Во все подразделения штаба Верховного главнокомандующего тут же пришли комиссары. К начальникам контрразведывательной части и контрразведывательного отделения Ставки назначен был комиссаром старший унтер-офицер большевик И. Кудрявцев. Он организовал Исполнительный комитет из служащих и солдат КРЧ и КРО и начал проводить «чистку» контрразведывательных органов от «ненадежных» элементов. В принципе, то же самое делалось при Временном правительстве — только теперь подход был с иных, «пролетарских» позиций. Естественно, профессионализм и в данном случае во внимание не принимался.
Тем временем Революционный комитет Ставки осуществлял «демократизацию» и сокращение личного состава всей воюющей армии — разумеется, как заведено в России, без всяких расчетов и обоснований. Так, директивой от 3 декабря предписывалось уменьшить численность органов военной контрразведки на 15 процентов (а почему именно так?), расформировать пункты контрразведки в отводимых в тыл корпусах, закрыть фронтовые школы по подготовке оперативного состава — так называемых «наблюдателей».
Как же тут не вспомнить знаменитое ленинское «Кому выгодно?»! Понятно, когда новая власть закрывает элитное Николаевское кавалерийское училище, готовившее дворянских юношей для офицерской службы в полках гвардейской кавалерии, — но ведь школы, где проверенных и обстрелянных фронтовиков обучали для контрразведывательной деятельности, были нужны и новому режиму! Вряд ли необходимо это было объяснять большевикам, обладавшим громадным опытом подпольной работы. Но, увы… Кому выгодно?!
На фронтах же, под руководством соответствующих военно-революционных комитетов, шла вакханалия «реформирования» фронтовых и армейских органов контрразведки. Все происходило стихийно, импульсивно, эмоции нередко перехлестывали грань здравого смысла. Так, на прикрывавшем подступы к Петрограду Северном фронте, где влияние большевиков было наиболее значительным, всё произошло быстро и решительно: 19 ноября на общем собрании наблюдателей тайным голосованием был избран исполнительный комитет, принявший руководство отделением. Выборный орган, осуществляющий коллективное руководство столь «интимным» делом, как контрразведывательная работа — такое и в кошмарном сне не приснится! Но, «Vae victis!» — «Горе побежденным!». Исполком отстранил нескольких «контрреволюционных» руководящих сотрудников, арестовал начальника отделения поручика Лодыгина и избрал комиссаром КРО младшего наблюдателя М. Л. Загера.
Впрочем, эти преобразования можно считать «мышиной возней», так как в те же самые дни Военно-революционным комитетом Северного фронта была создана комиссия для расследования деятельности контрразведывательного отделения в дооктябрьский период — а там, соответственно, было что припомнить. На основании выводов этой комиссии председатель ВРК матрос В. Н. Панюшкин ходатайствовал перед Крыленко о ликвидации контрразведывательного отделения Северного фронта как «вредного и ненужного учреждения». Этот вывод делался без учета результатов контрразведывательной работы и на том основании, что при Временном правительстве КРО преследовало большевиков. Крыленко, имевший богатый опыт подпольной работы, несколько раз арестовывавшийся, побывавший в тюрьме (в последний раз — за уклонение от военной службы), в ссылке и в эмиграции, а затем год проведший на фронте, с этим охотно согласился. 6 декабря генерал-квартирмейстер Ставки распорядился о ликвидации КРО, а также корпусных контрразведывательных подразделений. Все остальные, «местные» контрразведывательные органы, им подчиненные, переходили в ведение штаба недолго просуществовавшего Двинского военного округа. Контрразведка фронта, прикрывавшего немцам путь на Петроград, фактически уничтожалась.
Между тем новая власть не то совершенствовала свои структуры, не то плодила бюрократию, — как раз в эти дни было организовано Управление делами Северного фронта во главе с комиссаром Б. П. Позерном. Заслушав мнение руководителей КРО, он создал свою комиссию, которая подтвердила необходимость борьбы со шпионажем в полосе фронта — и отделение продолжало работу тем же обновленным после реформирования составом.