Ведомственное переподчинение военной контрразведки и ломка ее структуры в самый разгар Великой Отечественной войны явились смелым и, как показало время, дальновидным шагом, полностью себя оправдавшим. Это именно тот случай, когда известную пословицу «на переправе коней не меняют» жизнь опровергла. Совнарком также учел ошибку первой попытки ввести военную контрразведку в систему НКО в 1941 году. Двойственность подчинения исключалась, так как начальник Главного управления контрразведки Смерш одновременно являлся и заместителем наркома обороны СССР.
Переподчинение военной контрразведки Наркомату обороны максимально приблизило армейских чекистов к командованию и политорганам, укрепило связь и взаимодействие между ними, обеспечило оперативность и гибкость в решении задач защиты безопасности войск на фронте и в тылу. Значительно ускорилось решение служебных вопросов, прохождение документов и оперативной информации в результате прямого выхода начальника главка на Верховного главнокомандующего. Трудно переоценить, насколько важны были эти изменения и для военной контрразведки, и для командования в решающий период войны.
Структура Главного управления контрразведки Смерш (ГУКР НКО Смерш) предусматривала четкое распределение служебных полномочий и обязанностей, максимально учитывала потребности военного времени, была удобной для управления. Аппарат Смерша состоял из одиннадцати отделов и дополнительно к ним отдела кадров, административно-хозяйственной службы и секретариата, в свою очередь, при необходимости делившихся на отделения. Каждый из отделов отвечал за работу на конкретном направлении: контрразведывательная защита Генштаба и центральных органов Наркомата обороны, розыск агентуры противника и ведение радиоигр, организация зафронтовой работы, руководство подчиненными органами, следствие, работа среди военнопленных, учет и статистика, а также проведение оперативно-технических мероприятий, наружного наблюдения, обысков и арестов.
Одной из особенностей структуры главка, учитывавшей состояние войны, являлось наличие при его руководителе института помощников, состоявшего из сотрудников, как правило, в звании генералов. Они выполняли кураторские функции в отношении деятельности управлений контрразведки Смерш фронтов. Напомню, что в июле 1943 года с учетом стратегической обстановки имелось двенадцать фронтов, а на завершающем этапе войны их осталось восемь.
Как вытекает из рассмотренной структуры, аппарат Смерша имел в своем арсенале все необходимые оперативные и технические средства, позволявшие автономно и быстро, без бюрократических проволочек решать весь сложный комплекс контрразведывательных и разведывательных задач, ни у кого и ничего не прося.
С учетом подчинения военной контрразведки Народному комиссариату обороны в аппарате Смерша вместо партийного комитета был образован политотдел. Он состоял всего из двух человек: начальника — полковника Сиденькова, пришедшего в контрразведку из бронетанковой академии, и секретаря-машинистки.
Штат аппарата главка Смерша с учетом масштабов Великой Отечественной войны, противостояния военной контрразведке значительных сил германских спецслужб являлся сравнительно небольшим, компактным и мобильным — насчитывал 646 человек. В аппарате хорошо сочетались кадры зрелых профессионалов, офицеров, прошедших испытания в сражениях начального периода войны, и рвущейся в бой молодежи.
На должностях оперативного и технического состава довольно успешно служило немало женщин. Многие из них имели офицерские звания. Заместителем начальника отдела кадров, например, работала полковник Егорова.
Сотрудники Смерша имели общевойсковые звания и носили форму армейского образца.
Начальником ГУКР НКО Смерш Совнарком назначил В.С. Абакумова, тридцатипятилетнего контрразведчика-профессионала. Заместителями Абакумова были утверждены П.Я. Мешик, Н.Н. Селивановский и И.Я. Бабич, а несколько позже И.И. Врадий. До прихода в аппарат Смерша Селивановский и Бабич, соответственно, руководили особыми отделами Южного и Северо-Западного фронтов.
Размещался личный состав аппарата Смерша главным образом в доме два на площади Дзержинского, ныне Лубянской, занимая четвертый и седьмой этажи.
Совнарком СССР поставил Смершу ответственные задачи: вести борьбу со шпионской, диверсионной, террористической и иной подрывной деятельностью иностранных разведок в частях и учреждениях Красной армии; принимать необходимые агентурно-оперативные и другие (через командование) меры, обеспечивающие непроницаемость линии фронта для шпионских и антисоветских элементов; бороться с предательством и изменой Родине, дезертирством и членовредительством на фронте и в частях; осуществлять проверку военнослужащих и других лиц, бывших в плену и окружении противника; выполнять специальные задания народного комиссара обороны.