Опубликованные источники условно поделены на две группы. К первой группе относятся сборники договоров и дипломатических документов, касающихся Дальнего Востока, служебная переписка Министерства иностранных дел и центральных органов военного управления Японии, справочные материалы о ходе Русско-японской войны и состоянии Вооруженных сил Российской империи в 1903–1914 гг., директивы Главного командования Красной армии34.
Вторую группу составляют источники личного происхождения – воспоминания руководителей Белого движения и сотрудников английской и японской разведок. Среди них – мемуары бывшего Верховного главнокомандующего всеми Вооруженными силами в Сибири В.Г. Болдырева, бывшего Верховного главнокомандующего Дальневосточной армией Г.М. Семенова, британского наблюдателя при японской армии генерал-майора Яна Гамильтона, сотрудников японской разведки в Санкт-Петербурге, Владивостоке, Хабаровске, Омске, Благовещенске и Харачине Акаси Мотодзиро, Савада Сигэру, Хигути Киитиро, Исимицу Макиё и Кавахара Мисако. При всей субъективности этого вида источников зачастую именно он раскрывает содержание рассматриваемых событий в силу отсутствия достаточной документальной базы35.
Архивную основу книги составили две группы материалов Российского государственного военного архива, Российского государственного военно-исторического архива, Российского государственного архива социально-политической истории, Государственного архива Российской Федерации, Российского государственного исторического архива Дальнего Востока, Государственного архива Хабаровского края и Центрального пограничного музея Федеральной службы безопасности Российской Федерации.
В первую группу вошли доклады органов жандармерии и военной контрразведки Российской империи о наблюдении за лицами, подозреваемыми в шпионаже в пользу Японии, следственные материалы на разоблаченных японских разведчиков и их агентов, справки разведывательных и контрразведывательных отделений штабов Приамурского и Иркутского военных округов об агентурном проникновении в разведывательные центры Японии в Маньчжурии, служебная переписка Приамурского генерал-губернаторства с МВД и МИД о мерах по борьбе с японским шпионажем в 1880–1917 гг. В первую очередь это фонды Департамента полиции МВД и Отдельного корпуса жандармов, хранящиеся в ГАРФ, фонды Главного управления Генерального штаба (ГУГШ) в РГВИА, жандармских органов в РГИА ДВ и ГАХК, материалы органов пограничной охраны в ЦПМ ФСБ РФ, содержащие подлинники переписки указанных ведомств о деятельности японской военной разведки до начала Гражданской войны36.
Вторая группа представлена документами польской военной разведки, контрразведывательных служб правительств А.В. Колчака и ДВР за 1918–1922 гг. о деятельности разведывательных органов японской армии на территории Дальнего Востока, Забайкалья, Сибири, Европы, дипломатической перепиской областных управлений ДВР с японскими военными миссиями, коллекцией изъятых агентурным путем материалов японской разведки. Основная масса первоисточников сосредоточена в фондах Дальневосточного бюро ЦК РКП(б) в РГАСПИ, в фондах Военного совета Народно-революционной армии ДВР и отдела контрразведки колчаковской армии в РГВА, а также в фондах Дальистпарта в ГАХК, фондах белых правительств в ГАРФ и Приморского облотдела ГПО ДВР в РГИА ДВ37.
В исследовании также использованы документы на японском языке, постоянно хранящиеся в архиве Научно-исследовательского института обороны министерства национальной обороны (НИНО МНО), архиве министерства иностранных дел, Национальном архиве Японии и в Библиотеке Токийского университета Васэда. Их также можно условно разделить на две категории.
К первой относятся императорские указы, нормативноправовые акты кабинета министров, военного министерства, Генерального штаба, регулирующие деятельность разведывательных органов армии и флота, планирующая и финансовая документация различных ведомств38.
Во вторую категорию попали доклады военных атташе, руководителей японских военных миссий и резидентов Генштаба в России, Китае, Маньчжурии и Корее, донесения разведывательных органов соединений и объединений сухопутных войск на Северо-Маньчжурском, Дальневосточном и Забайкальском театрах военных действий, служебная переписка МИД и военного министерства по различным вопросам оперативного взаимодействия. Анализ этих документов позволяет оценить методы и направления деятельности японской военной разведки против Российской империи и Советской России в 1874–1922 гг., проанализировать влияние разведывательной информации на выработку решений военно-политическим руководством Японии39.