В 1995 году в Елисейский дворец пришел правый голлист, сторонник «жесткого курса» Жак Ширак. Показательно, что своим советником по африканским делам Ширак снова назначил Жака Фоккара — творца постколониальной политики Франции в Африке. Фок- кар умер 19 марта 1997 года, и многие посчитали, что его смерть знаменовала конец эпохи Françafrique. К тому же военно-политический ландшафт в Африке к этому моменту серьезно изменился к этому времени, закончилась «холодная война». Великие державы прекратили противостояние на континенте, предоставив бывших подопечных самим себе, что геометрически увеличило количество и масштаб африканских вооруженных конфликтов. Франция начала тяготиться ролью «африканского пожарного». И катализатором этого процесса стала гражданская война в Руанде (1990-1994), участие в которой французской армии подверглось жесточайшей критике мирового сообщества.
Давнее противостояние руандийских народностей тутси (меньшинство) и хуту (большинство) вылилось в гражданскую войну. 1 октября 1990 года отряды Руандийского патриотического фронта (РПФ), в котором тутси составляли большинство, вторглись в страну при поддержке армии соседней Уганды. В трехдневном сражении они были остановлены численно превосходящими частями регулярной армии Руанды (хуту), которых поддержали французские боевые вертолеты. Кроме того, на их стороне сражались несколько сотен бойцов элитной Специальной президентской дивизии заирского диктатора Мобуту.
Франция, чтобы поддержать своего союзника руандийского президента Жювеналя Абьариману, начала операцию Noroît, перебросив из ЦАР две роты 8-го полка морской пехоты (125 военнослужащих), позже к ним присоединились подразделения 2-го парашютного полка Иностранного легиона, 3-го парашютного полка морской пехоты и 13-го парашютного драгунского полка. Они заняли позиции в столице страны Кигали и международном аэропорту. Кроме того, армия Руанды получила артиллерийские орудия, минометы и другое вооружение. Бывшая метрополия Бельгия также начала было оказывать военную помощь, но быстро свернула ее на фоне разгорающейся гражданской войны.
7 октября правительственные войска начали полномасштабную контратаку. Повстанцы организованно отступили под руководством будущего президента Руанды майора Поля Кагаме в леса Национального парка Акаге- ра. В последовавшей за этим партизанской войне регулярная армия не смогла добиться решающего успеха. Было заключено несколько соглашений о перемирии, но все они нарушались. Хрупкое равновесие установилось к февралю 1994 года. Годом раньше Франция свернула операцию Noroît, уступив место ооновской миссии UNAMIR (United Nations Assistance Mission for Rwanda).
Но 6 апреля 1994 года самолет президента Абьариманы, который возвращался с переговоров в Дар-эс-Саламе, был сбит. Это стало сигналом для массовых убийств тутси отрядами ополчения хуту Interahamwe и армейскими подразделениями. Жертвами геноцида стали и некоторые хуту. Всего погибло, по разным данным, до миллиона человек. Бельгия вывела свои войска, входившие в UNAMIR, остальные миротворцы занимались только охраной и эвакуацией европейцев и не пытались предотвратить массовые убийства, которые происходили прямо на их глазах. С 8 по 14 апреля французы провели операцию Amaryllis по вывозу 1,5 тысяч европейцев.
Уже 7 апреля отряды РПФ возобновили наступление. После трех месяцев ожесточенных боев они разгромили противника. 4 июля войска РПФ вошли в Кигали. Повстанцы взяли под контроль практически всю страну, когда в ситуацию вновь вмешалась французская армия, начав операцию Turquoise, которая получила мандат Совета безопасности ООН. В контингент вошли подразделения 13-й полубригады, 2-го пехотного и 6-го инженерного полков Иностранного легиона, 2-я батарея 35-го парашютного артиллерийского полка, 3я батарея 11-го артиллерийского полка морской пехоты, по роте от 2-го парашютного и 3-го пехотного полка морской пехоты, бронекавалерийский полк морской пехоты, эскадрон 9-й бригады легкой бронетехники морской пехоты. Группировка сил специальных операций состояла из 150 бойцов 1-го парашютного полка морской пехоты, коммандос ВМС Франции (Commando Trepel), 10-го парашютного коммандо, 13-го парашютного драгунского полка, группы парашютистов- коммандос Командования специальных операций, а также спецназа Национальной жандармерии.