Приход Игнатьева в МГБ положил начало очередной чистке и широким кадровым перестановкам в министерстве, прежде всего среди руководящего состава. Своим приказом Сталин освободил от занимаемых должностей сразу пятерых заместителей министра госбезопасности.
В числе новых назначенцев на должность первого заместителя министра, а несколько позднее и начальника 3-го Главного управления МГБ, пришел генерал-полковник С.А. Гоглидзе — человек, близкий к Берии.
Заместителем Игнатьева по кадрам стал первый секретарь Одесского обкома партии А.А. Епишев. Он проработал в МГБ менее двух лет. С объединением в марте 1953 года МГБ и МВД в одно министерство возвратился в Одессу на свое прежнее место. Позднее работал послом СССР в Румынии и Югославии, а затем длительное время начальником Главного политического управления Советской армии и Военно-морского флота, имел воинское звание генерала армии. За время службы в органах госбезопасности Епишев конструктивного следа в их деятельности не оставил.
Игнатьев, Рюмин и другие всячески раскручивали ими же состряпанный «заговор Абакумова», нагнетая вокруг него обстановку резкими заявлениями, увольнениями, исключениями из партии и новыми арестами сотрудников. Главный удар наносился по военным контрразведчикам, в лице которых усматривали основную опору и кадры Абакумова. За участие в «заговоре» аресту подверглась группа преданных партии генералов-руководителей, среди них Ф.Г. Шубняков, Н.Н. Селивановский, Н.А. Королев, Е.П. Питавранов и другие. Пропустив генералов через тюрьмы, издевательства и унижения, власти вынуждены были их освободить за отсутствием вины.
ЦК тщательно профильтровал и руководителей партийных организаций МГБ. Секретаря парткома министерства, бывшего военного контрразведчика генерала В. П. Рогова, о котором Игнатьев говорил, что он «находился в кармане у Абакумова», сияли и отправили служить в Сибирь. Освободили от обязанностей и секретаря парткома 3-го Главного управления МГБ А.В. Миусова, затем отослав на периферию.
Разгром чекистских кадров творился под завесой разговоров об укреплении социалистической законности, ликвидации искривлений в карательной политике, повышении бдительности личного состава органов.
Игнатьев со своими помощниками оказался неспособным разобраться с мнимыми террористами-врачами и другими сфальсифицированными делами. Сотрудники органов, не зная всех деталей событий, верили в официальную линию и необходимость мер, принимаемых ЦК ВКП (б) по укреплению органов МГБ. Обсуждая в парторганизациях закрытое письмо ЦК «О неблагополучном положении в Министерстве государственной безопасности» от 13 июля 1951 года, они выступали с острой принципиальной критикой недостатков в работе» строго спрашивали за ошибки с руководителей.
Напряженность и сложность обстановки того времени проявились и на отчетно-выборном партийном собрании военной контрразведки, состоявшемся 6 мая 1952 года в клубе имени Дзержинского. Протекало собрание бурно, с высокой активностью коммунистов. Все шло нормально, пока не началось избрание парткома. В числе кандидатов в состав нового парткома выдвинули товарища, недавно пришедшего в органы с партработы. Не составляло труда предположить, что именно он будет рекомендован освобожденным секретарем. Его рассказ о себе не отличался скромностью и вызвал у части коммунистов раздражение. Один из участников собрания, подполковник Морозов, попросил слова и от имени, как он сказал, «группы коммунистов» заявил, что «нам не нужны «варяги», у нас есть свои достойные кандидаты в секретари парткома». Заявление обострило ход собрания, но выборы прошли нормально и бывший партработник, хотя и с трудом, все же в состав парткома прошел. На собрании в члены парткома главка избрали и меня.
На следующий день вновь избранный партком собрался на первое заседание. В нем неожиданно приняли участие Игнатьев, Гоглидзе и один из секретарей парткома МГБ Бетин. Игнатьев выглядел старше своих лет, несколько сутулый, с угрюмым и сердитым лицом. Сев во главе стола, Игнатьев обратился к присутствующим:
— Прежде чем вы приступите к решению организационных вопросов, обстоятельства заставляют меня высказать свое негативное отношение к состоявшемуся вчера в главке отчетно-выборному партийному собранию. Как мне доложили, прошло собрание безобразно. Со времени разгрома в партии троцкистско-зиновьевской оппозиции ничего подобного еще не было. Группа коммунистов осмелилась восстать против линии партии…
Игнатьев продолжал развивать свою абсурдную мысль и, войдя в роль политического обличителя, неистово укорял военных контрразведчиков в «антипартийной групповщине», «абакумовщине» и других нелепицах. Его бичующие слова падали на головы членов парткома подобно ударам хлыста…