего брата Нориёри, хотя его верховной власти никто не мешал и не угрожал и она уже и так была в его руках.
В 1192 году Минамото Ёритомо принял от малолетнего императора Го-Тобы титул Сэйи тай сёгун, то есть «Великий полководец, покоритель варваров» (под варварами подразумевались коренные жители Японского архипелага айны, с которыми японцы воевали уже несколько столетий; титул сёгун давался военачальникам, воевавшим с аборигенами только на время боев). Все было обставлено так, что Ёритомо получил титул сёгуна от императора на совершенно законных основаниях, признававшего де-факто военное правление Минамото. Титул сёгуна с этого времени стал наследственным. Главой сёгуната – военного правительства бакуфу (от «баку» – открытая, без верха, палатка, занавес и «фу» – главная ставка, управление) – был сам сёгун, считавшийся наместником императора, правившим Японией де-юре. Бакуфу представляло собой первое самурайское военное правительство, отражавшее интересы правящего сословия и служившее самурайству. Сёгуны, правившие после Ёритомо, преследовали якобы интересы императоров и исполняли их волю.