Для решения поставленных задач владивостокская резидентура располагала компактным агентурным аппаратом из главным образом осевших в порту японских торговцев. Большой объем информации Генштаб получал от коммерсанта Каваками Кэндзо. Он родился в 1868 г. в префектуре Сага, после окончания четырехлетней школы несколько лет занимался китобойным промыслом на токийской фирме «Гэйрё» и продажей табачных изделий в японской столице, а в ноябре 1884 г. переехал во Владивосток для работы в импортно-экспортной фирме и изучения русского языка. Предприимчивый соотечественник попал в поле зрения Хагино Суэкити, по заданиям которого вел разведку военных объектов Владивостока. В феврале 1888 г. агент на три года уехал в Японию для открытия собственной фирмы по поставке товаров в Россию из Осаки и Кобэ, однако в мае 1891 г. вернулся во Владивосток, где, как позднее писал в автобиографии, «управлял разными предприятиями, в том числе был подрядчиком на строительстве казарм и других русских военных объектов»71.
Не менее колоритной являлась фигура другого агента владивостокской резидентуры, действовавшего одновременно с Каваками, – Абэ Норикё. Хотя он находился во Владивостоке как практикант по торговому делу от министерства торговли и сельского хозяйства Японии, Абэ одновременно представлял интересы ассоциации производителей черного чая префектуры Кумамото и был внештатным корреспондентом газеты «Асахи», что позволило ему обзавестись широким кругом знакомств в Маньчжурии и на Дальнем Востоке72.
Кроме того, агентом военной разведки с 1893 по 1903 г. был глава владивостокского представительства пароходной компании «Нихон юсэн» Тарами Киити, который помимо выполнения разведывательных задач обеспечивал связью с ГШ и деньгами всех владивостокских резидентов, а в 1901 г. активно участвовал в организации харбинского разведаппарата Исимицу Макиё73.
Владивостокской резидентуре также подчинялась группа квалифицированных агентов-японцев, собиравших разведывательную информацию под видом бродячих торговцев лекарственными средствами. 14 июля 1902 г. русская жандармерия задержала на станции Черкасская Южно-Уссурийского округа трех таких «знахарей» – Судзуки Дзюдзи, Сёно Коносукэ и Сиою Магосити. При личном досмотре у них был изъят молитвенник с записями разведывательного характера, содержавший сведения о составе и количестве русских войск в Маньчжурии и Приморской области с отметками о действительном наименовании, численности воинских частей, количестве и типах орудий, боевом расписании войск в Приамурском, Сибирском, Казанском, Московском, Одесском военных округах, Квантунской области и прочем. По ходатайству коммерческого агента Каваками Тосицунэ задержанные лица весной следующего года были депортированы в Японию74.
В 1895 г. японская военная разведка временно свернула деятельность во Владивостоке с легальных позиций, изыскивая более эффективные методы сбора интересующей армию информации о межвидовой группировке русских войск и оборонительных сооружениях края. Для изучения этой проблемы в августе 1896 г. Владивосток под видом туристов посетила оперативная группа Генштаба в составе начальника 2-го управления полковника Цутии Мицухара, его подчиненного капитана Ёды Сёкэй и сотрудника 3-го управления майора Ито Сюити75. Ознакомившись с подготовленным ей докладом, начальник Генштаба утвердил план организации во Владивостоке нелегальной резидентуры под крышей религиозного храма Ниси Хонгандзи буддийской секты Дзёдо-син-сю, занимавшейся распространением своего вероучения в России.
Сотрудничество военной разведки с этой организацией началось накануне японо-китайской войны в 1894 г., когда заместитель начальника Генштаба генерал-лейтенант Каваками Сороку и руководитель киотского отделения Ниси Хонгандзи Отани Кодзуи договорились об использовании филиалов секты в Китае, Монголии и Сибири для сбора разведывательной информации в интересах армии. Поэтому в апреле 1897 г. владивостокскую резидентуру возглавил капитан Ханада Наканосукэ, который под псевдонимом монаха Симидзу Сёгэцу занялся изучением и проповедованием буддизма, ради чего зимой 1899 г. совершил поездку в Иркутск через Цзилинь, Чанчунь, Маньчжоули и Монголию76.