Свои задачи военная контрразведка решала в тесном взаимодействии с подразделениями органов государственной безопасности, Наркоматом внутренних дел, пограничниками и партизанским движением.
Руководители и сотрудники органов Смерша в центре и на местах представляли единое целое со всей системой Наркомата обороны, строго руководствовались воинскими уставами, наставлениями и ведомственными приказами, постоянно поддерживали дисциплину, порядок и субординацию. Сотрудники, сражавшиеся на фронтах, несли на себе все тяготы и лишения войны, нередко непосредственно участвуя в боевых действиях. Органы военной контрразведки и армию объединяла, сплачивала единая цель — быстрее одолеть гитлеровских захватчиков, добиться окончательной победы. В целом, реформа военной контрразведки прошла организованно, быстро и безболезненно.
Нацистское руководство Германии в реализации своих захватнических планов в войне против Советского Союза особое значение придавало спецслужбам, где одно из центральных мест занимал абвер — Управление разведки и контрразведки верховного командования вооруженных сил фашистской Германии. С абвером советские чекисты вели борьбу еще с довоенного времени.
Именно абвер к началу Второй мировой войны сумел создать во многих странах разведывательно-диверсионную сеть и, опираясь на ее подрывную деятельность, помог Гитлеру покорить чуть ли не всю Западную Европу.
Штаб-квартира абвера размещалась в Берлине по адресу Тирпицуфер, 76/78 и имела свои филиалы в группах армий и войсковых объединениях, абвергруппы в армиях и равным им соединениях. Дивизиям и воинским частям придавались офицеры абвера.
Во главе абвера с 1935 года стоял адмирал Вильгельм Канарис, представитель немецкой военной элиты, разведчик-профессионал, умный и умелый политический интриган, которого в ближайшем окружении фюрера именовали «старой лисой». Путем совершенствования и реорганизаций Канарис к 1939 году превратил абвер в крупное, многоцелевое и универсальное ведомство, эффективно решающее стоящие перед ним задачи.
Абвер активно участвовал в подготовке нападения на Советский Союз, а с началом войны развернул тотальную шпионско-диверсионную деятельность против Красной армии.
Всеми подрывными операциями на советско-германском фронте руководил созданный в мае 1941 года специальный центр абвера с условным наименованием штаб «Валли», размещавшийся под Варшавой, а затем передислоцированный в Восточную Пруссию. Возглавлял штаб опытный гитлеровский разведчик Шмальшлегер.
При штабе «Валли» абверовцы организовали русскую контрразведку, именуемую «Зондерштаб Россия». Руководил зондерштабом кадровый разведчик абвера русский белоэмигрант Смысловский, он же полковник фон Регенау. Резидентуры зондерштаба, действуя на оккупированной территории, вели борьбу с советским активом, партизанским движением.
Во фронтовых условиях абвер взаимодействовал с отделами войсковой разведки (1Ц), имевшимися при крупных штабах немецкой армии, тайной полицией типа военного гестапо (ГФП) и особыми командами СД.
Следует иметь в виду, что абвер в борьбе против Красной армии использовал не только свой разведывательный потенциал, но также силы и средства спецслужб стран-сателлитов фашистской Германии — Италии, Венгрии, Румынии, Финляндии и Словакии.
С первых дней и месяцев войны абвер прибегал к массовым заброскам в прифронтовую зону и наш тыл агентов для добывания сведений о резервах и планах командования Красной армии, дислокации штабов и частей, баз и военных складов, с задачей сеять панику среди советских людей и склонять их к переходу на сторону противника. На коммуникациях Красной армии и в местах нахождения важных оборонных объектов активно действовали группами и в одиночку диверсанты. Забрасываемые в войска и тылы террористы совершали убийства командиров и политработников, сотрудников милиции, представителей советского и партийного актива.
Обычно вражеская агентура обеспечивалась маскировочными легендами, документами — фальшивыми или изъятыми у военнопленных и погибших в концлагерях. Практиковалась экипировка агентов в форму военнослужащих Красной армии, пограничников и милиции.
Разведывательно-диверсионная борьба в самых острых формах шла беспрерывно на всех участках огромного советско-германского фронта.