По данным разведки, Наполеон начал глубокий обход левого фланга наших армий с целью захватить лежавший у них в тылу Смоленск и отрезать их от Москвы. 2 (14) августа Барклай форсированным маршем начал отступление. На сей раз он категорически отверг предложение Багратиона дать решительное сражение и вывел войска за Днепр. Эти действия вызвали еще большую критику в адрес Барклая. Россия уже почти сто лет не испытывала иностранного нашествия, и военного министра обвиняли в том, что отступление стало следствием его нерешительности, трусости и даже предательства. Многих раздражало и его «немецкое», т. е. лифляндское, происхождение, которым его недоброжелатели объясняли «равнодушие», с каким Барклай-де-Толли уступает русскую землю противнику. На самом деле это были выдержка и самообладание, опиравшиеся на глубокий анализ противника, проведенный военной разведкой накануне войны. Но об этом армия и народ поняли много позже.
Разногласия в высшем командном составе во время нашествия, грозившего самому существованию государства, были чрезвычайно опасны. Требовался главнокомандующий с именем, которое не просто успокоило бы войска и общество, но и объединило бы их. 8 августа 1812 г. император назначил главнокомандующим армиями М.И. Кутузова, подчинив ему не только армии, но и ополчения, резервы, гражданские власти во всех губерниях, затронутых войной. Таким образом, единовластие в управлении войсками было установлено, а авторитет ученика Суворова и старшинство в звании генерала от инфантерии с 1798 г. если не устраняли разногласия среди генералитета, то в любом случае лишали привлекательности доводы враждующих группировок (Айрапетов Олег. Указ. соч. С. 56–64).
17 августа Кутузов прибыл к армии и приказал продолжить отступление, рассчитывая найти удобную позицию для генерального сражения и получить подкрепления. Фактически это было продолжение стратегии Барклая-де-Толли, который 24 августа оставил пост военного министра, но сохранил за собой пост главнокомандующего 1-й армией (21 сентября по личной просьбе уволен из армии по болезни). Считая невозможным оставлять Москву без боя и получив требование императора дать сражение, Кутузов выбрал для боя позицию у деревни Бородино, в 124 км от столицы.
Понимая, что превосходство в силах по-прежнему остается за французами, русский главнокомандующий считал необходимым выбрать оборонительную тактику и, опираясь на спешно построенные укрепления, нанести максимально возможный урон неприятелю. В распоряжении Кутузова имелось около 114 тыс. регулярных войск (из них 14,6 тыс. новобранцев), 8 тыс. казаков при 624 орудиях. Кроме того, к Бородино было направлено 28 тыс. ратников ополчения, но они были плохо вооружены и обучены, а потому использовались в качестве вспомогательной силы, прежде всего на земляных и саперных работах.
Наполеон надеялся навязать русской армии решающее сражение, уничтожить ее, взять Москву и продиктовать там условия мира. Часть сил Великой армии было отуянуто для прикрытия растянувшихся коммуникаций, тем не менее у Бородино она превосходила русскую по численности войск — 135 тыс. человек при 587 орудиях.
По данным разведки, представленным Г.Ф. Орловым, численность Великой армии на тот момент оценивалась в 165 тыс. человек. Хотя Кутузов полагал «донесение Орлова несколько увеличенным», он считал, что перевес сил все еще остается на стороне противника. К.Ф. Толь тогда оценивал силы Наполеона в 185 тыс., П.И. Багратион — в 130–140 тыс. (Безотосный В.М. Указ. соч. С. 124–125).
24 августа французы атаковали незавершенный и выдвинутый вперед Шевардинский редут и после упорного боя, продолжавшегося до темноты, вытеснили оттуда русские войска. 26 августа состоялось Бородинское сражение. Выбранная Кутузовым позиция исключала для противника возможность обхода или флангового удара и навязала Наполеону тактику лобовой атаки. С 6 часов утра до 6 часов вечера французы массами штурмовали русский центр — Багратионовы флеши и батарею Раевского, — многократно переходивший из рук в руки. К вечеру противник овладел русскими позициями в центре и на левом фланге, но это привело лишь к тому, что русская армия отступила на расстояние от 1 до 1,5 км, ее оборона не была прорвана на одном участке, а сама армия не была разбита.