Одновременно с описываемыми событиями, уже в конце июля 1828 года началось приготовление к осаде крепости Силистрия (Доростол), которую еще в X веке осаждал внук легендарного Рюрика киевский князь Святослав Игоревич. В этом нет ничего удивительного, так как и спустя тысячу лет этот дунайский форпост не утратил своего стратегического значения. На острове в центре Дуная недалеко от этой крепости была организована база для войск, которые готовились к штурму, рядом с этим островом было устье реки Борщ. Справа от крепости были расположены позиции батарей российских войск, и скоро начались артиллерийские дуэли между турецким гарнизоном крепости и расчетами орудий русских войск.
Ввиду болезни командующего флотилией контр-адмирала Завадовского командование флотилией было поручено капитану 1 ранга Патанийоти, который подключил Дунайскую флотилию к осадным действиям, которая пополнилась еще восемью российскими канонерками, в результате их число увеличилось до 23. Также флотилия пополнилась пятью трофейными турецкими канонерками, а численность транспортов достигло шести[237]. Вскоре, 4 августа 1828 года Дунайская флотилия, вступила в бой с гарнизоном крепости, начав обстреливать его судовыми орудиями, до этого личный состав флотилии успел выгрузить ядра, картечь и другие боеприпасы на пристань для прибрежной батареи[238]. На следующий день четыре канонерки блокировали на некоторое время крепость с севера. Такие беспокоящие боевые действия длились до сентября 1828 года, когда суда флотилии взялись за перевозку войск 6-го корпуса к Силистрии, продолжавшейся с 9 по 17 сентября[239].
17 сентября 1828 года произошел тяжелый бой между войсками, корпуса, береговой батареей, судами флотилии и гарнизоном крепости, что привело к настоящей осаде и блокаде Силистрии[240]. Через два дня, 20 сентября флотилия перевезла для подкрепления осаждавших солдат Копорского полка, а от крепости приняла израсходовавших свои силы солдат Нарвского полка, которые были там с августа, а через пять дней суда флотилии, вновь приняли участие в очередной попытке штурма крепости[241].
Через месяц, 12 октября 1828 года, к Дунайской флотилии, находившейся на рейде у Силистрии, присоединились пять турецких трофейных судов и баркас. Спустя пять дней, 17 октября, флотилия отправила к Браилову иол, к которому там присоединился призовой турецкий шалуп. В итоге к 19 октября 1828 года у флотилии насчитывалось двадцать две канонерские лодки, по десять единиц иолов и транспортов, восемь пленных турецких судов и баркас[242]. В последующие дни 20 и 22 октября произошли ожесточенные бои между судами флотилии, береговыми батареями и турецкой крепостью, через пять дней, с 27 октября по 1 ноября, флотилия вновь занималась переброской войск к крепости, так как постоянно требовались подкрепления для штурмующих ее сил[243].
К сожалению, зима в 1828 году наступила рано — в октябре. Видя, что до больших холодов эту крепость взять не удалось, в ноябре было принято решение ее штурм отложить до весны. Контр-адмирал Завадовский начал готовить Дунайскую флотилию к переводу на зимовку в Измаил. По пути к нему флотилия делала остановки у Гирсова, Браилова, Галаца и Исакчи для пополнения запасов пищи и воды. На зимовку к Измаилу флотилия прибыла в составе двадцати четырех канонерок, восьми иолов и транспорта, к этому времени за неудачи при Силистрии контр-адмирал Завадовский был понижен в звании до капитана 1 ранга[244].
В Измаиле для будущей кампании суда флотилии были разделены на три эскадры, в 1-й эскадре было восемь канонерок, три иола, во 2-й эскадре — девять канонерок, пять иолов и транспорт, в 3-й — семь канонерок[245]. Следует отметить, что к осени 1828 года не удалось взять расположенную в Болгарии крепость Шумла, в которую лишь удалось загнать часть турецких войск, потесненных в битве у реки Буланлык[246]. В итоге, несмотря на гораздо более успешные действия корпуса Паскевича на Кавказе, чем 2-й Молдавской армии Витгенштейна, война, которую планировали закончить к осени 1828 года, затянулась еще на год.