По мнению американских специалистов, военная разведка смогла восстановить свой авторитет лишь в период Гражданской войны в США (1861–1865). Лидеры обеих противоборствующих сторон, причем как гражданские, так и военные руководители, неформально отнеслись к вопросам организации качественной разведки в поле, обработки разведывательных сведений, в том числе политического характера, организовали обширные агентурные сети и периодически проводили контрразведывательные и пропагандистские мероприятия [2]. Руководство Конфедерации американских штатов (Юг) создало Бюро связи и специальной службы, первоначальной задачей которого являлся анализ добытых документов и прессы северян. В Союзе североамериканских штатов своими разведслужбами обладали военное министерство, министерство ВМС и Государственный департамент, которые обеспечивали ведение военных действий и проведение иных мероприятий в соответствии с указаниями непосредственных начальников. Так, например, впервые в практике разведслужб США соответствующими органами северян была вскрыта секретная переписка политического руководства южан, на основании чего контрразведкой ВС Союза была пресечена работа агентуры Конфедерации по изготовлению денежных знаков на предприятиях, расположенных в Нью-Йорке, то есть на территории, подконтрольной северянам. В июне 1861 года была осуществлена первая прямая передача телеграфного сообщения с воздушной разведывательной платформы лично президенту А. Линкольну, находившемуся на земле. Вслед за этим по инициативе главы государства был сформирован воздухоплавательный корпус, благодаря усилиям которого, в частности, северянам удалось вскрыть сосредоточение большого количества войск Конфедерации, готовившихся к нападению на стратегически важный объект Файр-Оукс, штат Вирджиния [59, А–2].
Демонстрация существенной роли разведки в первые годы Гражданской войны явилась причиной создания северянами в 1863 году первой объединенной профессиональной разведывательной организации — Бюро военной разведки (БВР), в основные обязанности которого вошли оценка военного потенциала противника, вскрытие его намерений и конкретных планов. Основными источниками разведсведений при этом являлись агенты северян, внедренные в руководящие политические структуры южан, а также в их армейские и военно-морские штабы. Успехи в работе бюро во многом определялись правильной организацией работы и жесткими требованиями к сотрудникам со стороны его руководителя генерала Джозефа Хукера. Так, например, своевременно поступившие и правильно оцененные разведсведения позволили северянам нанести крупное поражение войскам Конфедерации в битве при Геттисберге, руководимым лично наиболее одаренным полководцем южан генералом Робертом Э. Ли [10, с. 96–97]. Однако избыток разведсведений и зачастую их противоречивый характер наряду со все еще недостаточным опытом их аналитической обработки порой являлись причиной и определенных неудач. Нехватка времени для обработки массива данных, к примеру, привела к фактической нейтрализации усилий разведки накануне боестолкновения при Чанслорсвилле и разгрому северян. После окончания Гражданской войны Бюро военной разведки было расформировано за ненадобностью.
До начала 1880-х годов роль немногочисленных разведслужб, существовавших как в рамках гражданских, так и военных организаций США, в основном сводилась в первом случае к достаточно поверхностному анализу внешней политики иностранных государств, а во втором — к обеспечению карательных мероприятий американских войск по «умиротворению» аборигенов-индейцев.
Между тем конец XIX века был ознаменован выходом США из изоляции на мировую арену и все более активной внешнеполитической экспансией. Основным инструментом проведения агрессивной политики Вашингтона в этот период явились национальные военно-морские силы, развитию которых американское руководство уделяло самое серьезное внимание. В этой связи с неизбежностью встал вопрос о качественном разведывательном обеспечении их деятельности. Уже в марте 1882 года в рамках министерства ВМС был воссоздан разведывательный орган — Отдел военно-морской разведки, в функции которого вменялся прежде всего сбор разведывательной информации о ВМС иностранных государств, планах их строительства и корабельных программах великих держав того времени. В 1885 году в связи с перспективными планами борьбы за передел территориальных владений и захвата колоний американское руководство приняло решение о формировании подобного разведывательного органа и в Военном министерстве в интересах сухопутных войск. После победоносной для США Испано-американской войны 1898 года было принято решение о реорганизации управления военной машины страны в целом. И в 1903 году был учрежден пост начальника штаба армии (сухопутных войск) и так называемый Генеральный штаб для планирования военных действий, в подчинение которого и передавалась военная разведка в виде руководящего органа — отдела информации (G-2).