Во время его рейса на борту брига «John» («Джон»), начавшегося в 1768 году, карьера молодого Джона Пола (21 год) быстро и неожиданно пошла вверх, после того, как капитан и исполняющий обязанности помощника внезапно умерли от жёлтой лихорадки. Джону пришлось принять команду, с чем он прекрасно справился, доставив судно и товар в порт назначения в Шотландию, до которой было 4 дня пути. За этот подвиг Джона Пола назначили капитаном и выдали ему сумму, равную 10% от цены груза.
Получив команду, Джон Пол совершил два плавания в Вест-Индию. В одном из рейсов он так сильно высек матроса, который вопреки его приказу сошел на берег, что тот от побоев скончался. Уже в Англии Джона Пола привлекли к суду за чрезмерную жестокость, но разрешили продолжить работу на флоте до вынесения судебного решения. Однако его репутация пошатнулась
Проплавав еще несколько лет, Пол Джонс в 28 лет поступил на службу в Королевский флот и вскоре стал капитаном. На судне «Бетси» он отправился в очередное плавание на Тобаго. И здесь он вновь попал в очередную историю. На взбунтовавшемся корабле он заколол шпагой насмерть матроса Блэктона, сына одного из чиновников и был объявлен британским правосудием в розыск. За эти прегрешения Пола ждало очередное судебное преследование Адмиралтейства. Джон Пол оставляет море и исчезает из поля зрения англичан. И объявляется примерно в 1771 году уже в Америке. Он активно включается в бурную политическую жизнь. В 1775 году начинается война за независимость. В Америке английский моряк впервые представился Джоном Полом Джонсом. В списках американских моряков за 1775 год он числится сначала в качестве капитана шлюпа «Providence», затем помощником капитана флагманского корабля «Alfred» и, наконец, капитаном шлюпа «Ranger».
Пол Джонс в борьбе за независимость США
Неизвестно, кто протежировал Пола Джонса, но в 1775 году именно он стал первым человеком, официально получившим звание морского офицера США (1-й лейтенант – первый помощник капитана). В американском флоте в то время было всего шесть первых лейтенантов. Американский Конгресс Полу Джонсу доверил командование первым кораблем ВМФ «Альфред». Кстати, над фрегатом «Альфред» впервые в истории США развивался звёздно-полосатый флаг, обозначив рождение флота страны. В Континентальном флоте Пол Джонс служил десять лет (1775 -1786). В это время Пол Джонс получает реальный боевой опыт: на корабле «Alfred»; крейсерство (1778-1779); бой в Северном проливе (1778); бой у Фламборо-хед. Как активный и смелый участник в Американской революционной войне он и стал известным морским героем. Например, за четыре месяца непрерывных боев Джонс захватывает и приводит в Филадельфию 16 британских торговых судов. На одном из захваченных фрегатов находились деньги, и деньги немалые – содержание всей британской колониальной армии. Ущерб, нанесенный Англии, оценивался в миллион долларов. По тем временам это была огромная сумма.
И все же настоящая слава героя морских сражений приходит к Полу Джонсу позднее и не в американских, а в европейских водах. В конце 1777 года Джонс, будучи капитаном корабля «Рейнджер» с небольшим отрядом и по личному приказу Бенджамина Франклина, с которым состоял в дружеских отношениях, отправился во Францию, чтобы сражаться с англичанами непосредственно в водах Англии. Первое заокеанское плаванье Пола Джонса – первое признание американского флага. Джон Пол Джонс командует объединенной американо-французской эскадрой, которая стоит в Бресте. 24 апреля 1778 г. в Северном проливе (Ирландское море) состоялся морской бой между шлюпом Континентального флота Соединенных Штатов «Ranger» (капитан Джон Пол Джонс) и шлюпом Британского Королевского Флота «Drake» («Дрейк», капитан Джордж Бурдон). Здесь было первое поражение, нанесенное американским кораблем британцам в их собственных водах, и едва ли не единственная в войну за независимость американская победа над Королевским флотом, достигнутая без подавляющего превосходства в силах.