Мартын Иванович Лацис (1888–1938)
6 февраля 1919 года было утверждено постановление ВЦИК об учреждении при ВЧК Особого отдела, подготовленное заместителем председателя РВСР Э. М. Склянским, С. И. Араловым, Ф. Э. Дзержинским. Военная контрразведка вошла в состав ВЧК. За военным ведомством сохранялось право постановки заданий особым отделам и контроль за их выполнением. То есть на протяжении семи месяцев в Красной Армии существовало одновременно два контрразведывательных органа: Военный контроль и армейская ЧК. Процесс слияния двух систем подчас проходил болезненно, с неизбежными конфликтами и даже арестами той или иной группы. По версии исследователя отечественных органов безопасности профессора А. А. Здановича, в конечном итоге возобладала позиция Ф. Э. Дзержинского и В. И. Ленина, последний и предложил назвать новый орган в составе ВЧК «особым отделом». Если учесть, что к концу 1919 года Красная Армия в своем составе насчитывала 5 млн бойцов, то ее Особый отдел располагал огромным ресурсом. Уже в 1919 году Особые отделы провели яркие разведывательные и контрразведывательные операции по пресечению деятельности иностранных разведок. Так, сотрудниками Особых отделов был раскрыт заговор «Национального центра» в Москве и Петрограде, разгромлены белогвардейские организации в Астрахани и Пензе (1919), а также разоблачена резидентура польской разведки на Украине (1920).
Михаил Сергеевич Кедров (1878–1941)
Особые отделы Красной Армии в декабре 1919 года включали в себя общую часть (агентурное, информационное, регистрационное отделение), а с октября 1920 года – организационную часть. С лета 1919 года Особый отдел ВЧК координировал оперативную охрану границы. С августа 1920 года приказом РВСР в Особый отдел ВЧК была передана военная цензура, в середине 1920 года был образован Особый отдел Черного и Азовского морей, а в 1921 году в его состав был включен Особый отдел Балтийского флота.
Полномочия Особых отделов ВЧК были шире, чем территориальных органов, в частности, в области вынесения и привидения в исполнение смертных приговоров.
Выдающимся организатором военной контрразведки можно смело назвать Михаила Сергеевича Кедрова (1878–1941), Члена коллегии ВЧК с марта 1919 года, который, как многие, стал одной их жертв массового террора, развязанного в 1934 году, и был расстрелян по личному приказу Л. П. Берии в 1941 году.
На должность начальников Особых отделов фронтов, как правило, назначались проверенные члены партии РКП(б), хотя были случаи назначения из членов партии левых эсеров. Начальниками ОО фронтов были: Восточного (1919) и Туркестанского (1919–1920) – Г. И. Бокий (1879–1937), впоследствии он стал начальником спецотдела и членом Коллегии ВЧК–ОГПУ; Юго-Восточного и Кавказского (1919–1920) – Н. А. Скрыпник; Кавказского (1920) – К. И. Ландер (1884–1937); Западного (1919) – Ф. Д. Медведь; Западного (1921–1922) – бывший левый эсер В. И. Хаскин; 12-й армии – Э. Б. Кацнельсон; 15-й армии (1919–1920) – Я. К. Берзин, который в 1930-е годы стал руководителем военной разведки РККА; в Галицийской Красной армии – М. П. Фриновский. С Особого отдела свою службу начинал будущий нарком внутренних дел Г. Г. Ягода, в 1920–1921 годах он был начальником Особого отдела ВЧК–ГПУ, его приемником стал Я. С. Агранов (Янкель Шевель-Шмаев).
Бывшие руководители Особых отделов впоследствии все, без исключения, стали крупными руководителями отечественных спецслужб. За заслуги в деле защиты социалистической республики 20 декабря 1922 года приказом РВС Особый отдел ГПУ был награжден орденом Красного Знамени. В годы «большого террора» были расстреляны чекисты, в разное время служившие в Особом отделе и занимавшие в нем ответственные должности: Г. Г. Ягода, М. П. Фриновский, Г. И. Бокий, В. Д. Медведь, Я. К. Берзин, Э. Б. Кацнельсон, Я. С. Агранов, М. Я. Лацис, М. С. Кедров; не выдержав обвинений в свой адрес, покончили жизнь самоубийством Н. А. Скрыпник и К. И. Ландер.
По данным современных историков в период с 1934 по 1941 год жертвами репрессий стали 14 тысяч сотрудников НКВД, в основном это были милиционеры и пожарники, в том числе группа сотрудников ГУГБ (Главное Управление государственной безопасности). С октября 1936 по январь 1938 года из ГУГБ было уволено 5229 оперативных сотрудников, из них арестовано 1220 человек, при этом 884 сотрудника были арестованы за контрреволюционную деятельность, 172 – за уголовные преступления, 164 – за развал работы, пьянство и дискредитацию органов НКВД.
В то же время Секретно-оперативным управлением ГПУ УССР и Особым отделом ОГПУ по Киевскому военному округу в 1930–1931 годах было заведено и реализовано дело оперативной разработки «Весна», касающееся бывших офицеров царской армии. По материалам данного дела было уволено из рядов Красной Армии несколько тысяч человек командиров, в отношении десятков из них были возбуждены уголовные дела с окраской контрреволюционная деятельность. Часть расстрелянных бывших генералов и офицеров, проходивших по данному делу, были реабилитированы в 1960-е годы.