Кампания 1854 года для Дунайской флотилии началась в феврале месяце с подготовки переправы с левого берега Дуная на правый, в районе Браилова и Галаца, когда сошёл лёд[338]. Для обеспечения безопасности переправы со стороны моря контр-адмирал Мессер получил приказ затопить у входа в Георгиевское гирло (гирло — рукав реки Дунай — авт.) несколько негодных судов. Находившееся рядом Сулинское гирло было решено перекрыть цепью. Переправа готовилась для дальнейшего движения русской армии к крепости Силистрия с целью овладения ею и дальнейшего закрепления позиций в Дунайском регионе. Для переправы было приготовлено пятьдесят четыре парома и шесть судов в Галаце и еще шесть малых судов в Браилове[339].
Переправа осуществлялась в течение всего марта 1854 года. 10–11 марта её проводили в районе Галаца 6 гребных канонерских лодок под командованием капитана 1-го ранга Бернарда-де-Граве. Заняв позицию у Мачина, его отряд подавил огнем турецкие береговые батареи и дал возможность сухопутным войскам переправиться на другой берег[340]. Далее переправа проводилась 22–23 марта при поддержке артиллерийским огнем орудий кораблей флотилии, ведущих огонь по береговым батареям противника в районе Мачина. Позиции противника, куда планировалось высадить десант, также обстреливались канонерскими лодками флотилии. Пароход «Прут» содействовал наведению моста через Дунай, перевозил войска и буксировал транспортные суда с войсками вверх по течению реки[341]. Пароход «Ординарец» после установки на нем шести орудий «Единорог» также как и канонерки, вёл огонь по противнику.
Для переправы войск в нижнем течении Дуная было привлечено 147 больших гребных лодок и еще четыре парома[342]. На момент переправы туда были переброшены пятнадцать канонерских лодок Дунайской флотилии. 23 марта 1854 года эти боевые корабли открыли огонь по турецким войскам, что позволило переправиться десанту на неприятельский берег практически без потерь. Далее частям Русской армии удалось овладеть Тульчей и Сомовым гирлом. Это позволило вывести войска на необходимые рубежи для развития наступления на крепость Силистрию, расположенную на территории Болгарии. Во времена существования Византийской империи Болгария входила в ее состав, и когда после падения Византии в XV веке, ее территория оказалась под турецким гнетом, Болгария тоже оказалась под османским игом.
Осада древней дунайской крепости Силистрии, где ещё в X веке проходили сражения между русским войском, возглавляемым Киевским князем Святославом, и византийской армией, началась в конце марта 1854 года. Руководил осадой известный российский полководец, генерал-фельдмаршал И.Ф. Паскевич. 13 апреля 1854 года солдаты Егерского полка захватили позиции на дунайских островах Голый и Гоппа откуда вместе с экипажами канонерских лодок открыли огонь по Силистрии. 30 апреля суда Дунайской флотилии содействовали занятию острова Салани для усиления обстрела крепости[343]. Активные боевые действия против турецкого гарнизона крепости начались в мае. Они продолжались до 9 июня 1854 года, когда был получен приказ императора Николая I о снятии осады Силистрии. Войска, уже занявшие свои позиции у крепостных стен для решающего штурма, были вынуждены их покинуть. Через три дня они были переправлены на левый берег Дуная.
Такой исход событий был связан с тем, что ещё в апреле 1854 года Австрия стала вынуждать Россию вывести войска с Дунайского театра военных действий. В противном случае Австрия угрожала выступить на стороне Турции. Это был довольно интересный политический шаг, мало того, что за шесть лет до этого Россия помогла австрийскому правительству подавить венгерскую революцию 1848 года, так и сама Австрия несколько раз становилась жертвой турецкой агрессии. Поэтому такой шаг австрийского правительства заставил российского императора осознать, что против него ополчилась вся Европа.
В итоге, несмотря на возможность взять Силистрию император Николай I отдал в июне приказ русским войскам на постепенное отступление. Сначала они переправились на левый берег Дуная, затем отступили к Фокшанам, куда также направлялись русские соединения, покидающие Будапешт. Далее все они отошли в Браилов, откуда были переправлены в Измаил. К декабрю 1854 года закончились боевые действия русской армии на Дунайском театре, а Дунайская флотилия была расформирована ввиду отсутствия необходимости её дальнейшего существования.