В 1802 году во время реформ императора Александра I по образованию министерств было создано Министерство военных морских сил, ставшее высшим органом государственного управления военно-морским флотом и ведавшее строительством, материально-техническим обеспечением, подготовкой и комплектованием Российского флота.
В том же 1802 году к министерству была присоединена Адмирал-тейств-коллегия с возложением обязанностей председателя на министра. Теперь к ее обязанностям относились: содержание флота, комплектование личным составом, снабжение провиантом, обмундированием и денежным довольствием, строение, вооружение и снабжение кораблей всем необходимым для плавания, а также, впервые, распоряжение действиями флота. Таким образом, в 1802 году в России был создан первый центральный орган оперативного управления военным флотом.
В Отечественной войне 1812 года участие российского флота было весьма ограниченным, вследствие чего эта война существенного влияния на структуру управления флотом и постановку в нем разведывательного дела не оказала.
В 1815 году Министерство военных морских сил было переименовано в Морское министерство. Организацией министерства и разработкой его структуры ведал созданный по указанию императора Александра I “Комитет образования флота” под председательством графа А.Р. Воронцова, а затем воссозданный 31 декабря 1825 года (12 января 1826 года) императором Николаем I и возглавлявшийся вице-адмиралом А.В. Моллером.
Первоначально в составе министерства были две части:
— Воинская, которой заведовала Адмиралтейств-коллегия;
— Художественная (строительство и учебная деятельность), которой заведовал Адмиралтейский департамент.
Высшее управление было сосредоточено в Департаменте министра военных морских сил, при котором находилась учрежденная в 1803 году Военно-походная по флоту канцелярия.
В 1821 году было создано Управление начальника штаба поморской части.
В ходе реорганизации 1827-1828 гг. высшее военно-морское управление было разделено на две части:
— Морской штаб Его Императорского Величества, во главе с его начальником генерал-адъютантом А.С. Меишиковым, получившим право личного доклада императору и через которого передавались “высочайшие указания”. В 1831 году последний преобразуется в Главный Морской штаб — ГМШ. В составе ГМШ был создан Морской ученый комитет, в ведении которого находились “совещания об ученых предметах, издание книг и повременных записок”; — Морское министерство, подчиненное министру (вице-адмирал А.В. Моллер). Министру была сохранена власть, соответствовавшая общим положениям о министерствах, но у него не было права доклада императору. В ведении министра находилась Канцелярия, Адмиралтейств-совет, Управление генерал-интенданта, Управление генерал-штаб-доктора и Департамент корабельных лесов.
В 1836 году ГМШ и Морское министерство были объединены под общим наименованием “Морское министерство” с подчинением начальнику ГМШ. Все центральные органы морского ведомства с этого года вошли в состав ГМШ.
После реорганизации министерства, с 1836 года основу ГМШ составляла Военно-походная Его Величества канцелярия по морской части, занимавшаяся всеми вопросами управления силами и средствами флота и их использованием для решения задач защиты безопасности и интересов страны на море. Планирование строительства и использования флота осуществлял Морской ученый комитет ГМШ.
Кроме того, ГМШ включал Гидрографическое управление; Инспекторский департамент; Комитет образования флота; Управление генерал-штаб-доктора; Строительный департамент по морской части; Канцелярию Морского министерства.
Разведывательные сведения и материалы к этому времени накапливалась в трех подразделениях Главного морского штаба:
— во втором отделении Канцелярии управления генерал-гидро-графа, которое было занято в частности: “движением флотов и эскадр и направлением экспедиций; соображениями к военным действиям и к обороне берегов и гаваней; делами тайне подлежащими по военным предметам”[79];