Фундаментальными исследованиями, касающимися изучаемой темы, являются работы Е.В. Тарле «Экспедиция русского флота в Архипелаг в 1769–1774 гг.» и указанная выше «Крымская война», переизданная в силу своей актуальности в послевоенное время. В исследовании «Экспедиция русского флота в Архипелаг в 1769–1774 гг.» подробно анализируются не только причины указанной первой русско-турецкой войны Екатерининской эпохи, но и действия флота и Дунайской флотилии в ходе нее.
В работе В.П. Лысцова «Персидский поход Петра I 1722–1723» подобно рассказано о создании Каспийской флотилии, ее участие в Каспийском походе Петра для завоевания Дагестана и выхода к Каспийскому морю. В работах А.И. Сорокина «Русско-японская война 1904–1905 гг.» и коллективном труде «Краснознаменная Амурская флотилия», повествуется о создании Амурской флотилии и ее деятельности в период русско-японской войны.
Отдельно надо отметить фундаментальное исследование «Флот в Первой мировой войне», написанное под редакцией Н.Б. Павловича. В нем подробно исследуется деятельность всех соединений Российского Военно-Морского Флота в указанный период, включая Дунайскую флотилию. В частности в этом труде подробно описывается ее боевая деятельность в Первой мировой войне, сложный состав флотилии — из морских и речных кораблей действовавших соответственно на морском и речном театре и ее расформирование после Октябрьской революции.
Советская историография проблемы боевого применения российских военных речных флотилий 1970–1980-х годов представлена следующими работами. Прежде всего, это работа Н.И. Беляева «Русско-турецкая война 1877–1878 гг.», в которой подробно описывается деятельность Дунайской флотилии в ходе указанной войны, и в частности, рассказывается о первом боевом применении самоходных мин — торпед, кораблями флотилии. В работе В.А. Золотарева и М.Н. Межевича «История нелегкой победы» в очередной раз поднимается тема русско-турецкой войны 1877–1878 годов, отражена важная роль Дунайской флотилии в достижении в ходе нее нелегкой победы над Турцией в ходе боевых действий на Дунайском театре.
Постсоветская историография проблемы представлена рядом серьезных работ по теме исследования, написанных в 1990-е годы. В научном труде историка Е. Анисимова «Россия без Петра» объективно показана эпоха Анны Иоанновны, причины и ход русско-турецкой войны 1735–1739 годов и главное вклад Донской и Днепровской речных военных флотилий в достижении ряда важных тактических побед над противником. В середине 90-х годов, в трудах вышедших к трехсотлетнему юбилею создания российского регулярного Военно-Морского Флота, таких как «Очерки из истории Балтийского флота» и «Три века Российского флота 1696–1996» подробно описаны основные этапы становления российского Военно-Морского Флота.
В новом тысячелетии по исследуемой проблеме была издана работа Н.И. Черникова «Энциклопедия речного флота», в которой подробно изложены конструктивные особенности кораблей речных военных флотилий, но отсутствует описание боевых действий, в которых они участвовали. В качестве современной историографии исследуемой проблемы представляют интерес монографии Г.А. Гребенщиковой, связанные с деятельностью российского регулярного Военно-Морского Флота в екатерининскую и николаевскую эпохи — «Российский флот при Николае I» и «Черноморский флот в период правления Екатерины II». Но в них, несмотря на основательный анализ причин, и хода русско-турецких войн XVIII и XIX веков отсутствуют данные о действиях в ходе них российских речных военных флотилий.
Источниковую базу исследования составляют документы из фондов Российского государственного архива Военно-Морского Флота (РГА ВМФ), расположенного в Санкт-Петербурге. В фондах архива были подробно изучены отчеты по созданию, строительству и участию в боевых действиях Каспийской, Днепровской, Донской, Дунайской и Амурской флотилий, проанализированы сведения о целях, задачах и боевых операциях, в которых были задействованы указанные флотилии, отмечена роль, которую они выполняли во всех русско-турецких войнах, русско-японской войне и Первой мировой войне.
В частности, в ходе работы с архивными фондами РГА ВМФ, особенно ценными оказались рапорты и приказы маркиза адмирала И.И. Траверсе, который в то время занимался делами Дунайской флотилии, на имя адмирала П.В. Чичагова. Эти материалы посвящены присылке на Дунайскую флотилию канонерок из финского Роченсальма, когда Финляндия была уже присоединена к Российской империи, из Санкт-Петербурга, Севастополя и Одессы (фонд 315 «Материалы по истории русского флота», фонд 25 «Фонд адмирала маркиза Траверсе»). В других рапортах маркиза де Траверсе содержатся данные постройках судов уже на самом Дунае (фонд 315).