В Великую Отечественную войну 1941–1945 годов, так неудачно начавшуюся для Советского Союза, военная контрразведка мужественно выдержала обрушившиеся на нее испытания. Преобразованная в решающий период вооруженной схватки в новый мощный контрразведывательный орган Смерш, она успешно решила поставленные перед ней задачи и, одолев в бескомпромиссной борьбе немецкие военно-разведывательные службы, внесла достойный вклад в дело разгрома Красной армией фашистской Германии.
Обращаясь непосредственно к истокам истории советской военной контрразведки следует отмстить, что побудительными причинами к ее образованию явилось создание в январе 1918 года Красной армии, нуждавшейся в защите от происков иностранных разведок и внутренней контрреволюции. 19 декабря 1918 года Бюро ЦК РКП (б) на своем заседании объединило в специальную службу органы военного контроля Реввоенсовета Республики с Чрезвычайными комиссиями в войсках, до этого параллельно занимавшихся контрразведывательной работой в частях и соединениях молодой Красной армии.
Вновь образованный аппарат получил наименование Особый отдел, а дату состоявшегося по этому поводу решения принято считать днем рождения советской военной контрразведки.
Сам объединительный процесс не назовешь спокойным и гладким. Между военными и чекистами имели место острые споры. Каждое ведомство стремилось сохранить за собой военную контрразведку как мощное средство управления и важнейший инструмент контроля над вооруженными силами. В споре победила Всероссийская ЧК.
Военная контрразведка, будучи меньшей величиной в общей системе контрразведывательной службы государства, а также в силу рамок своих полномочий, никогда статуса самостоятельного ведомства не имела. Всегда входила составной частью главным образом в систему ВЧК-НКГБ-МГБ-КГБ, иногда в НКВД-МВД и реже — в структуру Народного комиссариата обороны. В советские годы органы военной контрразведки шесть раз подвергались различной степени реорганизации. Хотя этим решениям сопутствовали важные перемены в международной, внутренней и военной жизни страны, они не всегда благоприятно сказывались на оперативно-разыскной деятельности военной контрразведки.
Реорганизация и переподчиненность органов военной контрразведки влекли за собой смену их наименований: с 1918 по 1941 год и в послевоенный период контрразведку в армии и на флоте представляли особые отделы ВЧК-НКВД-КГБ, а накануне и в годы Великой Отечественной войны третьи отделы и органы Смерш НКО.
В нынешнее время военная контрразведка, органы безопасности в войсках, входит в состав Федеральной службы безопасности Российской Федерации (ФСБ), находится в ее прямом подчинении и именуется 3-м управлением. К объектам оперативного обслуживания военной контрразведки в центре и на местах относятся Вооруженные силы Российской Федерации, пограничная охрана, внутренние войска МВД, войска железнодорожные и гражданской обороны, инженерно-технические и дорожно-строительные воинские части, а также другие федеральные органы и воинские формирования.
Задачи органов военной контрразведки корректировались и уточнялись в зависимости от внутриполитической и международной обстановки. В них вносились изменения и дополнения с учетом условий гражданской войны, периода мирного строительства, ожесточенной борьбы с немецко-фашистскими захватчиками в 1941–1945 годах и последующего развала Советского Союза. Однако главными задачами всегда оставались: ограждение вооруженных сил от всех видов разведки иностранных спецслужб; надежная защита сведений, составляющих государственную и военную тайну; выявление и пресечение террористической и диверсионной деятельности в войсках; оказание содействия командованию в обеспечении боевой и мобилизационной готовности частей и соединений армии и флота.
В современной ситуации среди задач обеспечения безопасности Вооруженных сил России и других военных формирований и объектов все большую актуальность обретают предотвращение военной контрразведкой в пределах своих полномочий террора, несанкционированных действий с оружием массового поражения, борьба с организованной преступностью, коррупцией, контрабандой, незаконным оборотом боеприпасов, взрывчатых, отравляющих веществ и наркотических средств, имеющих свой военный аспект.