Жесткие действия великих держав привели к тому, что японцы оставили занятые территории. В отместку они усилили контроль над судоходством, задерживая и подвергая досмотру британские и французские суда, а также производя аресты среди пассажиров и членов судовых экипажей. Одновременно 14 июня они установили блокаду британской и французской концессий в Тяньцзине, на территории которых укрылись четверо китайских партизан, убивших одного из местных предателей, сотрудничавших с японцами.
Расширяя блокаду побережья, японские десанты заняли 21 июня порт Сватоу, на следующий день — район возле порта (вместе с городом Чжаочжоу), а 27 июня — крупный портовый город Фучжоу.
Во второй половине июля японцы высадили десант на острове Циньхай (архипелаг Чжусан), в 60 км от устья Янцзы. Тем самым был заблокирован порт Ниньпо у входа в залив Ханьчжоу. Таким образом, практически все китайское побережье было закрыто для морских сообщений с иностранными государствами.
Начало войны в Европе и связанный с этим отвод значительной части сил западных держав с Дальнего Востока развязали Японии руки, которая теперь без помех могла реализовывать свои военно-политические планы. Однако по той же причине операции флота в прибрежной зоне утратили свое прежнее значение.
До конца 1939 года, помимо десанта в районе Бэйхаи (Пакхой), японские войска высадились 11 сентября в Ваньмуне под Кантоном и 8 октября заняли город Шеки (к югу от Макао).
Отдельная флотилия реки Янцзы, которой командовал контр-адмирал Е. Кондо, в связи с расширением плацдарма в Ханькоу была переформирована и усилена. Весной 1939 года в ее состав входили 2 легких крейсера, 11 эсминцев и миноносцев, 6 канонерок, 10―12 тральщиков, до 80 малых десантных судов.
Китайская канонерка «Kiang Yuan»
Китайская канонерка «Сhu Kwan»
Флотилия почти в полном составе принимала участие в японском наступлении на Наньчан, целью которого являлось уничтожение находившихся в этом районе китайских войск (120 тысяч солдат, 74 пушки), занятие железной дороги Наньчан — Ханьчжоу, а также захват Униня и рубежей для последующего наступления на Чаньша. Созданная для этой операции японская группировка войск насчитывала около 110 тысяч солдат, 420 пушек, 117 танков и 200 самолетов.
Операция началась с демонстративной акции флотилии на озере Поянь. 13 марта полк морской пехоты был под прикрытием канонерок перевезен на десантных судах и высажен на западном берегу озера, где в течение трех дней он захватил несколько деревень. 18 марта японские самолеты бомбили остров Учжэнь. Одновременно 2 канонерки и 30 десантных судов безуспешно пытались высадить на него десант.
Тем временем японское командование подтянуло по речным путям к Цзюцзяню подкрепления (101-ю и 106-ю пехотные дивизии) и 17 марта начало штурм Наньчана. 19 марта шли бои за овладение переправами через реку Сюхэ, спустя два дня река японцы форсировали ее в районах Цзингоу и Цзянчань.
В боях за Наньчан активно участвовали морская и полевая авиации. С 21 марта группы по 30―40 самолетов ежедневно бомбили район Унинь — Хаоан — Наньчан.
После недели ожесточенных боев 27 марта Наньчан пал. В тот же день десантные подразделения, при поддержке речной флотилии и авиации, захватили остров Учжэнь. Затем японские корабли перешли к Наньчану (4 апреля), а после ликвидации преграды (затопленные джонки, нагруженные камнями) прошли в устье реки Ганьцзян. Продолжая наступление, японцы 29 марта захватили Унинь и 2 апреля — Хаоань.
Дальнейшее наступление с этого рубежа на Чаньша остановило контрнаступление китайцев в конце апреля. Оно привело к освобождению Хаоаня и закончилось на подступах к Наньчану. Японские потери составили 6300 убитых и около 30 тысяч раненых.
Действия японских морских сил в битве за Наньчан (13 марта — 3 апреля 1939 года)
Тем не менее, японское командование не оставило планов наступления на Чаньша, важный железнодорожный, шоссейный и речной узел (река Сянцзян). Его захват открывал дорогу в южные провинции Китая — Хунань и Гуанси. Поэтому с июня 1939 г. в Ханькоу началось сосредоточение войск для будущей операции. Одновременно на озере Донтинь собирались десантные суда. К середине августа в районе Ичжоу — Наньчан для наступления на Чаньша была создана группировка войск численностью 180 тысяч солдат, более 100 танков и 200 самолетов.
Используя высокий уровень воды (с 28 августа), главные силы японской флотилии вошли в озеро Донтинь и в реку Сянцзян. Они должны были поддерживать правый фланг своих войск, наступающих из района Донтинь и высадить десант морской пехоты для захвата Инцзяня.
С 19 августа японская авиация начала налеты на китайские аэродромы в районе Ицзяь — Чуньцзинь. При этом японцы потеряли 10 бомбардировщиков, сбитых советскими летчиками-истребителями (50 машин типа И-15бис и И-16; командир авиагруппы майор С. Супрун).
Завершив подготовку, 6 сентября японцы начали проведение демонстрационных акций к югу и к западу от Наньчана, создавая видимость генерального наступления в этом районе, тогда как настоящее наступление началось только 23 сентября.
Под прикрытием авиации и корабельной артиллерии был высажен десант на восточном берегу озера Донтинь, одновременно две пехотные дивизии форсировали Сянцзянь к югу от Ичжоу и Тунчженя. В ночь с 23 на 24 сентября был высажен второй десант, в 25 километрах на юго-запад от Ичжоу (3-я пехотная дивизия и батальон морской пехоты), который овладел Инцзянем.
На следующий день японская авиация бомбила позиции у реки Милоцзянь, на рубеж которой японские части вышли вечером того же дня. 26 сентября подразделения 3-й дивизии, которые высадились на восточном берегу озера Донтинь, обошли левый фланг китайской обороны, а в следующий день морская пехота зашла в тыл китайских войск.
Одновременно, благодаря подъему уровня воды, японские корабли вошли в южную часть озера Донтинь (5 канонерок, до 30 десантных судов), пытаясь высадить десант, но китайская батарея потопила несколько десантных судов и заставила японцев отойти.
Вечером 27 сентября японцы форсировали Милоцзянь и под прикрытием своей авиации, наносившей непрерывные бомбово-штурмовые удары, к вечеру 29 сентября вышли на рубеж, находившийся в 18 километрах от Чаньша. На следующий день японские корабли с озера Донтинь обстреляли китайские позиции, тогда как авиация бомбила Чаньша и его окрестности.
Однако наступление стало терять темп из-за нараставшего сопротивления китайцев и все более серьезных перебоев в снабжении. Причиной тому были контратаки китайцев. Используя авиацию и артиллерию из резерва верховного командования, они сумели перерезать японские коммуникации.
1 октября японцы начали отступать. Их корабли ушли из озера Донтинь (из-за того, что уровень воды стал понижаться) и отошли от Наньчана. Преследуя отступающего противника, китайские войска окружили и уничтожили часть японских войск в районе Дуньчень.
Китайская речная канонерка «Yung Hsiang»
К 10 октября линия фронта вернулась в то состояние, каким оно было до начала операции. Японцы потеряли 25―30 тысяч человек убитыми и ранеными; были потоплены более 20 десантных судов.
Однако китайская армия не продолжила преследование серьезно ослабленного противника. Вместо этого в октябре с фронта были сняты 8 дивизий и переброшены в провинцию Шэньси для борьбы с партизанами-коммунистами.
Перенос военных действий на юг Китая был осуществлен в соответствии с приказом японского генерального штаба от 24 апреля 1939 года об активизации южного направления.