Таким образом, исходом русско-турецкой войны 1806–1812 годов, несмотря на успешное задействование в ней помимо армейских, немалых сил военной речной флотилии, зачастую бравших на себя армейские функции, стали не только скромные территориальные приобретения вместо планируемого укрепления России, а, наоборот, вынужденное ослабление ее военных сил на направлении главного удара опасного противника. Две армии М.Б. Барклая де Толли и П.И. Багратиона не могли сдержать полумиллионную армию Наполеона, наступавшую с западного направления. Это привело к тяжелым поражениям в начавшейся летом 1812 года Отечественной войне, последствием которых стала сдача Москвы и поставивших государство на грань катастрофы.
Дунайская военная флотилия после окончания весной 1812 года русско-турецкой войны продолжила свое существование в составе Дунайской армии, и потому ее надо было продолжать обеспечивать провизией и другим необходимым имуществом[167]. Флотилия использовалась для перевозки не только имущества войск, но и их личного состава, возвращавшегося из так и не доставшихся России Молдавии и Валахии. Местом базирования флотилии вплоть до Крымской войны стал Измаил. На зимовку ее планировалось отправить в Репиду или в Килию[168].
В 1813–1814 годах рассматривался вопрос о сокращении численности Дунайской флотилии, которой командовал теперь уже капитан 1 ранга Попандопуло до сорока единиц судов, необходимых для защиты дунайского региона[169]. Это обуславливалось тем, что на ее содержание уходило много средств, а в них нуждалась армия, совершавшая освободительный поход в Европу и западные земли России, пострадавшие от наполеоновского нашествия.
По вопросу сокращения флотилии Попандопуло составил ведомость, сколько и где надо оставить судов, в частности на реке Прут и у Исакчи — по одному судну, в крейсерстве от Прута до Измаила — три судна, на брандвахте у Измаила — четыре судна, в крейсерстве от Измаила до Кислиц — два судна, при Шонде — одно судно, на брандвахте в Кислицах — одно судно, на брандвахте в Килие — три судна, в крейсерстве от Килии до Килийского гирла — два судна, при Килийском гирле — двенадцать судов, на брандвахте при Саламанте — два судна и плавбатарею, в крейсерстве от Килийского гирла до Черного моря — три судна, в устье Днестра — два судна и в крейсерстве при Дубоссарах тоже два судна, итого получалось сорок судов[170]. В итоге на 14 января 1813 года в Дунайской флотилии насчитывалось 82 судна, которыми были плавбатрея, семь кирлашей, 21 канонерская лодка, две казачьих лодки, восемнадцать галацких баркасов, четыре военных баркаса, 23 черноморских баркаса, по три бригантины и транспорта[171]. Как видно предстояло сократить численность судов флотилии на половину.
Сокращение численности кораблей флотилии было обусловлено следующими факторами. Первый фактор — экономический, о котором было сказано ранее. Данный фактор обуславливался не только собственно количеством средств тратящихся на флотилию, но и трудностью ее снабжения ввиду того, что место ее базирования находилось далеко от крупных городов и военно-морских баз флота.
Другим фактором было нежелание давать повод для очередной войны с Турцией. И русско-турецкая война 1806–1812 годов, и Отечественная война 1812 года привели Россию практически к полной экономической катастрофе. Содержание крупного речного военного соединения на границе с Турцией вызывало у османского руководства подозрения в том, что может готовиться новая война, что невольно создавало напряженную внешнеполитическую обстановку. Об этом свидетельствуют следующие данные. Согласно рапорту командующего Дунайской флотилией капитана 1 ранга Попандопуло на имя командующего Черноморским флотом вице-адмирала Языкова, написанного в 1815 году, была указана необходимость усилить Дунайскую флотилию в связи с тем, что по данным генерал-лейтенанта Рудзевича турки начали военные приготовления для очередной войны с Россией, выражавшиеся в подготовке, как сухопутных сил, так и усилении турецкой речной флотилии на Дунае[172]. На указанный период Дунайская флотилия состояла из 26 военных судов, плавбатареи и четырех кирлашей, все они находились в очень ветхом состоянии, поэтому согласно рапорту от 8 мая 1815 года капитан-командора флотилия была усилена тремя баркасами и пятью канонерскими лодками, а в июне еще девятнадцатью канонерскими баркасами[173].