Действительно, впоследствии выяснилось, что бывшие генералы — начальник ВГШ Н. Н. Стогов и начальник Оперативного управления ВГШ С. А. Кузнецов — принадлежали к антисоветской организации «Национальный центр», ликвидированной осенью 1919 года. Кузнецов был расстрелян, Стогову удалось бежать, он воевал у Деникина и Врангеля и умер в Париже в 1959 году…
И всё же контрразведывательные службы продолжали свою деятельность, следуя курсом, определенным июльским межведомственным совещанием. Более того, патриотически настроенные военспецы не просто стремились к совместной работе существующих спецслужб, но и считали необходимым создание единой системы для обеспечения безопасности государства — чтобы «ни одна пядь земли не оставалась бы без агентурного наблюдения». Для этого было необходимо поступаться ведомственными интересами. В частности, контрразведчики ВВС стали налаживать контакты с Регистрационной службой ВГШ — органом, руководившим борьбой с иностранным шпионажем в масштабах всего государства. 10 июля ВВС сообщил на места о переименовании своих «отделений по борьбе со шпионством» в «регистрационные отделения» штабов отрядов завесы — то есть контрразведка завесы признавалась составной частью Регистрационной службы Всероглавштаба. После этого была выстроена структура контрразведывательных органов: с 22 июля на каждом пропускном пункте, где местные жители проходили через демаркационную линию, был создан «пост Регистрационной службы» для контрразведывательной работы, а в августе регистрационные отделения штабов отрядов были подчинены соответствующим отделениям штабов участков завесы. Вдоль границы, предусмотренной Брестским договором, создавалась контрразведывательная сеть, позволявшая вести борьбу с австро-германской агентурой. Но, к сожалению, единства действий органов, составляющих эту сеть, добиться не удалось. Руководство ВВС давало на места указания по вопросам организации штатов, финансам и порядку взаимоотношений, тогда как в принятии решений оперативного плана руководители отделений были независимы от центра, а их деятельностью руководили реввоенсоветы на местах. Многое зависело от того, насколько руководителям отделений удавалось наладить отношения с местными Советами, ЧК, милицией и т. п.
И опять тот же «рецидив» 1917 года, когда контрразведывательные органы все свое внимание сосредоточивали на «враге внешнем», германцах и австрийцах, а с предательством в войсках боролись слабо. Более того, в числе перебежавших на сторону белогвардейцев были и сотрудники контрразведки: такое произошло на Восточном и Южном фронтах, в Москве, Петрограде, Вологде, Тамбове и ряде других городов. Поэтому контрразведчикам ВВС — бывшим офицерам — комиссары Наркомвоена не слишком-то доверяли…
«Восьмого июля, по распоряжению военного комиссара Северного района и Петроградского участка завесы, по обвинению в контрреволюционной деятельности были арестованы руководители секретных служб, в том числе начальник регистрационного отделения Гредингер, а отделения разведки и контрразведки были опечатаны, работа в них прекращена. Этот факт был должным образом оценен местным военным руководством: в телеграмме военрука Д. П. Парского и комиссара Глезарова в ВВС содержалась развернутая мотивировка необходимости по-новому решать вопросы организации контрразведывательной службы в РККА. Военный и политический руководители участка утверждали, что открыть отделения разведки и контрразведки даже с новым личным составом практически невозможно. По их мнению, дело не столько в том, что нет подготовленных к такой деятельности работников Генштаба, а в том, что “при сложившейся современной политической обстановке поручиться ни за кого нельзя”. В телеграмме признавалось, что в своей деятельности регистрационное отделение участка постоянно испытывало затруднения именно из-за недоверия в войсках к его работникам. Отсюда делался вывод о необходимости упразднения регистрационного отделения штаба участка, с передачей его функций местным чрезвычайным органам. Авторы телеграммы утверждали: “политическая и военная регистратуры при настоящих политических условиях в стране так близко соприкасаются, что не могут не мешать друг другу и не вызывать взаимных недоразумений”.