События Крымской войны и роль в ней Дунайской флотилии основательно описаны в работе генерал-лейтенанта М.И. Богдановича «Восточная война 1853–1856 годов». В ней подробно повествуется о вкладе Дунайской флотилии в кампанию 1854 года, действия ее кораблей при организации переправ через Дунай, их боевое применение в сражениях у Браилова и Галаца, при осаде крепостей Тульчи, Силистрии.
Дореволюционными работами, где анализируется деятельность Дунайской флотилии в ходе русско-турецкой войны 1877–1878 годов, являются «Об участии моряков в войне с Турцией 1877–1878 гг.» и «Русско-турецкая война за свободу славян за Дунаем и за Кавказом». В них повествуется о первой торпедной атаке проведенной кораблями Дунайской флотилии против турецких речных кораблей, а также о содействии армейским силам в ходе боевых действий в придунайских районах.
Отдельно следует отметить написанные в конце XIX века работы известного историка флота Ф.Ф. Веселаго по истории российского Военно-Морского Флота — «Краткая история русского флота» и «Очерк русской морской истории». В «Краткой истории русского флота» полностью раскрыт процесс истории и развития русского флота от Древней Руси до воцарения Николая I. В данной работе также поднимается тема боевого применения военных речных флотилий в ходе русско-турецких войн, начиная от петровского периода и до правления Александра I включительно. В «Очерке русской морской истории» показан процесс создания российского регулярного военно-морского флота при Петре I. Применительно к исследуемой теме в нем рассмотрено создание и боевое применение речных флотилий в ходе Азовского похода 1696 года и Каспийского похода 1722–1723 годов.
Историография изучаемой проблемы начала XX века представлена фундаментальными работами крупных военных и военно-морских исследователей, таких как исследование генерал-лейтенанта А.К. Баиова «Русская армия в царствование императрицы Анны Иоанновны», научные труды П.И. Белавенца «Очаков» и Н. Епанчина «Очерк похода 1829 г. в Европейской Турции».
Отдельного внимания заслуживает исследование Н.Д. Каллистова «Русский флот и двенадцатый год». В нем подробно описан деятельность и вклад в победу российских войск в Прибалтике речных военных флотилий созданных и действовавших на реках Западная Двина и Аа в ходе Отечественной войны 1812 года.
Советская историография изучаемого вопроса довоенного периода представлена работа Е.В. Тарле «Крымская война», в которой детально показаны причины, обстоятельства и ход начального периода Крымской войны, когда успешно проявила себя Дунайская военная флотилия. В этой работе частично показана деятельность Дунайской флотилии в ходе кампании 1853–1854 годов. К научным работам, касающихся темы боевого применения речных флотилий довоенного периода, относятся следующие исследования. Работа генерала от инфантерии А.М. Зайончковского «Мировая война. Маневренный период 1914–1915 годов на русском (европейском) театре», повествует о боевых действиях на приречных флангах в бассейне рек Припять и Днепр, также в ней приведен анализ проблем возникших вследствие отсутствия там российских военных речных флотилий. Аналогичным вопросам посвящены работы Г.К. Королькова «Форсирование реки Вислы армейским корпусом» и «Форсирование рек пехотной дивизией».
В работе Ю.А. Степанова «Минирование реки Западной Двины 1916–1917» изложены последствия отсутствия на этой реке военной речной флотилии и напрямую приходят аналогии с Отечественной войной 1812 года, когда там была и активно действовала речная военная флотилия в отличие от кампании на Западной Двине в годы Первой мировой войны. Надо отметить, что в 1812 году, Двинская военная флотилия выполнила поставленные командованием задачи, в результате чего кампания окончилась удачно, в отличие от периода 1916–1917 годов, когда флотилия в данном районе не была создана, что и привело к возникновению указанных проблемам.
Послевоенная историография изучаемой проблемы включает в себя такой фундаментальный труд как «Боевая летопись русского флота», написанный под редакцией Н.В. Новикова и изданный Институтом истории Академии наук СССР, в котором глубоко изложено становление и развитие российского регулярного Военно-Морского Флота в дореволюционный период. В нем подробно изложена история русского флота от Древней Руси до окончания Первой мировой войны, приведены краткие описания действий речных военных флотилий, начиная от Азовского и Каспийского походов Петровской эпохи, русско-турецких войн от периода правления Анны Иоанновны и Екатерины II, заканчивая русско-турецкими войнами XIX века и Первой мировой войной. Однако в этой работе ничего не сказано о деятельности Амурской флотилии в ходе русско-японской войны и последующий дореволюционный период.