Осенью того же года Генеральный штаб направил в Китай группу из 10 старших офицеров во главе с начальником Западного бюро подполковником Кацура Таро для изучения китайской армии и топографии страны. В 1880 г. возобновил работу аппарат военного атташе при японском посольстве, действовавший совместно с нелегальными резидентурами Генерального штаба в Гуаньчжоу, Пекине, Шанхае и периодически командируемыми на материк оперативными группами центрального аппарата военной разведки. На основе собранных ими материалов в 1888 г. начальник 2-го бюро Огава Матадзи подготовил «Основной план военной экспедиции в государство Цин», в котором пришел к выводу о неготовности Китая к отражению японского нападения53.
Эта информация была перепроверена и уточнена в ходе разведывательной поездки в Китай и Корею весной 1893 г. заместителем начальника Генерального штаба генерал-лейтенантом Каваками Сороку. Возглавляемая им оперативная группа в составе 7 офицеров в апреле посетила Пусан, Инчхон, Сеул и другие интересовавшие японскую разведку корейские города. Затем миссия Каваками прибыла в Китай. Местные власти не препятствовали японцам в изучении интересовавших их объектов. Каваками, в частности, осмотрел армейские арсеналы и машиностроительные заводы в Тяньцзине и Шанхае, посетил китайскую Военную академию, присутствовал на учениях артиллерийских и пехотных частей в районе Тяньцзина. Японские разведчики детально изучили боевой потенциал китайской армии, механизм функционирования цинской администрации, включая ее коррупционную составляющую, провели топографическую разведку вероятных театров военных действий. По возвращении в Японию в июле 1893 г. Каваками доложил начальнику Генштаба о неготовности китайской армии к отражению японской агрессии54.
Успешная деятельность разведывательных органов Генерального штаба по информационному обеспечению руководства Японии достоверными сведениями о военном потенциале Китая способствовала быстрому разгрому цинской армии в ходе японо-китайской войны 1894–1895 гг. В результате этого скоротечного конфликта империя принудила цинское правительство к заключению 17 апреля 1895 г. Симоносэкского договора, согласно которому Япония оккупировала Ляодунский полуостров, острова Тайвань и Пэнхуледао, а также получила контрибуцию в размере 200 000 000 лян55.
Однако значительные территориальные приобретения Японии вызвали негативную реакцию со стороны России, Германии и Франции, опасавшихся расширения японского экономического присутствия в Китае и новых захватов. Поэтому по инициативе Санкт-Петербурга три европейские державы вынудили Токио в апреле того же года отказаться от притязаний на Ляодунский полуостров, что превратило Россию в противника номер 1 в глазах японской общественности.
С учетом итогов японо-китайской войны указом от 9 мая 1896 г. император утвердил новую организационно-штатную структуру Генштаба. Численность его центрального аппарата выросла по сравнению с предыдущим периодом примерно на 35 процентов. В новой конфигурации Генерального штаба агентурной и топографической разведкой занималось только 3-е управление, в то время как вопросы оперативного планирования отошли в ведение 1-го управления. Согласно организационно-штатному расписанию на 13 июля 1896 г., в мирное время в аппарате 3-го управления служили 8 старших и младших офицеров, а также 19 прикомандированных офицеров и унтер-офицеров56.
Хотя новая конфигурация ГШ носила более сбалансированный по сравнению с 1874–1885 гг. характер, японское командование продолжало совершенствовать его структуру с учетом новой военно-политической обстановки. После отторжения Россией, Германией и Францией Ляодунского полуострова в апреле 1895 г., начала строительства в августе 1897 г. Китайско-Восточной железной дороги (КВЖД) и подписания в марте 1898 г. соглашения с цинским Китаем о размещении русской военно-морской базы (ВМБ) в Порт-Артуре, по аналогии с прусским Генштабом японский 14 января 1899 г. был реорганизован на принципиально новой основе. Его ядром стали 1-е и 2-е управления, наделенные функциями оперативного планирования и сбора разведывательной информации на Европейском и Азиатском театрах военных действий. В структуре 1-го управления было образовано русское отделение, отвечавшее за сбор и обобщение данных о Российской империи с позиций Северной и Центральной Европы, Турции, Балканского полуострова, России, Кореи и Маньчжурии, а также за планирование боевых действий на случай войны между двумя государствами57.