Культура заливного рисосеяния получила в науке название Яёи (по названию района Бункё префектуры Токио), а период, связанный с ней, Яёи дзидай. В районе Бункё в 1884 году была найдена керамика нового, отличного от керамики Дзёмон (древней культуры предков современных айнов), типа. Позже эта керамика, а также многочисленные изделия из различных металлов (меди, бронзы и железа) были обнаружены и в других местах Японии, почти везде.
Древние японцы, осваивавшие в то время остров Кюсю и земли собственно Японии, ее центральные районы, на юг и север тогда активно не продвигались, но сопротивление предков айнского населения, естественно, на себе испытывали. Воевать приходилось постоянно, так же как и вступать в этнокультурные контакты.
Ранее считалось, что культура Яёи существовала на Японском архипелаге около шестисот лет. Однако в настоящее время, в противоположность мнениям западных исследователей, придерживающимся так называемых миграционных теорий, японские ученые на основании нового метода датировки археологических материалов (АСМ – акселератор спектрометрии масс) удревляют начало периода Яёи на полтысячи лет, отодвигая его к IX веку до н. э., и связывают происхождение этой сельскохозяйственной культуры с автохтонным развитием.
Возможно, удревление праяпонцев на Японском архипелаге справедливо, так как шесть столетий, вероятно, слишком мало для того, чтобы антропологический тип целого этноса начал приобретать особые черты и стал у японцев эпохи феодализма и современных японских жителей переходным, то есть не относящимся по большинству признаков к какому-то определенному народу Восточной Азии, а язык пришельцев изолированным среди азиатских языков, как и многие самобытные особенности их культуры.
Скорее всего, такое своеобразие японской общности в антропологическом отношении можно объяснить этническими процессами, во время которых шло в первую очередь смешение с предками современных айнов. Это смешение дало уникальные результаты для японцев. Они приобрели особенности переходной расы. Айны же не потеряли при этом своего древнего своеобразия. Даже с сильной японской примесью людей, имеющих отношение к айнскому этносу, внешне невозможно и сейчас спутать с каким-либо другим народом, в том числе и с японцами, прежде всего по немонголоидному внешнему облику и темным, иногда черным и длинным волосам, покрывающим лицо, тело, руки и ноги.
Это подтверждают также данные генетики. Согласно современным исследованиям японских и американских ученых, ДНК японцев, с их доминирующей Y-хромосомной гаплогруппой, является гаплогруппа D, та Y-хромосомная гаплогруппа, которая характерна для 80 % айнов и почти отсутствует у корейцев. У айнов с частотой около 15 % еще встречается гаплогруппа С3. Все это свидетельствует о сильном дзёмоновском влиянии на яёиское население Японских островов.
Сами японцы, правда, никогда с восторгом не принимали положений, в соответствии с которыми в их этногенезе в определенной степени принимали участие другие азиатские этносы, будь то предки айнов или какие-либо жители материка. Со второй половины XIX века (в период Мэйдзи, начавшийся в 1868 году), когда Япония после почти семисот лет властвования в стране военных правителей – сёгунов Минамото, Асикага и Токугава – пошла по буржуазному пути развития, японцы вообще рассматривали себя как народ божественного происхождения.
Древние японцы творчески оформили свои анимистические воззрения, превратив их в систему, которую назвали «Путь Богов» или «Синто». Концепция «Синто» развивалась тысячелетия и сохранилась до настоящего времени. Она обосновывала справедливость существования предков японцев на Японских островах и принадлежность их праяпонцам.
Согласно древней народной религии «Синто» и выработанной на ее основе официальной доктрине государственного синтоизма (государственной религии Японской империи XIX–XX веков), основанной на мифах, почерпнутых из древних японских хроник VIII столетия «Кодзики» («Записки о делах древности» 712 года) и «Нихон сёки» или «Нихонги» («Анналы Японии» 720 года), Япония, ее национальные синтоистские божества и народ были созданы богами Идзанаги-но Микото и Идзанамино Микото, спустившимися с небес по повелению верховных сверхъестественных существ. Ни о каком соединении в древности Японии с материком и ни о каком смешении японцев с кем бы то ни было и речи не шло. Бог Идзанаги, находясь над водной поверхностью, с вращением опустил в воды океана свое копье и затем вынул его оттуда. Жидкость, упавшая с острия копья, загустев, образовала сушу – остров Оногоро («Самозагустевший»). Боги Идзанаги и Идзанами вступили на эту сушу и сотворили другие острова, составившие Японский архипелаг.