В 1807—1809 годы — генерал-губернатор Ганзейских городов в Германии. В войне с Австрией 1809 года командовал 9-м (саксонским) корпусом Великой армии и снова проявил себя не лучшим образом, а в решающем сражении этой кампании — при Ваграме (5—6 июля 1809 года) — вообще действовал крайне неудачно. Тем не менее это не помешало Бернадоту в целях саморекламы в приказе по корпусу объявить своих саксонцев, которые на одном из этапов сражения позорно бежали с поля боя, а заодно и себя, чуть ли не героями битвы. Узнав об этом, Наполеон пришел в ярость и публично отчитал Бернадота за нескромность и очковтирательство, а его корпус приказал расформировать. Лишенный командования маршал покинул армию и уехал в Париж.
В конце лета 1809 года французское правительство поручило Бернадоту сформировать и возглавить 30-тысячную Северную армию, предназначавшуюся для разгрома высаженного англичанами в Голландию крупного десанта. Однако Бернадоту (вступил в командование 15 августа 1809 года) не довелось проявить себя и здесь: англичане начали эвакуацию еще до подхода возглавляемой им армии. Как только опасность миновала, Наполеон в сентябре 1809 года сместил Бернадота с поста командующего армией и послал его генерал-губернатором в Рим (1810).
Пробыв в Риме несколько месяцев, маршал подал в отставку, которая Наполеоном была сразу же принята. Этому событию предшествовали следующие обстоятельства. В 1806 году войска Бернадота захватили в плен до 1,5 тыс. шведов. Рыцарское отношение к пленникам и их последующее быстрое освобождение Бернадотом очаровали шведов и принесли последнему большую популярность в Швеции. Это сыграло решающую роль в решении шведского парламента об избрании Бернадота наследником шведского престола при бездетном и безнадежно больном шведском короле Карле XIII. Наполеон, хотя и не был доволен таким выбором шведов, тем не менее не стал препятствовать отъезду своего маршала в Швецию, но сначала он приказал ему оставить французскую службу.
Вообще-то это было довольно странное соглашение для обеих сторон. Оно было инициировано шведами, стремившимися таким образом угодить всемогущему Наполеону (истинные отношения между французским императором и его маршалом оказались вне поля зрения шведов) и в благодарность за это рассчитывавших избежать нависшей над Швецией угрозы присоединения к континентальной блокаде, грозившей ей разорением. Наполеон же надеялся, что, отпуская своего маршала в Швецию, он приобретет очередного послушного вассала. Ни одна из этих надежд не оправдалась. Хотя вызванный к императору перед отъездом в Швецию Бернадот и отказался дать ему обязательство никогда не поднимать оружия против Франции, но вынужден был подчиниться категоричному требованию Наполеона сразу же присоединиться к континентальной блокаде и объявить войну Англии, что шло вразрез с национальными интересами его нового отечества.
По прибытии в Стокгольм бывший якобинец перешел в лютеранство, был усыновлен шведским королем под именем Карла Юхана, назначен регентом королевства и фактически с этого времени (1810) стал управлять страной.
В 1812 году Наполеон, обвинив Швецию в нарушении условий континентальной блокады, захватил шведскую Померанию. В ответ на это Бернадот 24 марта (5 апреля) 1812 года заключил союз с Россией, направленный против Наполеона.
После оставления французами Москвы он разорвал с Наполеоном дипломатические отношения (октябрь 1812), а весной 1813 года присоединился к 6-й антифранцузской коалиции, образовавшейся после поражения Наполеона в России.
В мае 1813 года 30-тысячная шведская армия в главе с Бернадотом высадилась в Померании. После Плесвицкого перемирия Бернадот возглавил Северную армию союзников численностью свыше 100 тыс. человек (июль 1813 года).
Однако действия Бернадота в кампании 1813 года носили недостаточно решительный характер, он явно уклонялся от решительных столкновений с французами. Сражения при Гросс-Беерене [11 (23) августа 1813 года] и Денневице [25 августа (6 сентября) 1813 года], в которых войска Северной армии последовательно разгромили армии маршалов Н. Удино и М. Нея, были выиграны не благодаря усилиям Бернадота, а скорее вопреки. Главную роль в этом сыграли прусские войска, а также бегство с поля сражения саксонцев, не пожелавших сражаться против своего бывшего начальника, пользовавшегося среди них большой популярностью. То же самое произошло и в «битве народов» под Лейпцигом [4—7 (16—19) октября 1813 года], когда саксонские войска в самый разгар сражения неожиданно изменили Наполеону и повернули оружие против французов.